DreINT0106158 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000103176 | nr5a1a
Description
nuclear receptor subfamily 5, group A, member 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-010504-1]
Coordinates
chr8:52864477-52870618:-
Coord C1 exon
chr8:52870477-52870618
Coord A exon
chr8:52864917-52870476
Coord C2 exon
chr8:52864477-52864916
Length
5560 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTGAGC
5' ss Score
7.75
3' ss Seq
CTCTCTCTTTGTCTTCTCAGCTG
3' ss Score
9.78
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTTTTTTCAAGAGGACAGTTCAGAATAACAAGAGATACACGTGCACACAGAACCAGGACTGCGGCATCGACAAAACTCAGAGGAAAAGATGTCCGTTCTGCCGCTTCCAGAAGTGTCTGAGTGTCGGCATGAGACTTGAGG
Seq A exon
GTGAGCAACACTACAACATAAGTGGGGGAAAACACAACAAATGTCTATTACTGTAGTCATTTACAGTAAATACTGCAGTTCCTTTGAACCATGCTAAAGTGCATATATTACAGTATTTAATACACAATGCTAATTAATGCTCTAGCATACTGAAGTATTTAAAATAGAGATGTACTGTAATGAATACTGTAATATACTTAAGTTTACTACAGTAAACTGTGGTGTGCTGTAGTGTAATACACTATATACAGTAGCTGTAGAAACTACAGTAGGGTCATTTGTTTATATAGTCGTTGTGTTACTCTAGAATCACCACAACATATTAAATGCTATAAATGATGTTACCATAGCAACTGTAGAAACACCACAAAAGAATAAATGCTATCATTGGTGTTACCAAAGCAGCAGTAGAATCGCCACAACAGATCAAATACTGTAGTTTTTGTGTTACCATAGCAACTGTAAAATCGGCACAACAAATTAAATACTGTGGTTGTTGTGTTACCATAGCAACTGTAGAATCGCCACGGCAGATTAAATGCTGTAGTTGTTGTGTTACCATAGCAACTGTAGAATTGCCACAACAGATTAAATCCTGTAGTTGTTACCTTAGCAACTGTTGAATCGTCACAACAGATTAAAACCTGTAGATGTTGTGTTACCATAGCAACTGTAGAATCGCCACGGCAGATTAAATACTGTGGTTGTTGTGTTACCATAGCAACTGTAGAATCGCCACGGCAGATTAAATACTGTAGTTGTTGTGTTACCATAGCAACTGTAGAATCGCCACAACAGATTAAACCTGTAGTTGTTGTGTTACCATAGCAACTATAGAATTGCCACAACAGATTAAATCCTGTAGTTGTTGTGTTACCATAGCAACTGTACAATCGTCACAACAGATTAAAACTGTAGTTGTTGTGTTACCATAGCAACTGTAGAATCGCCATGGCAGATTAAATACTGTAATTGTTGTGTTACCATAGCAACTGTAGAATTGCCACAACAGATTAAAACCTGTAGTTGTTGTGTTACCATAGCAACTGTAGAATCGGCACAACAGATTAAAACTGTAGTTGTTGTGTTACCATAGCAACTGTAGAATCGCCACAACAGATTAAAACTGTAGTTGTTGTGTTACCATAGCAACTGTACATTCGCCACAACAGATTAAATACTGTAGTTGTTAGTTTAGCAACTGTACAATCGCCACAACAGATTAATGCTGCGGTCACACTAGAGTTTGAGCTAGCAAAATTCTGTAGTACTGCGCTGTGAAAAGGGGCGGGATTAAACAAGATGATTAGACATTTAAAAAAGTAAGCGATTGGTCCATATTTATTTCTGCCCAGAGAGGTCATGTTTTGATCTTCGATTGGTCTCACGCTGTCACGTGATGTGATTTCGCATTCAGAGTTCTCCAAGCTTGAACTTTGGAATGCAGCGAACTGCGAAGCTTGTTGCACAAGCTTGCGTTTCCGCTCTGATGCATTCGCATATGTTTGAATGGAAGTCTATAGGGAGAAATGTCCAATGTGACCGCAGCCTAATTCAAGTTACTATAGTATGCTTCAAAAAAAAAAAAAGTAGTGTTTACTATAAACCACCATAGTATTTGTTCTTGTGGAAAATGAAATCTTCTTGAGTGCATTGATTGTATTACTAGAAGTGTTTGAATGTGGACCAGTGCAATGCTTTATTACATGATCATATCATGTATTATGAGGACTTTTAGTTAGGGTTTAAAAACACATTAAAGGATAAAAAAATAAGAGACTACTTGAAAATTCTCAGTTTCTTAAGGTTTGCTAATACTTCCAAATATGACATAGCATTTCTAGCATTTTATATTCATTAGTCATTTATAGCATTTTTCTTTTCATTAAGTACAAAAAGTTGGTTTATGGGATATTTATTATATATAGTATTTTTCTTTTTTAAATATTTTCCAAATGATGTTTAACAGAGCAAGGAGATTTTCACAGTATGTCTGATAATATTTTTTTCTTCTGGAGAAAGTCTTATTTGCTTTATTTCTGCTAGAATAAAAGCAGTTTCTTAACTTTTTAAACACCACTTTACGGTCAATATTATTAGCCCATTTAAGCTATATATTTTCGATAGTCTACAGAACAAACCATCATTATACAATTACTTACCTAATTACCCTAACCTGCCTAGTAATCCTAATTAACCTAGTGAAGCCTTTAATAGTCACTTTAAGCTGTATAGAAGTGTGTTAAAAAAGAAATAGTCTAATATTATTTACTGTCATCATGGCAAAGAGAAAATAAATCAGTTATTAGAGATGAGTTCTTAAAACAATTATGCTTAGAAATGTGTTGATGAAATCTGCTCTCTGTTAAACAGAAATTGGGAAATAAAAATAAAGGGGGGCGAATAATTCTGACTTCAACTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATAATTTGCAAGAAATATTATTTGACCATTTAGCTTCACTCGGCATTTATTAATATTTGTTAATGTTAGCTGACACTGCAGTAACATTTGATTTCATTAATGGATTAATATATGCTGATATTAGCAAATCTATTGCTCATTTTTAGATGATAAGAGTTTCACTAATGACAACCTGTTGCAAAGTGTTGCCAAATGATGTTCTGGAAAAATCCCCTCGAATGCCTTTCACTCATTATAGATTTAAAACCCAAATGAAAATAAACATACAGATTTTTGTCCAGGCTTAACACAGTAATACATCTTTAGCACTAGGCAGTAAACATTAAATGTGTTATGAGGTTTTAAAACATTTTATGAAAGTCTAGTGGCTGCATATGAATTTGCAAACAGCTGAAGTCAATTATTCGTGTGAAATATCTATTATTCTTTATTTATATATGTTTAACAAAGAACACAGTATTTCCTGTTAATCTTTTATTTATTTTAGTTTGACTGGAGTAAATAAAAAGAAGAGTTAAACTTCTAAGGTAAATTTTATTAGAATTATATTATTATTATTATTATTATTATAACTTTATTCAACTTTATATAGGTGATAAAAACCTTGTATGGGACAAGGGAAGTGTGTCTGATTAAAAAAGCATAATATACAATACATTTTATATCAAAACATTATACAAAGCATTACCTTTATAGCTTTATTTTTACCTTTAATTTGAAGTTTCTTTTATTTCTTTTATTATTATATTATAAGTTGCCTTGCCTTATTAAAAATAATTAAATATATAAATATAATAATTGGTAGCTTAGTGGTTAGCACTGTGGCCTGACAGCAAGAAGGTCATTGATTTGAGTCCCGGCTGGGTCCGTTGGCATTACTATGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCCTTGTTGGTGTGGGTATCCTCCGGGTGCTCCGGTTTCTCAAACAGTTTAAACACATGCGCTATAGGGGAATAGAATAAATTAAATTGGCCGTAGTGTATGAGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTTTCACATTACTGGGTTGCAGCTGAAAGGGCATCCGCTGCATAAAACACATGCTGGAATAGTTGGCATATATATATATTAATTTGAATATTAATATATATAGTTTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAGTTGGTACGTTATTAATTTGTACTGCACTTAATTTGGAGGCTCGTGGGTCTCGTATTTGGCTTTGTGTGTGTGTATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGATTCCCAGGCCGAGTGCAGAGAAGCACCTGTTTCCGCGCGCGCCTGTGACACATTCCTCACGCGCTGATAAGACTCGCTGATTCATGCAGACTTCAGTCTCAGAGTTCACAAAACCAGCTGAAAATCTCCATATGAAGAGAGAGATACAGTTGCTTTTTTGCCCTGTAAACCGTGCCAAGCATTCCTGGCTGTATTTGGCTTTTTTAATCACGCTGCTCCGAAAATAACACAGAATTGCTTTTCTAGTTGTTTCAGGAAAAGTTCATCCGCAGAATGTAAATAATGTTTAGGAATTCATCATTTGTCTGTTTTTATTATTGATTTCTCTATGAGAGTATGCTCTGGTGCATTTTGTACAGGACTGTGTTTGTGGTCAGATACTGGAGTTACTTATTTTTGTTTTTGTTAATTTTGCTGTAATTTTGTGCTCGTGCTATTTATTTTATTACACCCATAATGTTATTGTGCATATTTTTTTGGATGATTAGTTTGTTTGTTTTTGATTATTTTTTTATTTTATTTAAATTTACTCATGATATTATTGTGCATATTTTATTTATTTATTTTATTTTACCAATGATATTATCTTGCATATTTAATTAAATTTAATTAGATTTACCCATGATATTTTGTTATTTTATTTTATTTTACCCTTGATATTTTATTTTACCCATGATATTTTTATTTTATTTTATAATTGATATTATTGTGCATATTTGTTTGGATGATTAATTTATTGTTTGTTTGTTTTTGTTTATTATTTAATTTTAACCATGATATTATTGTGCATATTTAATTAGATTTAAATTTTACTATTTTATTTTATTTTGCCCATGATTTTTTATTTTATTTTCTTTTGCATAAATGCATTATTTTTATTTTACTTTATTTTATTTTAATTTATTTTGTTACACCCATGATATTATTGTGCATGTTCGTTTGGATGATTAGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTGATTAGTTTTTTATTTTATTATACCTATAATATTGTTGTGCACATTTAATTTTTATTATTTTATTACATCCATGAAATTTAATTTTATTTTACCCATGATATTTTATTTTTGTTTTACCCATGATATTTTATTACACCAATGATATTATTGTGCATATTTTATTTTATTTTATTTTATTAGACCTTTGCAGAATAAAACAAATATTTGCTTTTTACTCAAACCCATA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Seq C2 exon
CTGTGCGTGCAGACCGGATGAGAGGTGGAAGAAATAAGTTTGGCCCAATGTACAAGCGAGACCGAGCCTTAAAGCAGCAGAAGCGAGCTTTAATCCGAGCTAGCGGCTTCAAACTGGAGGCTAACGGGACGCTGCTGTCGGGACAGACAGAGTTCAGTTCTGTAGGTCTGCAGTCTCCCTATGACTGTCCTCCGCCTGCTCTCGGAGTCGCTCTGCAGAATTACGGCTCATTCCCAGCACAGTATCAGTACACGGCTCCGTCTCTACCCAAATCCATCAAAGCCGAGTATCCGGACGCGTACTCCAGCTCTCCGGACTCCACGCTGGGTTACTCATACGCTGATGGATGCCTGAGCGCTTCACCACACAGTGTCCCCATAAACCCTGCGCTGCCGCCGCTGGTGCTGGAGCTGCAGAGCTGCGACCCAGATGAGGAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000103176:ENSDART00000162004:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.035
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0010513=zf-C4=PD(64.3=93.8)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]