DreINT0094901 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000009681 | med27
Description
mediator complex subunit 27 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-1601]
Coordinates
chr8:11853311-11857907:-
Coord C1 exon
chr8:11857866-11857907
Coord A exon
chr8:11853389-11857865
Coord C2 exon
chr8:11853311-11853388
Length
4477 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGGGT
5' ss Score
8.23
3' ss Seq
TGATGATTTTGTTCTTGCAGGTC
3' ss Score
10.7
Exon sequences
Seq C1 exon
CTGGACATCTGGTCGAAGTCCAACTATCAAGCATTTCAAAAG
Seq A exon
GTGGGTAACATCTTAACACATCCTAACAAATACACAAAACTCACTGTAGTCAACAGACCGTGTCTTTCTCATTACCCGTAGTGTGTAATTAAACCACCCTGCTCTTGTATTCTCCATTTGAGCAGTGCAATAAATTAATAACTAACATTTGCATAGAATGTCCGTGAAATCCTAATAAGATCTTCCCAATGACGCTGGCGTTTTTTGTCACCTCTCCGCCTCCAATCCCAGCCTTTCATCCCTCAGACATCATTTGTCCCCGTGCTAGTTTTTTTGATTTCATTTCCACTTGGCCCTCATTTGACAGCCTCTAAACATCTGGGCTCAGGCGTCTTCTCTCCAGCCTGCCCGAATCTCATTAGGCTGGAATTAGAGAGCAGTCAAGCCTCCGAGGCAGATGAAACCATGCATTCTGGGTAATGCTGATGCACCTTTGAAAGAGCGTGGAGGATAAAAACTTAAGAGAATGTGTACGAGGAGCTGCCTGGAACTGAAAGCGAGGGGTTGCAGGAACCCGGCTGGCATTGTAACTGAGCTGCTCGCATCGGCACGGGCTGATCAAAGCGCAGACCTGTTTATTTCTGCTTTTCTCCGGCTGCAAACGCGTTCTTGAACCCGAAACTGAAGGGACGGGCTGCCTCTCATCTTCCCCTCCCAGCTGTCACTTCTGCATTCCCGTTTTCTGTGCTCGCTTAATTAATCGTTCTTTACTCTTCACACGTCCCCGCTGTCCGATAGTTTCCACACAGATGTTTTTTTGTGTTTGTTAATGCATTACTCAATTTTTTTTTGGTAGCACTTTACAATAAGGTTGTGTTAGTTCATTTTAGTTGATGCATTTATTTTGCATGAATTTTTGTGTTATTAATGGATTAATAAATACTATACAAGTATTTTTAATAATTAGTTCATGTTAATAAATACATTAAAGGTGCAGTATGTAAGTTTAACACCCAGTGGTTGAACTAGCTATTGCACACTCATTCAAAACACATGCAAGCACAGGTTGCCAGATTGACAACATCAACAGGAGTGTGCCTGACTGTCAAGCCTGAAGGCTGATTTTAGGCTGCTTTAAACCATGTTCTGAATAAAAGCAACAGCATGCGATAGAAGGAATACTTTCCATATTAAATTGAGTTTTTGTTCTTACTAACACCTGAAATTTATATTTTAGAAACAGAAAATGATCACAATGATCACCTCAGGTGCACCTCATGTGCTTTATTTAGTGTTAAATGCTAATAATGTGAGTTTGAATGCCATTCTTCATGGCACCTATTGACATACTACTGAAAGCAGCAGCAGATATTTCACCTCAGATCTTAAAGTAAAATAAAGCATTTGAAATTGAACTTCAGAACTGTGAATCGGTGCAAGCCAACACATAGCAGTGATTTAGCATCTACATTTAATAATGTTAAAGTGGTTTAATATGAATTAATGTACCATTTTGTTGGAGTTCAGTGAGTGCACTATTCTGCGCTTCTGAATGGCTGATTTTTCGTCTGGTGCAAACAGCCAAATTGCTTATCACTGCAAATCTCATCACTTAGCGTGTTGTTAGGACATAGTTACAATATAACCTGCTCACCTAATGTTTATGTTCATAATATTTATATTATTTGCTAATAAATAACCACCTCAGGTGGAACTCTGAATCTGTGTCTCATTTTGGGGCTGCTACTGTCCATCGGAGGTTGCATTTCAGTCACGGACGCACACTTTGAGAGACTTCCTGACTGAATCGATGAAATATGTGGTTTTCCAACAAGGCAACCCCGGGGTGCTGAAATATAATTGGCTAAACTGGCATTGGGCGGGTTAAAAGACCAAAACAAAGACAGCATTTTGGCACGGACAGCACATTTTTAAAGCAGAATATCTGACTTCAGCATTGTTTTTTTAGATAATCAAGAATGTTCGTTTAGCATGTTTCTTAAATATCTTTAAAAACATATGATGGTATGTTTATGCTTTAGAACAGGGGTTCCCAGACTTTTCAGCCCACAACCCATAAAATGACAGTGACTCACGACCCCTACATTCCTCGGAGGTGGTTATGAATATAGAAATGCTGCACACACAAAAATAAGCCTATATAAACACAAGCATATTGACAGTGCAACAATCTAACGACTATAGGCTATAATTTATACAGTCATTTATTACTTTGTTTAATTTAATAATTACCTCAACTAATGAGACTGGTGGGCACAATATTTTCAGCTCAAATATATTCTTGGTTTAATTTTGGAGACCACCATTCAGAGATCATCCTCAATGTTCAGTTGTGGCCTGTATTTATTTTTCATGTATTTGATTGCCATAAAGGTGTCAGAAAGTTTAACCTGGTGCTACAAAATCAATCTGTTGCAGCTGACCCTATTGCTGTGTTGTTTATCTAACGTAAACACACAAACCTTTTTTAAAAAAAAAAATGTAAAGGCTGATGGCTTTTAATGAGCATGTTGTTGCTTTTTTTATATAAATATTAACTACTATTATCTCCTGTGGGTTATGGATACAATATGGTAATTATAATAGTTTAATAACATTTATTTAACTTTTAGAAATCACCAAGCTACCCCTTACCCCAGGGGGTCCCGACCCCTACTTTGTGACCCACTGCTTTAAAAGAATCAAAAACTCACATACAACACCTTTAATAACCATTTACAAATTTTATTTATTTTTTTATTTTTAATATTATTATATTTTTTTTTTTTGTTTTTTTTGCAACAATAGCTGTCTGAGTTTCTTTTCCTTTTCCGGGAGGTAAAATTCTCTGTTTTTTCTCCATAGGGACTTTTGGTCACTGTGGTCAGACTTTTGGGAGTGTAATGAAGTGATGACTGGAGATTGAAGCGGTTCGCTTTTTAGTCCCTTTCTATAATTACATTAGTGATGGAAGATGGGATTTTAGGGAAAGTAATAAGGTTATAGTGTTCTTCTGAAAATTGGACTTTGGAGTTAATCTGGGTGTAGGTAGATTGATCTGGAAGCGGAGTTTAATTAGGACTTCTTCAAATGTGTGCCTGTGCATGCAATGAAAGAAATGCTAAAATAAATGTAAAACACAAGTTCAAGAACAAAGATGTATTGCACTGTAGCATTGTGCACTGTAGATTGTATAATTAGAATTGTTAAAATGTTTTTAATTGAATAAATACAATCATTTTATATATACACTACCAGTCAAAAGGTTTAGATGTTTAAAATAGGTTTAATCTTTTTAAATAAGTCTCTTCAGCTAACCAAGCCTGCAATTGTTTAATCCAAAGTACTTCAAAAATAGTAGAAATGTGAAAAATAGAGGCGTGCTTTAGAAATAAGTTCTATTTGCAAGTTTTGAGATTGATTTCAACATAATAATTTAAAAAGAAATAGAAAAGAAAAGATATACAGAAATGGAAAAGGAAATTACAGAAAATAATACTTTTATTTATCTCTCAAAGATGCTTTAAATTGATCAAAAGTGAAAAGGTCATTTATAATATTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTATTACAATGGTTTCTGAAGTATCACGTTACTGGAGTAATGATGCTAAAAATTCAGTTTTGATATCACATGAATAGATGACTTGTTAAATTAAATTTAAATAGAAAACAGCTATTTAAAAGAGATAAATATTTCAAAAAGTTGCTGTTTTTGCTGTACTTTGGATCGAATAATGCAGAATTAGTGAGCAGAATTTATAAATATTTATAAAAAGAAAAAAGGTATGACGACATGCAGCGAATTGACATTTCCTTAAATAAGAATTGGTTTATTAGTATTTTCTTTTAGCATTTTATGTCATTAGTTTAACTTACAGAAAATGTTCTCCTAGTTACAGACTGTAAATATGTCATACTGGCTATATAATTATTTTCATAGTTTGGTTTCCGTTACACTAATCTGTGGCGATTGGTCCGATGACCCAGTCTGTTGTGATTGGTTGACAGTTGAAAACAAAACACCCATCATGCCTTATCAAGACATTGTTGAAGCAACAAGCTGCTATGGTACAGTGTATATGTGCAAATGCAGGAATGCAATAAAGCAATGCAGTTAGACAATAGCAGATTGCTCTATTCTTGCCCATAACTCCTAGTAATAACAACAACATGCATTAAGTGTTAATCAGCACAACGGAAAACTTACACTATTTTGAACAGGTTGGCGGGGCAATGTTCCCTTCAGACATCACAACAAAATAGATAAAGATCTGAATTTATGCAAATCATTCAAATATATCAATCTCTTTATTTTATTTTTATTTTTTGAGAAGCAATAGTTCAGTCACTTGAAACCCATTGTTCTTATGACCGTATTGTTGTCTGGTACCTTATATTCTCATTTGGTTTTGTGAATGTAGCCAGTCATGTTATTGTTTTTAGTGATGATTTTGTTCTTGCAG
Seq C2 exon
GTCACTGATCATGCAACCACAGCCCTCCTGCATTACCAGCTACCGCAGATGCCTGATGTTGTGGTTCGCTCCTTCATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000009681:ENSDART00000005140:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF115713=Med27=FE(14.9=100)
A:
NA
C2:
PF115713=Med27=FE(28.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]