GgaINT0125252 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000003683 | MED27
Description
NA
Coordinates
chr17:6970069-6978725:-
Coord C1 exon
chr17:6978684-6978725
Coord A exon
chr17:6970147-6978683
Coord C2 exon
chr17:6970069-6970146
Length
8537 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
TCTCCTTCTGTCTGGCACAGGTG
3' ss Score
10.86
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTGACATATGGTCCAAATCCAACTATCAGGTGTTTCAGAAG
Seq A exon
GTAAGTCCCACATCATTTTTCTCTTTGTAACACACATGAAATACAGGTAGGGTTGGTTTTAAATTAAAAAAAAAACATTCTTTATTTCTTACTTATCTGTTGTAAACCCCTTACCATTTATTTCCCATCACAGTTTCAGTCAGTGGTTTGGAACGGGAAGTTGGAGGCTTTGTTGCCATGGACTTAAAATTTCGTGAGGAATTTTCAAGTACTCTCTGGTTTGGTTTAAATTTCTGGAGGGAAGGAGGGAAATAATTTTGGATTTTGTTGTGTTGGATTCGTTCTTTTTGGTTGCCTTCCTCTTCTGGAAACTCAGATATCTTGGTACTGTGCTGTCTTCCAGGCAGGGAGGAGAACGTTCCTCTTTGAAGGCCTCTTGTAAAAATGCTGCAAGTTCAGATTGATCTGGGGTTAAATTCTTCTTCCTTATCTTCAAGCCACAGTTCAAGGAGCCCAAGTCTCCAGCTAGCACACTCGCTGCCTTTCATCTGCTTCTGTAGTTTCTGTAACAAATACGGGGCAGGGACTCTAAAGGGCATAAAAGCAGGGGTCAGAGTATGGCATATTGACTCTATTTGTGCATCTTTCTTCCAAGACTTCAGATGCAGTCAGAAGCAAAGATGTTTGACCTGTGGTATTAGCCTGCTGGAGATCAAAGGACAGCTTTTGGGGAGGCTCTCCTCCCTTTGGTTGCTCTCCCTCTCTGCCTAGCATTAAAGCAAAATGTAGCTGTAGTCAGTTCTTTACTCCAGAGATTAGTGGATTAAATATTCTTTCTTAATTTTTTTCTTACTCCTCAAAAATATTTTGTGTCAAGTAGGGTAATCTAGTGGGAAGTAAAACAGCATAAATCTTAGTAAATAGTTTATCAGTATACTTTTAAGTAATTTTTGCAATAGAATAAATTTAAGATTCCGTAATTAAGCACATCATCTCAGTTTCCCCACGTGTGTTTTAGATTGTAGTCTCATTTGGGCATATGGTTGTCTTCCTGGCTTTTTTTCTTTAGGATAACTTGGAAGAGTGAAGTTATATTGCAGTTATAAAGTTATAAATGATGCTAAATCTTGAGGTTTTGATTGTATAACTTTCTCTGCATGAGAGATAAATGTACAGTAAGTTGACAGTTTGCTTAGGAGTCCAAGTTAAGGAGCTGGGACATAAGTCCATACAGCGAATTTCAGGTCCAGGTGAGAGCCTTCAGATAGAAGGGAGAGAGCTCAGTGAGAAGCTCTGAAAGACCCTTTCTGACAGCTGCCTATGTGACAGCATTTTGGATACATAGGAATCTTTGTTTTCTAGTTCTAGTTAATAATGATTTCACTAAAATGCCTTGGATGATAATTCAAAACTGTATGAAGAGAGAAGATGCATTTGTGTTGCTGTCTGTCTGTGGACACGTCTGTGTGTACATGAAATAAGTAGCTGATCTCTTCCTAATCCTCTAAAATAACGTGATGTGACCTGACTGTGAAGTTCCTCTTCTCTACTACTCTCTCAATAAATAACACCAAACGCAAAAGTATGTACCAAAAAAAAGGAAAGTCTTACAGGAATAAGGGTTGCCTTGAACCTGTGGAACAGCTTTGTCCTTGTATAGATCATTCTCAGCCCTGTCATTGCTTTACCTTGGGCAACCTCTTTTTGGATCAGTTCTCAGTGTCCCTTCAGATGGGGGGAATACTTGCTGACTTCACATTAGCTATTGCTGGGTTGGTGGTAGAGAGCTCTGAGACTCCTGCATGAAAAGTCTGTCAGAATGCAAGGTGATGCTGCTTTCTAATCAATAGATTCTGCACAATTGAGCTGGTAGTTAAATAAGCTAAAGCTGAGGCTGAAGTCAGGTTTTCAAACAGATGTCAGAAAATGCTGTAGTTCAGCATAGTAAGCTTTCTCTCGGTGGTGCCGTGTTTGGTTTTCTCTTTATTCTCTGAGAGTGTGCTTGTATGCATTTAGACATCCCCCAATAGCTGCTCAACAGTAGCAAAACAGGGGAAGTAGTTAAAATAGTTTGAGGGAAACTATTACATTCTGTTAGCATTGCAGTACTGCAAGGTCTTCACAACAAATGTTTTAATGTGACTAAAGAATCATCGGTAAATATGTCAGAGGGTATTTCTGAATCTTCCAGGAATGTTTTCTTCATGGCAGTCAGCAGTACCATGGCATGGGAGTGCTGTACAAGTGGGAAAAGTACAGATGAGTAACCGAGGAGCCCAGGCATCCCTCCAGCCCTGCTGCCTTGGATGCTGTGAAGTCACCCATCACTGAAGGGCAGGGACGTTTCTCATTAAAAGCCACACCGAGTTCTCAAACTTTGCTTTCAGAGATAATACAGCAGCATCTGGAGCTCACAGGATACCTGTCTGTGGTAGCTGCAAGCCTGTCAAAATCTCACAGGGCTGCGGGATGACTTTCCAGGTTAAGGACCAGAGACCTCTGATCTTCAATCCAACCCTGTCAAGTGATGCTAAATTTGTCCTGACTTTTGTTTGCAAGCGCTGGCTGTGTCAGCATGCCTTTTCTCTCTCTCCTTAATAGGCAGGGTACCCGGGTGTGTATAATTTGATGGGGGACAGCTCCCAGAGGGCCCATTACTGTTAAAGCATCCAGTCATTTTGTGAGTTCCCCAGAGTCTTCTTCAGTCTGGTCCTGGGGTGAGTAAGCTTTGCAGCTATTGAAGCCACCAGCAGGGTTAGATTCAGAGAATGGAGCTGGGAAATGGGAGGATGAAAGGGCAGAAGCTCAAGGAGCACTGAAAAGGTTTTCAGCCTTCCATATTAGTCTGACATTTAAACTCGGCAGGAGTGGCAACTGTTCTGATCTCAAGCCTCCTTATTTTAACACCTCGTGCGTCTTTGTCTACTAGCACAGGAGGAGGAACAAAGAGGGGAATCAGGAGCTATTTTGGTGCTTAAATCTTAGGAAAAAGAATGTACAATTCCAGATCATCGTGCAGAGAATTAAATATATGTGGAGAATGGTGTAGTATCTGTGAATTTGCATTCAAAAAAAGAGACGTGTAGTGCAGCAGAACTGCTCTGAATGGATCAAAACTGTGCTACGGGGGAGACGGTGTTGGACGTTAACTGTTTCATTTGCCAGCTGCTCAGTGAGCTGCTGTGTAATGTGCTCATCTGGGCTGGTTGAGTCACACGTAAGCTGTAAGCTCGTTTATTTCTGTCTGATCCCAATCTCTTATTTATACCGACATGCTCTCCATTCCAGCATGCCACAAACTGCTTTCCTTTTTGGTTTGATCACTTCTCCCAAACCACATTTTAAACTAGACTTTGAGAAGCTATCGGTGCCTATCCAGCTGCTGCGAGGTGTGTGATCCCAGGTGGAACCCGGAGCACAATCTTCTCCACTCCAAGGGCATATAAGTATTGTAATGTATGAAGATGTATTCTTGTCAATAATCTCGGAATAAAATCACGTGTAAAATGAATGCATGCATGAGACAGCTATCAGGCTATTGATGCTGTCTGCTCAAGGAGAGGGGATGGACTGTTCCAGGTCACCCGCATCATTGCTCCTCTGCACCATCAGCGTGTGGCTGTCTTCAGGGACCTGCTTAGTTGGAATAAAACCTGTGACCCAGTCCAGATGAGCAGAACAAGCAAAATGAACACTTAAACACTGAGCTCTGAAAACGACAAAGAAATCCTATGCTCCACAAAAGTATGGCCACGTTTTACTGAGCGGGGTGTGGGGAAAGGTGTGTGAAGGATTTCCATGGCATTATCAGCGCTTGTTTGCCAACATACCATCCATCATCCTCCCCAAGCCACCCGCTGACTCCCTCCAGGGAGACTCCGCTGCGTACCTGCAGTGCAGACTGAGTAATGGGAATCCTTGGAAATGAACAGAGGCACTTGTGCAGTTTTCCATGGTAGAAGAGATCTAAACACTAATAACACATAGCTTTTTTTTCTCTTTCCGCACTCTGATTATCCTCTAGAACTCATTGCTATAGGCTGCTGTTAAGGCCGTGAACTTAGTGGGGTTTACAAAAAGAGAAAAAGAAAAACTTCCTGGGGATTTGTAGAATCCCTTTATATTAGATTGAGTTCTCAGTGCTGCACTCGGGGGAATAAACCAATAAGGAAGTTGCAAGAAAAGTTATGACTCTTAAGGGAAGTTTTTTACCTACTCTTCAAGAGCGCGTCCAATAGCGATGAGAAAATATTAGAGTAGAGAGACAGCTGCTGTGATTCAGTCAGATGAAGTGTTCTTACTTTTCTGTTTTGTGTTTGTGCCAGATATAGCTTCATACCTCTATGGAACCTCATCTGTGGTGGAGAGCTGTGCCGCAGGTCTCTGGTTGTGCGCTTTGTACAGCCATTAGAGGAAGCATTTGTTCAGCATGCCCGGCCTTTGAGCTGTGGGATTCTTTTTTGAATGAATTTCCAGCATTGCAAATGTATGACTAACAGTGCCATTTTGCAGAATCTCAGCGAAGCACTGCTGTTGGGTGGCTGTAGCAATGCTGGAGCAGTGCTGTAGCAATGCCCGGTGTTGGCTCAGCAGAGCCACATCCCAGGGGTTGTGCTTGCTGCCCACAGCTGAGCACTGCTCTCAGGACCTTTTCTCTTGTGAGGAGCCAGCACACAGTGACTGGGGGCACCTGGCATCACTGCCTCCCCACGCACAGCACAGGAGCCCCTGGCAGCAGCAGAGACACACTGCCCAGCTGCCCTGCTGGGGCCGGGCTGCTCTGTGGTAGGGCTGAGGGTGCAAGGTTTAATCTGCACAGCGCTGTAGTGAACATCAGGTCTGATCCAGGATCAGTCCGTTTCTTGTTCCCCATGCATCTGGGGCTCGGACCGGAGAGCGGAGATGCATTTCAGGAGTGCGCATTTCTAATCAGCTTGGAAACAGATAATGAGAAGAAAATCTCTCAGGCAATACAATTAACTGTTAAGAAGGGAAGTTCTCTCGTTCACATGGGAAGCGAGACTGGACCTCAGCGAAGCAGAATTCCATACAGCCCAGGA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Seq C2 exon
GTGACGGATCATGCGACCACTGCCCTGCTGCACTACCAGCTGCCCCAGATGCCCGACGTGGTAGTCAGATCTTTCATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000003683:ENSGALT00000005834:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF115713=Med27=FE(14.9=100)
A:
NA
C2:
PF115713=Med27=FE(28.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]