DreINT0106121 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000040926 | nr2f2
Description
nuclear receptor subfamily 2, group F, member 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-990415-252]
Coordinates
chr18:23882118-23886975:-
Coord C1 exon
chr18:23886448-23886975
Coord A exon
chr18:23884639-23886447
Coord C2 exon
chr18:23882118-23884638
Length
1809 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
TATCTCTCCTTTTCTTATAGATG
3' ss Score
10.26
Exon sequences
Seq C1 exon
CCGTGCAAAGGGGACGAATGCCACCCACACAGCCACACCATGGTCAGTTCGCCTTGACAAATGGGGACCCACTGCACTGCCATTCCTACTTATCCGGATATATCTCTCTACTACTACGAGCGGAGCCCTACCCAACTTCTCGGTATGGCAGTCAATGCATGCAGCCCAACAACATCATGGGCATCGAGAACATTTGTGAACTGGCAGCCAGGATGCTGTTTAGTGCGGTAGAGTGGGCCAGGAATATTCCCTTCTTCCCAGACCTCCAAATCACCGACCAGGTTGCCCTTTTGAGGTTGACCTGGAGTGAGTTGTTTGTGCTTAACGCTGCTCAATGCTCCATGCCTCTCCATGTGGCTCCACTTCTGGCGGCGGCTGGGCTCCATGCCTCCCCCATGTCTGCGGACAGAGTGGTCGCCTTTATGGACCACATTAGGATCTTCCAAGAACAAGTAGAAAAGCTCAAAGCTTTGCACGTTGACTCTGCTGAATACAGTTGTTTAAAGGCCATCGTTTTATTCACTTCAG
Seq A exon
GTAAGTTTTCATATTTAATAACATCTGTTTTTGATAATATATTTTATATTGCAGTGTTTGCACAAAAAAGAACACCGTAGTATTTTAATAAATGTTTTATTTTATAAAAAGAAAGGTGTGCCAGTTTTATCTTATTAATATGTAAGCTTTAAAATATCACGTCATAATAGACACGTAAGTGTAAATATTTTACAAAGCTTTCTAATGAAATTTTCATTTTGAATAAAATTATGGATTTGTTATAATTAAGAATGTGTTTTTTTAAAGCATCGACGTATCTTCCATAAAACATCTTTTCCGATTATCGCTAAAAATATTTAAACATTTACGTCCCGTTACGAATTAAACTGTAACATAAATAGTGTTGACAGCCAATATGTAAAAAATATTAATTTATACGAATTTAAAAAATAATTAAAGATATAACTTTATTACCCATTCTTAATTTAAGAAAAACAATAAAATACAAATCATGAAAGAAAATGTGCACTATCAAAACAACATCTAAATTGTTGCTTTATACACTTTTCTTGTAGTTTCACAATGCATCAGCATAATATGATCTTGAAGGGCAATCAATTATTTGTATTTATTTGCAATGACAGATATTAAGGATGTCATGCTCGAAGGGAGGGGGTGAGGCTGCATGAAAGGGAAGAAAGGCCTAATGCTCCGTTTTCACACATCACAGCCCAGCTTTTCACTTTAGCCGATAGTTTTAGTTTAATGGACATTTTTAAGTTGCGATAAACGCCTATGTATAGTATTGTTGTGCTTTATTGAAGAAGAGGCAACGATACATTACTGTGCGTTGTTTAAAGCTCACAGTTCTTCCTTGTTTTGTTAGGATGATCTAGGGATCCAAGACACATGCTGGACTCGTTCCAGAAATGGGTCATGACCCTGACTTCCTTTCTTTATTTGTGTATCACAAAGCTAAAGCAAAAAGTTTTACAGATTTAAAAACTTCATATAGTGAATATATTCTCTCGGAAATGTATGACTTGAAAATATGTACTATTAGCATAATACATGTAGCATAAAAATGCAAATACGCTGTTTGTTGATTTTGCAAATATTATTACACACAATAATAAAATATATATTTTTTAAATCAATCAAAATCTAAAATAGGATATAAATGGAGATGTTGTTAACACGCTATTTTTAAACGTTTGTCATGTAGGGCACCCTTTTGCAATCGCCTTACTGATTTAAAGTCTTATTCCATCTCTTGTAGATAGGTTGCTCTTAGAGTTTATTGTCGTTCTTATAAACATTTTCCCGACATGATCTACAAGTTTATAGCAAAAGAGTGTGTAGTTTAGTAATGATGTGGTGGGGAAAATACACAGCATTATTGCACGTCCACTTCGTCTTTTGGTTTAACATGGTTGTATTTAAATTCCTCTTTTGCATTTCATTTTTTTAATGTTATTGCCCACAAGCTACCAAATTGTTATTTTATGGTGATTACATGCATCAAGATTCAAAAGGTTTAAAACTATTTGAAACTCGAACACAGCAACATTCATCCCATTAGCTCTTTTGTATAAAATACATGCAGCAAAACTTAATATTGTAAATTGTCTCTTAGGGTGTTAGAATTAGAACGTTATGTTGTGTCGTATGGCACGTAGCCTATCGTTTTACAGAAACTGTTTTGTGTTAGTTGCAATGTGTATATTGACGTTATAGCGAACTTAAAATAGTATGTGGTAATGTTGTGTGGCTTGCCGTTTTTTAAATTGGTTGTCGAGGTGTACTGTTAATATAACAAACATTTGATTATCTCTCCTTTTCTTATAG
Seq C2 exon
ATGCGTGTGGCCTGTCAGATGTGGCCCATGTGGAAAGTTTGCAAGAAAAGTCCCAGTGCGCTTTGGAGGAGTACGTTCGGAGCCAGTATCCCAACCAGCCAACTCGATTTGGGAAGTTATTACTGCGCTTGCCCTCTCTCCGTACAGTCTCGTCTTCGGTCATAGAGCAATTATTTTTCGTCCGATTGGTAGGTAAAACCCCAATTGAAACCCTCATCAGGGATATGTTGCTGTCGGGGAGCAGTTTTAACTGGCCTTATATGTCGATTCAGTAGGCAGAAGGAATGATCAAAGGGGCTGTGACTACAATAGTTAGCGCTTCTTTTGTAGAAGGAAACGGCTGTTACAAGAGTTTACTTTCACGAAGAAAGACTTTCATACAATGACTGTGAATTTTAAAATTGAGACATTCAGTGAAGCCTCGAAATCCAGAGATTGCTCCCAGTGTCATTCTGAACAGTTTGTTATAATGTTTTTTTTTTTTGTTGTTTGTTTGTTTGTTGTTGGGTTTTTTTTTGTAAAAAAAATAAATAAATACAAAAATGAAGACATGAATAACCCACTAAAATTAATACAAGACGTAAGAAAAACAGGATTTTTATAATCCTCTCATCAACAGCAAAACTACAAAGTGCATTTAAGCGACAATTTGGAAAGATTAAGAAAAGAAGAAAAACGTTCTTTTTTCCAAATTGCTATATTGTCCTGTGTCCATGTATCTATAGCTGTTTTTGTAACTTTTGTTCCTCCTTTCTGGTTCCAAACCGGCCTATGTGATTCTGTAGTATGCAGTTGTTGTTTATTTTTTATTTTTATTTTTTTTCTAATAACCATGACTTCTAAACAGTTCAGTAATGTAAAGACGTTCTTCGAAAATTCGAGAATTAAAACTAAATCCACAGCAATATAGCCTATGCTTAATGCTGCAAGCGCACTTACTCTATTCATGTCCCTCAATGAACAAGAGTGGATATTATTTTCATAATCGACTCGAACCTATATCCACAAAATGCCAGAGCACTATTATTGTGCCAGTGTGTTACGTTTCATGCCACCATTCTACCTGATAAGACATCCCCCCAAAAAATAAATATTTCTCAAAATGGATGCAGAAGCAATACTCAACTCTGCAAAAAAAACTGCCATTTACTTATGTGCGCCACACCAGTGTTTGCAAAATGTCATCTTATCGGTTTTTGAGAGTTACGACCTGCTTCCATTTTTTATATTTGGATTTTGGGGATGATCGTCGGGTTGTAATGCAAAAAGTATAGCAAAGTATTTGATTTTACAGTTAAAGAAACCCTCCCACTTAAAATTTTCAAATGTATTACAGACGCTTACCTAAGGTTGCGCCCAAGCGAATTTTCGCTCAAGTGTTTAGCCACAGTAAACTGTATTTGTGAACGTGGGGAAATGATGGGTCATCATTCTTATAATGATAAAGCAGCAGTATTAATAAGACGTCCCTAAAAAATACCCCTCAACACTTAAAGCATTAAAGTGCCTGTACAGCGCAAATGTGTTATTAACGGTTACTGAAGTCTATACACCATGGGGAACACGCTTAAAATTTACAAAGTAAGTCTTATAATTGTTCATTTCACTTGAGGGAAAAAACAAGTAGAGGCAGTATTCTTGTAAATATAGGTCAATTCATTTCAAGGACTTTTCTTTATACAGCGTATATGTGATTAAGAATAAAACTGTGGTTGCCAATTTTTTCGGTAATACAAATGTCTTCAAATGAGTGACAGACTTAGCTAGTAGCACTGAAAGATCTGTTTGTAATGTACATACATATTAAGAGAAATGTTTTTTTTTTCTTTCTTTTTCATGTATTTAGACTGTGAATGCATGGCCACAGGTCGCTAACCTATTTTACCTTTGATATATATATATATATATAAATGTAAATGTTTTTGACTGTATAGATATAATCTGTGCATTCAGTACACTAGCCCTTGTATTTAAAACGACAAAAAGGAAAAAAAAGTTCGACGATAGGTTGACACTTAACAGGGTGAGCTGGTTTGGAAAGGGGTGGCTATTTTGACTTGGTGTTCTGCTCCTTTTCGGTCTGTAACAGATGCCTTGTGTGTGTATGTGTGAAAGCTTGCAATTTCGTCCTTGTTTTGAGGCTTTTCTTCAACACACAAGACACCATGTTGTGATTGGATAAAAAGGGATCATATTGTGTAGTTGATTGAACAGTTATTTTGGGCTGTTCTCTGCCACATATGGACCAGTGAATGATACATGATTGTAATTATGAACAGTTTAAACTGACCCACGTTTTTATATAAATATATAAAATATATTACTGCAGGGTATTGATAACGTATAGATACTTTTTTATTATTATTGATTATTATTAATTGCAAGTGATATACGTGAGTGTGTGTGGAAGTTTATAGTTGAAAACAATTCTTGTTTGTTTGTGTTAGCTTATTGTAAACAAGCATTCTGCTGTAAATTTGTTCTTGGTATTAAATTATAATTTATGAATTTGAAATCAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000040926:ENSDART00000130163:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.081 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0010425=Hormone_recep=PU(67.3=72.1)
A:
NA
C2:
PF0010425=Hormone_recep=PD(32.1=68.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
CCAGGTTGCCCTTTTGAGGTT
R:
CGAGTTGGCTGGTTGGGATAC
Band lengths:
357-2166
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]