DreINT0092542 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000008279 | map2k7
Description
mitogen-activated protein kinase kinase 7 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-090312-186]
Coordinates
chr1:45148132-45156989:+
Coord C1 exon
chr1:45148132-45148276
Coord A exon
chr1:45148277-45156844
Coord C2 exon
chr1:45156845-45156989
Length
8568 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAAGT
5' ss Score
10.08
3' ss Seq
GTTTTGTCATTTGTCTACAGCTC
3' ss Score
8.31
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTGCTGCAGAAGTTTTCAAGATGTCGTCGCTGGAGCAGAGACTCTCCCGAATCGAGGAGAAACTCAAGCAGGAAAATAAAGAAGCTCGCAAACGGATCGACCTGAACATCGACATGAGCCCGCAGCGGACGCGCCCGAGGCCAA
Seq A exon
GTAAGTGTGTGTGCGAGAGTGCGCGCGCGCGTGACCGATCACCATGACGAAACACACACAATCTACATCACATAAACAAACAAACCGATCAAATCCTGACTCTTCACTCACGTTCACTCTCACCTTTGTCTGTTAAAGGGCTGGGGGTCGTTCAGCGGAGTATATTTGCTTCGGTTTGTCTGCTCCAGCGTGGTTCTGTTACACGAAATAAATAAATAATACCAATTTCTGACAGTCCGCTCACTAGCGTTAGCTCGGAGGCTAGCTGTGTTTAGCAGGCCCTGACACTCACATATATCAGTCTGTCTGTATGTCAGTCTGTTTATCTGTCAGTTCTCCCTCTCTGTTCTCATAAAATAACAGTCTTTGTGTGGAAATATATCGTCTTTTAGAGATACTGCTGGTGTTTAACGTTAGTGTTGTAAAATCATCAGTGTTGTAAAATCATTAGTCAAGGCAGACTATTGTTGTGAATTGCTTGTTTGGTTTTTGCCACAGAGACTAGTCTGTATTTAGAGAAAATACATGTTTTTGTGTGCTAGTTCATCATTTAATGTCATTCTGTTTTTGTCTCTTTCAAATCATGGCCACACTGTAGTGATCTATGATTAATGCTAGAAGTGGTTAAACGTTTTGCATCATTAAAAGTATTAAACGTTTATTGTGTGTGTATGAATTGGATTGTTTGATGTGTTTGTTGTCAGATCTTCAGTGTATCTGAATTGATGAGCTGATGTCTCAGTACAGTACGCTCCTGGACGCGCTCACTCTTCGTGTCAGTCTTTGGATGGGGTGATTCTTAGTTCACCCAAATTTACAAATTTGTCATCAGTTACTCACCCTTTACTTATTTCAAACCTTAATGAGTTTTTTCTTCTGCTGAACACAAAAGAAGATATGTTGATTAAAGCTGGAAACCTGTAACCATTGACTTCTATTTGTTTTTCCTTCTATGAATGTCAGTGATTACCGGTCACTAACATTCTTCAAAGTATCTTTTGTGCTCAGTGGATGAAGCTCACAAAGGTTTGGAACCACTTGAGGTTGAGTAAATGATGAGTCGTTTTTTGTAAGCTATCCCTTTAATGACAATACTTTCAGATTGTTAGATCATCTAATTTAAGTAGAAATAATTTTTAGAATCTGCAGTTGTGGACAGTGATTGAAGCTGTTAGACAAAACCTGTCACAGCTCGATATGTTATTTAAATTTGACTAGATAAATGTTTATAGAAAAAATAGTTTCAGTAAAATTGATTTGCCTAAAAATTGATTGCAGTAGTGAAAAGTCTAAGATATGAGAATCAGTTTAAACCATATTGTTTGTGTTCATTTGCAGGTGCAGTATTTTATCATTTTGTTTTGAATTCAGTTTTAATTCTGTCATCATTTACTCACTCAGTTGAGATTTAAAGGTGCAGTGGGTGATCGTCTTTAGAAACAATAGTAATGAATAAAGGAAATGATCTAAATGTGTTTATATGTATTTTTAAATTCTGGGTAAGGCATACAACTAAATAATGTTCATCCAATTAAATATTGTTGGACCAACAATTCCTATTATTCTGATAAGTAGTCCAAACTGTCTGTCAACAAATGTAGATTTGTACATCTGCGCAGCTGACAGTGCTAAAAACAAAGGCGGAATCAAAACTTTTTAAAATCCTAAATAAATATTGGAGTTAGTTTTGCATGCTGGAGGAAGGATGACAGAATGCCTGAAGGATTTCTTTTAGACAGTTGATGTTCTGTTTTAAAACAATTTTAGTCACGCAAAGCTGATGTAGATACTGTTTTTACGAATGGGTTATATGCACAGAAGTGTTGTTCAGCCACTGAAATCTTTTGGCAAAAGATTGATGTGACTATTTCCAATTTCATGAAGTACCTTTTACAGCAGGGGTCTCAAACTCAATTTACCTGGGGGCCGCAGGAGGCAAAGTCTGGGTGAGGCTGGGCCGCATAAGGGATTTTACAAAAAAAATGATTTTACAAAAAAAATTGGTGCAGATCTGCAGAGTGGATGCACGCGTACTGATCAGCTGTGTTGTCGCGCGCGTACTCGAGCGGTGTTGTCGCGCGCCTACTGAAGGGCGGGACCGAAGGTGTGCCGCGTCGCGGGGGCACTTTTGATCATTTTGGAAGTTGCAAGTTCACAGGTTGAGCCCTATATGTGCACGTGCCTGCCCTCACCTAAAAAAAAAGGCGTATAAATAAAACACCCCCACCCCACTCCTGTCACATCAGTCTGTACCAGTCTGTATCTACCTATAATATATATAAGATGCAGGCTGTAGCTAGGTAGGTGGCAGGCTGCAGATAGGTAGCTAAGTGGCAGGCAGGGGCGGGAACAGCTTACCTTGGTTCTGGCCGGCGCGAGTTCCCTCCTAACACTTCCCGCCCATCACAGCGTCTAACAAAGGAGCGGGGTGCGTGGTGACGTCACCGGCATCCCCGCCCCTTTGTTTACACGGCGGGCGGGGAATGCCAGTGACCGCTGTGTACGGATAGAATCAGCGGAGAGTGGAGCGCTCTCTCTCCCCGCTTCGCTGATTCTGTCAGTGTACAGCGGTCGGCGCGGGCCACAAAATATTGCACTGAGGGCCGCAAATGGCTCGCGGGCCGCGAGTTTGAGACCCCTGTTTTACAGCATCGTTAATGTCGATTTTAATTTAGTGTAACAACAAAACATCAGTAAATAGCGCTGTTTCACCTAGCCTGCTTTACTGAGGTGAAGTTGCTTTTATATTCATATCACATTGGTTAATTTTTGAACAATAACAACCTGTGATGCGCTCCCTATATTGCTTACCAAGCTACTCTGGATATTCAGTCTGAAATAGCATGCAAGTACGGCTTAGTAATAAGTGTAATTTCTGCACCCCGCTGGCCAACCACTAAGCATACAGTAGTCGCTCTAGGACAAAGCACATGAGAGATTCTTGCATGCATAAAATATTGCACAATGCACTCTCAGAAATAAAGGTGCAGGAGCTATCACTGGGGCAGTACCCTTTCAAAATGTACATATTTGTACATAAAGAGTCCACAATGATACCTCAAAGGTGCATATTAGTGCCCAAGTGTACCTAAAAACTACCTTTGAGGTACCATTATGGTGCCTTTAGGTACAAATATTTATCTTTTAAAAAGGTACTGCCCCAGTGACAGCTCCTGCACCTTTATTTCTGAGAGTGTATGATGAAATATTGCACATTATGAAGCATTTTGCTTGCTACACAACTGAAAACTTGCTAAATATATTCGTTTTTCATTCAGAATTGTAGTATTATAAAGTGCTATGAAACTTTCTAACTGGCAAATAACATGATCTAGTGGGTTGTCTATTGTCATCTTTAATCAGCACTTTTGTGATTACTGCACCTACTGCACCTTTAAAATGTCACTATTTTTTGTTGTATGTAATATATATATTAGACCTAAATTAAATTCAATATTTCATTAAATATTATTATTTAACATTATTATTAACTGTTTTTATTAAATAATATTTAGTTTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTATGTATATATATATATATATATATATATGTATGTATGTATGTATGTATGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTATGTATGTATGTATGTATGTATATATATATGTATATATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTATTTATATATATATATATATATATATATTTATTTATATATATATATATTGACTATTTAGATAGAATTCAGAATTCAAAATTGATTGGGATGATTTGTTGAGAGGCCATCTGCAAAAAATAAACAAAATTAAAAAAGGCTATATACAAAATTAAACAAAGCACTTTAATAGCACTTTATGGTTTTAGTATATTAACATTTATCAAAATTATCAAATGTAAAGTAACATGGTACAGTCTTTATTATATACACAATTAAACACAATTAATCATTGTTAATGTGGCAAATTTGATAATTTCTTGTGCCCAAGTGGTTTAAATCCACTTGAAATTGCTTGACATCCTGAGATGTGACTGTTGCAGATTCCCACATTGTAAGATCAATGCTGAAACGATATATTCTGCAGTCTTAGTTTAAAGCCATATATTACAATGGTCATAATTTAATATTTGAAAATAACCATTAAAGAAAAAGTACTTTATTTTTGTCCAAATTATAAAATTGTACCAAATAATAGTTTTTAGCAATTTTCTCTGTGATCATAGTTTCATCTACTTCAAATGTTGTAAAGCACTTTCTCAAGCCTAATGATTATTATACTTCAATTTTAGCCGAGCAATTGGATTTCTCCTCTGATTAGCTGGTTGTGTATGTGCTGTCAGTATTATATAGAGCAGATGGAGTGTGATGATGGTGTTCATTCATAATGTTTGAACTGAAGCGAGGGACGCAGTGACTCCAACAGGTGTGTGTGGGCTTTTAGTAATGAGTGTGTGTGTGTGTGTATTTTCTCTCCTCTTTATCTAGTCATCGTGATCCAGCTCAGTCCAGCTCCAGCCCCTTCCCAGCGCGCAGGTACCATCATCATCACCACCATCATCATCGTCACTGCATCACTCTCTTTCTCCTGCTCTCTCTTTACCTTTTCACTCATTACAACATCTCTTTATGCACCTCTTTTTTCACTTTTCTTTATCTAGTATTCTCATACCCATTTAGTTTATGTCTAGAAGTCAATATGAAGGGATAATCGCCACTGGTGTTGCACAATATATCGAAAAAATTGTTGCTATTGCGATAATAGTGTGTAATATATCCATATAGTAGAAATGCAAATTAAATTGCGTTTGTTGAATATTTAAGCAGTATTGTGCAGCTCTAATTGGGAATATGCTGAAGAATGCTAATAGGACTTTTAATTTGTCAGTAACCT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Seq C2 exon
CTCTACAGTTGCCTTTGGCCAACGATGGAGGCAGTCGCTCGTCCTCGTCAGAAAGCTCCCCTCAACACCCCTCGTACCCCAATAGACCCCGACAAATGCTCACACTTCCCACAACACCGTACAACCTACAAAAGAACCTGGAGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000008279:ENSDART00000148086:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.952 A=NA C2=0.939
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF114713=Sugarporin_N=WD(100=57.1)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]