DreINT0093800 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000018460 | mbnl2
Description
muscleblind-like splicing regulator 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-9582]
Coordinates
chr1:2038342-2043162:+
Coord C1 exon
chr1:2038342-2038542
Coord A exon
chr1:2038543-2042907
Coord C2 exon
chr1:2042908-2043162
Length
4365 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAATG
5' ss Score
8.73
3' ss Seq
TTTGCGTCCGCGAACGGCAGGTG
3' ss Score
5.36
Exon sequences
Seq C1 exon
CCTACATTTCCTGTGAGTCAAGGTCTGGGCTCGAACCCAGGTCTGAGTTACGCGCCGTATCTGACTCCCATGAGCCACGGCATGGGTCTGGTCCCCACAGAGATGCTCCCCAGCACCCCAGTCATCGTCCCGGGCAGTCCTCCAGTCAGCGTGCCCAGCTCGTCCTCCACGCAGAAACTACTGCGCACAGACAAGCTGGAG
Seq A exon
GTAATGCGTCTCACACACACACACACACACTCACACAAAGACACGTTACACTCGAGAAATCTGCAGAGGAGTCGCATCAGTTCTCAACCAGAAATGCAGAGCACAGTCTCATGGCAGGTTAAATGAAAGTCTAGTTCAGTCTATTAGCTAAATCTATTACTGACATATAATTGGCGTTTATATATTGCTCGCAAAGTGATTAATTTTGTTAAAACACACAATAAATACTAGGAAAAATATATGATATAGTTGTTGAGTATTGTTTAAACGGTAACACTTTATCAATAAGGTTGTTTTAGTTCAGGGGTGTCCACACTCGGTCCTGGAGGGCCGGTGTCCTGGAGAGTTTAGCTCCAGCTCTAATCAAACACACCTGGATCATCTAATCAAGCTCTTGCTAGATACACTAGAAACTTCCTGGCAGGTGTGTTGAAGCAAGTTGGAACTAAACTCAGCAGGACACGACCCTCCAGGACCGAGTTTGGACAGCCCTGTTTTAGTTAATGTTAATGCATTTACTAACCTGAACAATTAATGAACAGTACATTTATTACAGAAACTGTTCATGTTAGTTAACGAAGATAAAATCATTCAGCTCATGTTATCTCACAGCGCATTAACCAATGTTAATAAGCATGCATTTAGATGTTAATGATGCATTAGTAAATGTTGAACCGATTAATAAATGCTACACAAATATTGTTTATACTGAGTTCATGTTACTAAATATATTAACTAATATTAACTAATAAATCCTTATTGTAAAGTGTGACAGATATTTCTTATGACCTAACATTTCCCTACAATAATGCTATTTTTATTAGCTATGTTTTCTAATCACTTTTTATTTGATATTGATATTGAAATATACGAGGTATATTCATTTTTCAGATCTAATTTAGACTAAAAACAAAATCATTTAGTCTTTGAAGAACTATAAATGAGTAAAAACCAGCAGATATTCTGACTCTGATTGGCTGTTGTCATTATAAGTGTTTATTTTTTTAATAAATGCGCCGTTCCAGCCAATTGCAAAACAGCTGCTACTGGGGAGGCGGGGCTAAATATAGAAAGGCTCCATCTGATTGGTCAAATTTAGATAATACTATATAAATTTAGACAGTTGCATATACTATTATCATGACTGTTATAAATTTGTTATAAACTGTGCAGCCCTAATAAATACTATAATTTTTAGCCTCAAAAGTAATAGTCAAAATGTTTGACCCTTCGGAAATTCAGTATGGAAATAAACACAAAGAAAAGGACAATCATAAAACAGTGAAAAATATTGGAGGGATATTTCAGTATGCAAAAATATGCAAACATTTAGTCCTAAAATAACTATGAATGAGCGAAAACTTCTGACTTTGATTGGCTTTTGTCATTATAAGTGTTTATTGTCAGCTCTGGGTTCAGCTTTGGGGCGCTCCAGCCAATAGCAGAACAGCAACTACTGGTGAGGCGAGGCTGAAGATAGTGAGGCTCCATCTGATTGGTCAAATTTAGATAGTACTATGTAAATTTAGATAAATGTTTATACTATTATCGTGATTGTTATAAATGTGTTATAAATTGTGCAGCCCTTATAAATACTATAATATTTGGCCTCAAAATGAATTCTCAAAGTTATGTTTGACCTTCGGAAATTGAGTTTGGAAATAAACACAAAGGAAAGAACAATCATTAAACAGTGAAATATTTTGGGAGGATATTTCAGTATGCAAAAATATGCAAACAACAAAAAAGACCAGTTTTGATTCAGTATAAATAATGAATCAAACAAAGAGCAGATCAGTTATAATCCAGTATGCAAGTAAATGTATGAGAGAAATGCCAATCATTAACAAAAAGAGTGATGCAAGAAATAATACTAAATAATGCAGTAAAGAAACAATTAATTATAATTCAGTATTTAAATAGAGAAAATGTCATACAACTATAAAGAAATAAAGCTTACGAAAAGAAAAGCTTAAAGAAAGGAATAATCATTACTGAGAATGAAGAATAGAGAAATCGTAATTTAAATGCATGTAATAGAGAAAAAGGCTATCATAAATGTAAAGAAAGAACAAAACAACAGAGCAGTCATAACTGAATATACATGATTTTATTTTCAAAAAGACCAATCATCATTCAAAGAAACAACAATCATAGTCCATATTCAATTATGTTAAAAACTCCAATCAGATGAATTCAGAATGAAGAAAGGACCAATCATGATTCAATATGCAAATACATGAGAGAGAAAAGGCCCAACATAAATATAAAGACCAGCCATAATTTAGTATAGTTACATACAAAAAAAGCAATTATGTTCCAAGCAGAGACTATTCATAAATTGGTATACAGTTCTGTAAATGTGGCCAAAACATATTCAGAATAAAGAAAAGACCAATCTGAACTAGAAGACTAATCATAATTCAGTATGTGAATATTAGCATAATCACTGCCATTAGATTATTAATGTTAAATGTTTGAACAATGTCATCAGCAGATTTCAAAAAGTTTCTTACTTTATGAAACTAAAAAATCTATTTTATTATTCAAATATATGACAAACAGACCAGTCAAAATTTAATGTAATGAACGGACAAATAAAATCAACATGCTAAGATAGAGTTAGATAGAATTGTTAGCCCTTCTGGGAATTTTCTATTCTTTTTCAGTTGATGTTTAACAGAGCAAAGAAGATTTCGCAGTGTTTCCTATATTGTTTTTTGGATAAAGTCTTATTTCTTTTAGTTTGGCTGGAAAAAAATGCCCCTTAATTTTTTTTCCAATTGGCTACTAACAAAGCACTGTTGTCCAGTGACCTACCTAGTTAACCTAATTACCCTTGTTACATCTTTAAATTGCCCCTTAAAGCTGAATACTAGTATCCTGCAAACTATTGTTGTTGTTGTTGTAGTAGTGGTGTAGGAGGAGTAGGAGGATGAGGAGTAGTAGTAGTAGTAGTAATAATAATAATAATAGTAATGATAATAATAATAGTAGTAATGATAATAATAATAATAATAATAATAGTAATAATAATAATGATAATAGTAGTAATGATAATAATAATAATAATAGTAATAATAATAATAATAATAATAATAGTAGTAATGATAATAATAATAGTAATAATAATTGTAATAATACAATAATAGTAATAATAATAATAGTAATAGTAATAATAATAATAATAGTAATAATAATAGTAATAATAACAATAGTAATAGTAATAATAATATTAATAATAATAATATTAATAATAATAATAGTAATAGTAATAATAATAATAATAATAATAGTAGTAATATTATTAATAATAATAGTAATAATAATAATAATAATAATAAATGTATTGCAGAAATCTCTGTTAAACAGCATTTGGGAAATATTTCATATAGAAATGCAATTTCTCACGAGGGCTAATAGTTTTGCCTGTATGTGAGAAAGGAGACAATCTATAATTCAGAATGTAAATATTACCATCACTGTCTGTAAAACGCTGAACAAAGAGCATGTTGTGTTTTTGCAAAGTAGGATGCGATCCTGGATTAACATTTATGTTGATCCTGGAACATCATTTTTGTTGGAAAACGTGATCCATACCTTTTCCCTACCCCTAAACCCAACCATAACTGTACATTATTACCAAAATCAGAGGGAACTAATTGTTGGATAACAATCATGTGGAAGTGCATTAACCTAATTGTAAGCCTACCCTAAAACATGTCCCTTAAATCTGATTGGCTGATTGGAATGTTGCATCAGGATCAACATAGATGTTAATTCAGGAACATGTGCTACTTGGTGAAATCAGGTTGGCAGATTCACTCAAACAATCATTTTTGCTGCTTGTTCAAACGACTTATTTTAAAATGAGCTGCACCAACACAATTCTGGAGGTTTCACATAATTATTTTATGTTTAATCCACTTGAATTAGCTAAAACAATTAGGTTAACTTAATCCTTTTGCATTGGGACAACATGAAGGAATTGTGTGGAAGCCAGAATTATGTACAGTCTTTGATAGTGAAGTAGATAGGAAGTTCATAGCAGGAAAGAATGAGATTAAGGCTCCTCAATTCAGAGCCTCCTCACAAGTAAGCGATCAGTGTGGCTGAAACAATAACAGCTGAATAGTGTTCATGTAAATGTGCGATCACTTAGCAACTGACTGATGTGTGTGATAATAAGCGGCCTCCTACACAGAGAAGCTGTTAATACTCATCTCCGTGTGTGTTTATTTACTCTACCTGTGCTCATACATGACCGCTTTGAAACTTTAGTGACTCATGTTTCTGTTTGCATATTTCTGTTGTGTTCCCTGTTTGTTTTGTCTGCGTGTGTTGGTTTGCGTCCGCGAACGGCAG
Seq C2 exon
GTGTGCCGTGAGTTTCAGCGGGGTAACTGCGCGCGCGGCGAGACCGACTGCCGCTTCGCCCATCCTAGCGACAGCCCGATGATCGACACGAGCGACAACACGGTCACGGTGTGCATGGACTACATCAAGAGCCGCTGCTCACGCGAGAAGTGCAAGTATTTCCACCCTCCAGCGCACCTGCAGGCCAAGATCAAAGCAGCGCAGCATCAGGCCAACCAGACCGCCGTCGCAGCGCAGGCCGCCGCTGCAGCCATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000018460:ENSDART00000124534:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.657 A=NA C2=0.210
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF149201=MTBP_C=PU(29.8=67.2),PF0064219=zf-CCCH=PU(11.1=4.5)
A:
NA
C2:
PF149201=MTBP_C=FE(55.6=100),PF0064219=zf-CCCH=PD(81.5=25.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]