DreINT0098731 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000016794 | mtmr6
Description
myotubularin related protein 6 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-5557]
Coordinates
chr24:24909702-24914365:+
Coord C1 exon
chr24:24909702-24909828
Coord A exon
chr24:24909829-24913431
Coord C2 exon
chr24:24913432-24914365
Length
3603 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACTGTGAGT
5' ss Score
7.94
3' ss Seq
TTCCTTTTCTGTTTCCACAGAAG
3' ss Score
10.28
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCTGGAGGAACATGTACCATCAGTATGACCGCTCCCTGCACCCTCGGCAGTCCATTCTCAAAAACGTTCTCACCTTGAAGGAAAGCAACCGAGAGCTCGAGGGCACAGTTCAAGCCCTGAAGACT
Seq A exon
GTGAGTTCACCTCAGGAATTTGCTTAACGGATCAAAATTAAGCCTTGAATGCTCACTTCCCATGAAATAAGCATTAGTCATGGATTTGTGTGTTGCAGTACTACTTACCGGATCAAAAGACGTGAGTAAGAACAAAATAAGGCTGTGAAGGAATGGAGTACTGTTTAATTCATAAAGTACTGTCATAACATTCAGGGCTGTGTATTATTGATGAATCATGTTTTCTACAGTTCTGCACTGAATGTTTTTTGGATAGAGAATGTCAGCTGAACTATTTATATCCAAGTCTGCAACAGTACTAAATGTTGATAGTACGGTATTTCCACACTGACTACATTTTCTACAGTCTAACAGAAGTTACTGAAAAAATATGCAATACTAAATGACTACTCATTTAGATTTCCACGTATGGGAGACATATTCCTTTAAAACAGATTATTGTAATGAACATTTAGGTGTTTTCTATATCTCAGTGATAAACTTACTGACCATAATGATAATAATAAGAATAATAACAAAACAACACCAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATTTAGATTATTATTATTCATTCATTCATTCATTTTCTTGTCGGCTGAGTCCCTTTATTAATCCGGGGTCGCCACAGCGGAATGAACCGCCAACTTATCCAGCAAGTTTTTATGCAGCGGGTGCCCTTCCAGCCGCAAACCCTCATACACGACGGACAATTTAGTTGACCCAATTCACCTGTACCGCATGTCTTTGGACTGTGGGGGAAACTGGAGCACCCGGAGGAAACCCACGTGAATGCAGGGAGAACATGCAAACTCCACACAGAAACACCAGCTGAGCCGAGGCTCGAACCAGCGACCTTCTTGCTGTGAGGCGACAGCACTACCTACTGCGCCACTGCTTCGCCGATTATTATTATTATTATTATTAATTATTAGTTATAAGTCAATAATATATAAATAATATAGCAACATTAATGTAATTAATCATATTAATATTTCAGTGTATAAAATAATTATCATAATCATTAATATTATAGTGTTCTACTATGAATAATCATTATTTGATTATAAAGATGCAGGTTTATTTAAATTAAATTAGATTTTTATGATTTTATTTTAATATTGTATTTATTTTATACACTCTTTAAGGCTGTATTCTAATGAACTCGACAATAACCCACCAAAATTATTGTTATGTATTTTGCTGATTATTGTATGAAATGTTGTATTGTTTATTTTAATAGTCATTTAATTGTTTTTATATTTTATATATTTATAAGTCAAGCAGCAATAATTCTAAAGTAATTACATCTCATTATTAAACAAAAACCTCCAGCTTTAATCTATAACGTATGTACACATGATTATTATACTCAATGATTATTATTTATATTAATGTTGCAGTTTTACTGTTAGTTATAAGCAAAAACTATAAATTAAAACTATGTTGATATCATTATTAATATTACTATATCAGTATATAACAATTACAATATTAAAAAGTATTATTATTTTTTATTGATCTTTTATTTATATTTTAGTATTATATCATTAAATGATTACAAATGCATTATATGCTGCATGTTTATTTAAATATATATTTTTATTATTGTATTAATTACAATCTAGAAGGCTGTATTTTAATGTTGATACACTCAACAATGATAAAACTATTGTTATCTTAATGTTTTGTCCTGATTGTTATTATATTCTGTATATTTAGATGCTATATAATAATACATTGTGTATAATGCTGTGTTGTTTATTTTAATAGCAATATTTAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATTCCTTACATTTATATAGCGCTTTTCTGGGCACTCAAAGCGCTTTACACAATGGGGGGATCTCCTCATCCACCACCAGTGTGTAGCATCCACCTGAAAGCAACCTAGCTTTCCCATGTGGTCTCCCATCCAGGTACTGACCGGGAGCAGCCCTGCTTAGCTTCAGTGGGTGACCATGTGAGAGTTGCAGAGAGCTAGCTGCCAACTTTATTAGTAATGGAATTGTTTTTATATTTATTTATTTACAAATTAAGCCACAACAGCAACAAAGTAATATATTAATTATTAATTAAAAAAACAATGTGTAACTTTAATTTAAATGTACAGTTGAAGTAAGAATTATTAGCCCCACTTTTAATTTTTTCTTTTCTAAATATTTCCCAAATGATGTCTAACAGATTCAGGAAATTTTCACAGTATGTGTGATAATATTTTTTCTCATGGAGAAAGTCCTTTTGTTTTATTTCGGCTAGAATAAAAGCACTTATTAATACTTTAAAAGCCATTTTAAGGTCAATATTATTAGCCCCTTTAAGCATTTTTATTTTTTTGATAATCTACAAAACAATCCATCATTATACAATAGCTTGTCTAATTACCCTAACCTACCTAGTTAACCTAATTAACCTAGTTAAGCCTTTAAATGTCACTTTAAGCTTATAGAAGTGTCTTGAAAAATATCTAGCAAAATTTTATTTCATCATGGCAAAGATAAAATAAATCAGTTATTAGAGATGAGTTATTAAAACTATTATGCTTAGAAATATGTTGAAAAAAATCTGCTCTGCACTAAACAGAAATTGGGGAAGAAAATAAACGGGGTGTAATAATTCAGGGGGGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTATGCACAGGACACGTAAAAAGCCTATTTTTTTTTTTGAAAAAGTGAGTAAACCCGTTGCCTTAAAAGTTGATTTTACTTTTACGAAGTCACTAAACCCATTGACTTAACTTTCAGAATTATGCACATAGATTTTTACTTCATAATTATAAGACGAGTTTACTCTTTTTTTTTTTAAATTTTTTTTAGGTAAAATCAACTAATTGCTTTTTACAGTGCATAAAATAACAATAAAACGCATTCATACATTGTCACATATACATATAACCAATACAATTTTTACATAATTGTCAAAAAATCTGCTACATACAAGAAACAGCTTGTAGTCTGGCCATGTTTTAAGGCCTGGAAAGGATTCTTACATTGTTCTTACTGTGACAGTCTCCTTTCACCTCAGAGTGTCTGTGGATCCTTAAAAATTGTTAAACTCCTCAGTATAAAAATAAGGCCTTAATTAGTCTTAAGATAAATTAAATCTGTGTCTCAAAGGTCTTAAAAATGTGATCAAACTGACCCTGTAAAGAGGATTTTGTTTCTGTTTTGAAATCTACCTAAAATCTTTTCATCCGTCTATTTGTCACCCAGAATGAAATGGGCAGAACCCTGTAAAAACACAGGAATTTTGTTTATGCACGCAGAGATTGGGACTATATAATAGGTTATGAGTTAACCTGTAAGCTGCGTCAACCTGTACATAAATAAATGAATAAGAACCTTGGGGTTTAGGCTTACACAAGCCTAATTTTCCACCGGGGTCAAGATCTGTTAACGGCAATTTGTTAGAAGCTGTTTTGGATGTTTTTTTTGCAAATTCAGTACCATGAAATTGGTCTTAAAAAGTCTTAAAAATAACTTTTAGAAAGCTGCAGATACCCTTCACCTGAAATTATGTATCTCTTCCTTTTCTGTTTCCACAG
Seq C2 exon
AAGCTGCAGAATTTAGGTGTGAGCACGTCTCCACTGAAGCCCCAGACGCCCCCGAGAGAGCGCAGCCTCCCTCCCCGACCTCGCTCTCTCATCCTGGGCGCTCCTCTTCTCGGCCGAAAGGACGTGCAGCAGGACGAGGATGAGGAGATGTTTGCAGAGGAGGCCAGAGAGGATCCACCAGCTCTCACTGGAGGAGAACGGACTGTAGAGGGCAGGAGTGCCACAGAGAACGCTTATACAGAGCTGCCTGGATCATTCGGCTCCAGGAACGAACCAGCCATGGTCACGCTGGAGTTCGGGGTTGCCAGAATGACCTGCTAAAGACACGACACACAAGCTCATTTTTTCAGATTCAAGGATTGCAGGTGGACTGGAGATGATTAAGATTTGTAAACTCTGTAGTGAGAGAGAGGATGTTTGTTTGTGTGTGTGTATGTGTGCAGGTTTTGGTGGTTTTTGAGGACATAAAATTTGTTTAATGAATACTGTAGGTATTATAATGTTTATATGGTTTACGAGGACGTACATTCTGTCCTCATAATTCAAAATTGTGTAAAAAAAATTATACTTAATAGGATTTATTTACATAAAAAATGAGGGTTGGGTTTAGAGGTAGGGTAAGGCCATATGATAAGCTTTTTTGACAGTATAGGATATACAACGCCTGTGGAGAGTCCTCATAAACCACCATAACCAAGGTGTGTGTGTATGTATGTTTTTATGTGAGCTGTTTACGTGATTGCATTGCTCTCATGTACGATAGATGAAGAGATCAATTCAGAGGTGGATCCTTTAATGTAAATTCATTGTTATATCTGTCGATTCAAATGCCATTTTGGTCATCATCTACAGCTTGTTTTTTGTTTCGTTCGCCCGATTTTTTAAAGGATGTCTATAGCACTAAAAAAAAAAGATTAAATGAAGAGCTGATGGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000016794:ENSDART00000005845:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.105 A=NA C2=0.883
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]