DreINT0106165 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000023362 | nr5a1b
Description
nuclear receptor subfamily 5, group A, member 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040702-6]
Coordinates
chr21:8185770-8191624:+
Coord C1 exon
chr21:8185770-8185911
Coord A exon
chr21:8185912-8190881
Coord C2 exon
chr21:8190882-8191624
Length
4970 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
ATCATTGTTTGTGCTCACAGCTG
3' ss Score
7.9
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTTTCTTTAAAAGGACCGTACAGAATAACAAACGGTACACATGTGCAGAGAGTCAGGACTGTAAGATTGATAAAACCCAGAGGAAACGGTGTCCTTTCTGCCGCTTCCAGAAATGTCTCAACGTCGGGATGCGACTGGAAG
Seq A exon
GTGAGCGGATTCTCTTATTTAATCCCTGATTCAATTTAATAAAGAGAACTACATCATTAAGTAGGCTATATTACTAAATCAACAAATAGCCTGTTTTTAGAGGAATGCAATTGCTGCATTTGTAAATATTTCCGGATAAAATTAAGCTATGGTTTGGTTATGTTTTAATGTCTAGTTGTTTATTTATGTTGCATACTATCTTATAAAAAATCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTGTATACTTTATACATTTCATAAAATTTAAATGATAATAATAATACATTTTATAAGCGCTACAACTGAGAAATCAAACATGCAAAGGATTCAACACAGAAAAATGATAAAATATAAACATAAGTATGATCAAGAATCTAAAAATGCAGTCTTAAAAATATGTTAAGATCTTAAAGCTAGGAAGCATTTCTTACAGAATAAGGGTAGCCTATATATTATATATCATTAGAAAAAACAAATATTGTGGTATGATTTATACATTTCCTTATTGTACAGCTGGCTGAAAATTGTTATATTGTAGGACATGTTGACCCTTTAAAAAAACGAATTAGAAATTAAATCGCTGCAGCTTGATTCATTTCAGATGTCGAAAAAAATCAGCCGTGAAAAAAAGAATGCAGTGTTTTTTGCAAGGTCGCTGTTATCTGCAGGCACCTTTGCGTTACCGGCTGCGCGCGCTTTGCTTCTGGATCAAGGTTAAGTATTCTTTTAAGCACGGCTCTATTTTTAATCGCTCAGGCTATCATGGTATTTTTAACTAGTTCGTGAGTTAATAGAAGGACGAATTTTAGAGAAACAGACAAGAAGCAACATTCACATGCTTGTCGAACTGGACCCGCCATTTCTTAAAAATAATGATAACAAAAGAAACAAAGAAACAAAACGGCGTTAAAAATTTATTTATTATTTATTTAGAGTTCCACAAATACCATTTTGTAATTAACATGTTTATTTACTTCAGAATACAATTTAATTTGAAGTATGCTATACTGGAAAGCCTTTCCCTCTGTTTATTATATAACATTATTTTATAACAACTGATATTCATAGTTTAAATATCAATATATTCAATCAATAAGTGATATTATTCATTGATTATTATACTTATTATTATGTTTGTTATACTTATTATATTTTTATTATATAATTAATTGGTATCACATGACCATTTACAGTCAGGGTATAATTCATTCATTAATTTCCCTTAGGGTTAGTCCCTTTATTCAACATGGGTCGCCACCTCAGAACTTATTAATCTTATAATAAAATGTATATCTTTATGTTTGTATAAACATTTTATTTAGTTTATTATTATCTGCATTACTTGTAGTATTTAAATTTTTTATTTTTTGTATATTTCAACATAGAAATCCTTAAAGATATGGAAGATATTGATACCTTTATTCTAAAATATAAAGGTTCTTATTAGCATCCAGTCAAAGTCAAAGTCAGCTTCATTGTCAATTCAACCACATGTACAGGACATACAGAGAATCGAAACTGCGTTACTCTCAGACCCTAGGTGCCTAACATATAATATCAATAATTTAAAAAAGAAATTACAATAAATACAATTACACATATAATATAATTTAAAAATATGTTACAAAAATTGTAAACAATATGATTGCACTTAAGGGCACATGGCAAAGAGTGCAAACCAGAGTTGTGCAGATTTAAAACAGTATACACTTTCAGAAATAAAGGTACAGGAGCTGTCACTGGGGCAGTACCTTTTCAAATGGTATGTTTGTACCTGGAGGGTCCATAGTGGTACTTTTAGGTACATGTGGATACTAATATGCACCTTTTAAGTAAGGTAGTATGATGTAACTAACTTGCAGATACAGGTTCAATGGTTCTATGAAGAACCTCTAATAAGCATGGGAACTTCTCATTCAGCAAATGGCTCTTCAGAAAAAAACACTTTACACTTAAAGGTTTATTTATTTATTATAATTTTGTACATTATTTATAGAGGTTTTTATGAAAACATAATACCAAATGGTGCATCATGCATGTGTTAACAAAATTATCTCAGTGTTATTACCTGATACCAAAAACAAAGTGCACCAAACCACTAGCAAACAATACAGCAATTATATAGCACCATCAAAAAAGATAATAATCTCTGCCAGACTAATGGAATAAGAAACAAAGTGGACATAGAAAAAGCAGGAGAAAAAAAATACAGAGACATTATTAACATATACATCTAAGGAAAGGGTCCTATATTTTATCATTCATCTTCTGTTTGCCGAATCTAGAGAACCATATCCAGCTTGAATGCAGAAACTATTTCAGCTAACCATTTAGAGGTTTATTTTATAGACAACCAAACAGTTCTTCTATGGCATTACTGTGAAAACCCCTTTTTAATTGTTCTTTCCTTTCTGGCATATGCATACACTGTAAAAAAAATCTGTTAAAAAACGGTCAAAAGACTAGCAACAGGGCTTCCTGAGAGATTCTGTTAAATTACAGAAAATAACTATTTTACAGAATTACGAGCAAAAACTAAAAATACAGAATATACTTTATGATCAAAAATTATTAAATTACAGTTTATCACTGTTGATAATTTGCATTTAAACTTTGAAAAAAAAAAGAACAAAAATGGTACTTAATGCAATTTTACTAGTTATTACTGCAATTATACAGATTATGGCTGTCATTTTTCAAATTATTACTATATATATATATATATAGGCTCAGTCTATTTATTAATCAGGGGTCACCACAGCGGAATGAACCACTAAATTATCCATCATATATTTTATGCAACGGATGCCCTTCCAGCTGCAACCCAGCACTGGGAAAACAGATTAATTTGTGTGATTTTTAAGATTATCACTGTAATTTTCAGGTTATTAATGCAATTATACAAATTAATTAATGTGATTATAATGATTATTACTGTAAGTATGCAGGTTATTACTGTATTACACACATTAATTATTGTGATTAAACAGAATAATTCATGTAATTATGCATTAAATCTTTAAATATTCCATACATTTTTCCACTTTCCAATAAAATATTCTAAAGTATGATTAAAAAAATCTTAGGTACAAATTATTGCTGTTGTCATAAAACACTGTAAATATAACTATAAAATATAATTTAGTTTAACAAATATTTTTTAGAATGTGTAAAAAACAAAAACAAATTTGCTTGAAAAAATAAAAAATTGTTATATATCTAATTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCAAAAAAAAAAAACATATTTGGTCATGGTTTAACAACAAAAACAAGATTAGTGTCATGTAAGGATGCCTGCACAACAAAGTTGAGGATCTAATAGCAATTTATTAAGAGAATCGTCTTGCAATTAAAGGTTGAAACAGAAACAAACAGGTGCACAGATAATCCCAAGCTCAAAGGCGGCAAACAATGTAAAAGTAAAGGGGTAAAACTGTAATGCTCACTAAACAGTTTAAGACTCAGCAACGATGTGTCTGTGTTTGCTAAGTTTGTAGTCCTTGAAATCAGTCCAGATCTTCTGACTGTGTGTGTAATCAGTCAGAAATAGGAACCCGGGTGTGCGAGGTGCATGCCGGGAGTTGTAGTTTGTTAAAGTAGCGTGTGTAGTTTTCCAGCGATCCGCAGCCACTAGATTACTGGTGATTAATAATTAGCACAGCAATATTGTTAGAGTAGTAAAATAAACATTTTAAATTTTACAGTGCATGCATTATATGCAGCCTACAAACAATAGGCTATTATTTGACATTATTAACCGGACGTTAATCCTCATATAATTACTGTCTTCACTAAAAACAAATTGATAAAATTTTTGTTTCCCTATTTTTACAGGAATAATCTGTAAATAATAACGTAAAATGACGTGTTACTCTGAATATACAGAACATTTCCTTTAAAAAAACAAATAATTAAGCGTAATACTAAAATACAAGCATTAATAACTGTAAATTTAATGTTAAGCGTTTTTTATTTCATAAAATATCTGTAAAAAAGCAGGTTTTTCACTGTATAATGAAAAAACTGAAAAATTCTGTAAAAATACAGACAATTACCTGTAAAATAACGCTTATTTTTACAGTGTATATAGCATTATAAATAATGAACTATTTTATTTATGCAAGCAGCATACTGTTTTAATATTTGTTATATTGTATTATATTTGTTGTTTATTTAGTTCTTAATTATACAAAAATTTTTTCAATATACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCACCTTTGAATTTTATTTCTTTTTTAAATATTTCCCAAATTATGTTTAAAAGAGCAAGGAAATGTTCACAGTATGTCTGATAATGTTTTTTTTCTGGAGAAAGTCTTATTTGTTTTATTTCAGCTAGAGTAAAAGCAGCTTTTAATTTTTTAAACACAGTTTTAAGGACAAAATTATTAGCCCCTTTAAGCTATATATTTTTCCAATATATAGCTTAAAGTCTACAGAACAAACCATTATTAAACAATAACTTGCCTGATTACCCTAACCTGCCTAGTTAACCTAATTAACCTAGTTAAGCCTTTAAATGTCACTTTAAGCTGTATAGAAGTGTTTTGAAAAAATATATAGTAAAATAATATTTACTGTCATCATGACAAAGATAAAATAAATCAGTTATTAGAGGTGAGTTTTTAAAACTATTATGTCTAGACATGTGTTGAAAAAAAAATCTTCTCTCCGTTAAACAGAAATTGGGGAAAAGAATTAACAGGGGTCAAATAATTCTGACTTCTACTGAATATATTTGCTTTCAGTGTTCTATATTATTTATAATAATAATAATAATTTAATAACAATAAAATAATAAAAAGTTATGATGTATAATGTAATATATCATTGTTTGTGCTCACAG
Seq C2 exon
CTGTCCGTGCGGATAGGATGCGAGGAGGCCGCAACAAATTCGGCCCCATGTATAAGCGAGACCGGGCGTTAAAGCAGCAGAAGAAAGCTCTCATCCGGGCCAGTGGCTTAAAGATGGAAGCCACACCCCCTTTGCTGACGTCACCACAACCTGACTACACCTTCAGCACAGCTTTGTCTGTGCCAGCTCCGAAAAACACCCATCCGAACATCGTCACCTCTGTGGCACCCACCGATTACGAACGCAGCCTCTACGCATCCAGCTCCCTGAGTTTATCCGTCCCCATCCCGGCCCACACTCCTCTCCCAGCACAATACCCCTATCCAAATCTGCCCAGCCGTGCCATAAAGTCTGAGTATCCTGACCACTACACAAGCTCAGAGCATTACACCAGTGCCAGCTCCCCAGAGTCAGTGCCAGGCTACACGTATATCGAGCAAACACGGGTGTCCAGCAGCCCGCAGGTGGTGGCACCGGGTTTAACAGTGCCGCCTTTGGTTCTGGAGTTTGTTCGCTGTGAGCAGGATGAGCTCCAGGTGCAAAGCAAAATAAGCGCTCACCTGGCGCACCTGCAGCAGGAGCAGAACTCACGGAGCACGGCAGCCAATCAGGAGCAGAGCTCCCGCCTCGCAGCCAAACCCGAGCGGCTCAGCACATTTGGCCTCATGTGCCACATGGCCGACCAGACGCTCTTCTCTATCGTGGAGTGGGCACGAAGCTGCATCTTCTTTAAGGAGCTTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000023362:ENSDART00000028265:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.351
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0010513=zf-C4=PD(64.3=93.8)
A:
NA
C2:
PF0010425=Hormone_recep=PU(22.6=19.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]