HsaINT0106294 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000139505 | MTMR6
Description
myotubularin related protein 6 [Source:HGNC Symbol;Acc:7453]
Coordinates
chr13:25820341-25825913:-
Coord C1 exon
chr13:25825787-25825913
Coord A exon
chr13:25823631-25825786
Coord C2 exon
chr13:25820341-25823630
Length
2156 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCTGTAAGT
5' ss Score
7.96
3' ss Seq
CAAATTTGTGTTTGTTCTAGAAA
3' ss Score
8.39
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTTGGAGGAACATGTACCATCAATTTGATCGAACACTGCATCCTAGGCAGTCTGTATTTAATATAATTATGAATATGAATGAGCAAAATAAACAATTAGAGAAAGATATTAAAGACCTAGAATCT
Seq A exon
GTAAGTATTCTGAAGTATCTAATATATTTGGAATGTGAAATTAGTTTACGATTAGACTAATATTTGTATTGTTGGTGTAAATCAGCACATAAACTTCTGAAGTAAGCAGTTTCTTCAAAATCAGGTCATCCCTACTTTGATTGAATACGTTAGTTCGAATCACTTTCTTTGTATTTTAAAATACATTAAAATACCGGAAGTATATAGCATAACGTATAGATAAACATAATAACTATCTGTGTACCCACCAGCTAGCTTTTGTGGGATTTTAACATTTACTATATATGCCTCAGATCTTTCTTGTTCTTGTTTTAAGAAATAAAACATAGGCCGGGCGCAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGTGGATCACCAGGTCAGGAGAGTTTGAGACCAGCCTGGTCAGCACAGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAAAATAACAAAAAAGTAGCCGGGCATGGTGGCGCATGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAAGCAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCATGCCTCTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACTCCATCTCAAAACAAAAACAAACAAAAAAAAAAGAAATAAAACATAGATCTATTTGAAGACCCTCTATACTCTTACCCAGTCTTCACCCATGTATCACAATTTATAATACTGTTTTTCTTGACTTAAAATATTTTTACTGTGTATTGAAAAAATACCAAAGACTATCTATAATGTTTGTATGAGTTGTAAAGGGAAACAGACAATGTATAGGCCAATATACCCTTCACTCTGCTTAAGAAACTGATGTTTTAAAACTATATAAAAGTTACCATACTGTTTATGTGCTTCATTTTGCTCAACAGTGTTTTGACATTTATCCATGTTGATACATGTAGCTTTTATTCATCTTTTTATTAGTAACTACTATATAACTTTATATTATATGAATATATCACAGTCTATCCATTCAGCTATGGATGAATATTTAAATTGTTTTCAGTTTTGGATTTCCATGATTACAAATGAAGTTAAATGACTTTCCATATTTGTTGGCCATTTGGTTTTCCTTTTCTGTGAATGGACTGTTCAAACCTTTGCTCATTTTTCTGTTGGCATATTTGCCTTTTTCTTAGTGATTTGTAAGAGTTGTTTATATGCCAGGCACTAATTCTTTGTTAGTTATATATATTACAAATGGTTTTGTCCAGCCTATTGTCTTTTCCACTTTATTTATGGTATGCTATATATAGATGTTTTGAATTTTCATGTCAAATTGCTCAATGTTTTATGCTTTCTGTGTGTGTCTTGTTTAACAAATCCCTCTCTACCCTAAGACTTTCCTATAATCTTTTTTCTGCCATCCTATATAAGCAAAAAGGATCAGTAAGTATATATATATTTTTTAAATCCTAGACAGTTATAACAGTAAGACTGTCTCATCTACCTCTCAGGCAGGAGTCTCCCTTAGTCATCTTTTAGATAAAGAGGTAATGACTGCTTGAGTAAATTGTAGAAGGATATGGTCAAGAGAGGCAAGTCCAGGATAATAGGTAATACAAGATTATCGGGACAGTCCAAGAATTTGGAGAGCATGATACTCTGCCACAGGACACTTTAAAAATCTTCTGTTAAAAAAGTAAAGTTCTGTTGTGTTTAAAGTCTGTTATTTTTACCTAACAAACCACTGTAGGAAAACCATGTAAGAAAAACTCTATATAGTCAGTGAGCCCTTTAGCTACACAAGTTTGTTTGTTGTGTTTTCAGGGTGAATGTTTCATACACATTTCTTTTATTATAAATGTTTACCTGTTATGCTTTCTAGGTAATATATGTCCATTTTAAGTGTGGAAGCCTAGTGATCGCCTGCAGTCAAGTCTTGCTGGATTGTTTGTTTAATAAATATAAAAACTAACAATTTTCCACAGCAAAAAATTGTACACAATTAGGATTTTCAACCATGTCATATGCATTAAATGTTTCTACTTTTTTGAGATTTAGTTTTGCATTATACATACAGAGAACATATTTTGCAAAAGCATGTTTTCTTTTTTCATGTAACATATTGTGGCTTATGCAATTAGTAATTTTTTCAAATTTGTGTTTGTTCTAG
Seq C2 exon
AAAATTAAACAACGCAAAAATAAGCAAACAGATGGCATCCTCACCAAGGAATTGTTACATTCAGTTCATCCTGAATCACCTAACCTCAAAACTTCCCTGTGTTTTAAAGAGCAGACTCTGCTACCCGTAAATGATGCTCTTCGAACTATAGAGGGCAGCAGCCCGGCAGATAATCGTTATAGTGAATATGCAGAAGAGTTTTCTAAATCAGAACCTGCTGTGGTCAGCTTAGAGTATGGTGTGGCAAGAATGACTTGTTAGACTCATAGAGTTTTTTCTGCAATGATTGCAGTACAAGAAAAGGATTATTGTGAGGATGGTCTGTAAGCATAACCAAAAGGAATTTGTCTAATAACAATTTTAGGGTTTAACAGTAGGCTAATAGTTGAAGGAAGGATAATAACTACCCTTGTGAGAGAAATAAGTCATTTTAATTGCATTTCCAGCAAGGAATGACATTCAGTTCTGTAAGAAATGAGTGGTATTTGATGTATTTACTCAAAACACAATTTGCACTGTACACTAGTGAATTGACGTTTATGATTTATGTTAATTCAGCCAAACATAAATAACCTTCCTTAAGTACAATTTAACTTCAAGAAAACAAAATTTGACAACATAGTTTCTTAATAAATGATATGGCATGTACTTTCAATTATGTAGCTTTGTAACTATGAATATTTACATATTTTGCCTTTTAGTGATATTTAATGTTAAAGTGCCATGAAAAATATTTCTAAGAAAGCCTTAAATTCCCAGTGGATTCTTTACCCTTAAGTTTTACAGCCTACAACAAGATTTTTTGTTTTGTTTTTCTTCTGGTCAGCCTTGTTTTGTTTGTAAAGAATTGTGCTCTCATTACTGCTGGGGGTGCATGCTACAATACTTCTATATAAACACTTGTAGAAGTACACTGTTCACGTTTAGCCTGCCCCACTTTTGTATTCAAAATTAATGAAACTGAAGGTTTATTCTGATCATAATTTGTTTAGTGCTACATTTGATAATTTATTATTTACAGCTTAGAATATTGATTTCTTGAATACGTATAAGCACATTTGACTGTCTTTTATATATGGATTACTGCATTCCATTGATTCTTATTTTGTGGTTGGCTTTATTTCTTTCACAACTGTGTAAGTTTAAAGAGCTAAAGCTCTAAAACTGTTCTGAGAAACAATGAATAGTACATGTATATGTATATTTTTAAACTGCCTTATTGCTCAATGAGTTGCTGTTCCTGGAGTATCTAACTTTCAGTTTACTCAAAAACTTTTGGGTAAATAAAAAAGGGAAGTACAGATAGTTTAGGTTGTGCATGGTTGCATGAATTTTGAAGTCATTTCTATGTGGAGCATTATTTTTCTTCTTGTTAAATATAGAAAAAAAAAGAGATTCTAGTACAAAGTTACTGTTTAACAAAAGCAACATAAACTCTGGGAAAGATTTCATTTTGCCATGTTATATTTACTGTTTATTCTGTGTACTAGTACATATCTTTAAATTACCAAAAAACAAGAAACAAAACATAAAAACCCCAAAACTATCACTTGGAATTAGCAATATCACCCAACTGGCTTTAAAATTGAAAATTTAAATAACATGGTGGCATGAAGTACAATTCGAGTATTAGGCAATTTGCATAGTGTTCCTCATGCTACTTTCTGTTACACCTCTATTATATTAGTTTTGAATATAAACATCTTTTTCAGACCAAAAAAAACTTTATTGTATGAGAGCTTATCTTATCCTGTTTATTTTTCCAATGCTTTTCTGTAATACATTATGTAATTTAAAAAATATTCCTTTTTAAACAGCAACAGAAATGCACTATAAAATATAGTATGTGATTAACCAATCCTGCTTCCATATTTAAGCACTGGGAATGGAAACTTAATCTCTGTGACTACAAAGGGAAGTTTTTGTGCCTTGGTGTTCCAGTCACTGATTGTGGTTTTAGAATCTTCTGTGGCTGACTTCTTGTATTCAACTCTGGTTTATTATCTTAATCTTCAACTTCAGACATATATTTGTGTGTTTATATGCTCACAGGTGGACTGAGAAATCAGTTACATCTTAAGTGACCTACAGGGTATATGTTGGCAAAAGCAGACTGTGTATATGTCTTATAAAGTTGAATTTATGTTCAGTGTGTTTGGAAGTGTATAGCATGTAAATTACTTCATATATGATTTAAAGGTAATTAAATGTTCACATTTTACTTTGAATGTTTTTCTTCTGGATAAAACAAATGGAATCAAGTTGTAGTTGTTTTTTTTTTCTTCTCACCTAGGCAAGTAGACTTGCCCATTACATTAACATAACAGCATAAGGTTTGAGGAGTTTATTTTCCAAAAGTTTGTTGATAAATAATACCTGTTTCATACAAAAATAATTTCCAGAATATTTAAAATAGGTATAGTGGGCTAAAAGGCCCATCAGATGTAGGTAATAATGTCATTAAGTTTTCATTTTGTTCCTGTCACTTGCTTATATTACAATCACTATTTTTTTGTGCCCTTGCCAACTTGATGGAAGGCAGGGTCCATTGAGTACAAACATTCGAGGTGAAATGTCTCTCCAAAGGCAGATCTGGATGTAAATATGAGGAAGAAAATAACTGGCTGACAAGAGGATAATTTTATTGAGGGTGTTTTGAAAAGGTCAGCTAGGCTAGAAGTAGCTCAGGGAATCTTGAGTAAAGATGAAGGGAACTCTTTTAAAACAAATTCAATTTATTTGGTCGGGTAGCAGAGCAGGGAGGTGGTGTCAGTCAAGCCTGTTTTGAAACATTTTTTGCAGAAGGTCAGCTTTAAAATATTGAAAAATTTCCAGTTGACATGCTAAGTTGGATTAAATGCTGATCATTTATAAAACTATATAGTTGCTGCAAAAGTAATTGGGGCTTTTGCCATTGAAAGTGATGACAAAAACCGCAATTACTTTTGCACCAACCTAATACTACAGTTGCAGACTTTTATTAGTGACGCTGATCTTCATTAGTCAAGTTTTAGTTATTTTGTTGGCTTTTCCATGTAGAATTCCAAGTGACATTAACATACTTTGATTAATTAAAGAAAATTTGGAGACTGTTTAAGATATATGTCTAGATATCAATGTAAACTATAAGCTTTAGGAACTTACATCTAGAAGAAAGCCTGGAATCTAGAATAATTATCTCAAAAAAAAGTATATATACCATTGTACTTGATATAAGAAAATGTAAACATGAAACCTTGACATTTTAATAAACAGTATTTGTGCTACTCTAGTTATTTCTAGGAAAGTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000139505-MTMR6:NM_004685:13
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.233 A=NA C2=0.267
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)