DreINT0108355 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000018270 | olfm1a
Description
olfactomedin 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040718-194]
Coordinates
chr5:64058598-64065991:+
Coord C1 exon
chr5:64058598-64058972
Coord A exon
chr5:64058973-64065841
Coord C2 exon
chr5:64065842-64065991
Length
6869 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGCGTGAGT
5' ss Score
7
3' ss Seq
TTTCTCTTTGTTTATCCCAGGTG
3' ss Score
10.52
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTATTCGAGTGGAGAGAGAAGACAGAGCTGCGTCCTCTTATCCTCACAAAGCGCAATTATAAAGTTCGCTGTATAGGATAGTGCGCGTAGAAATGCCTGAGATGAATTTATTTACACCGGGAGCTTCGCAGGAGCGCGTAACCCCAGTCAGTCGCGCAGGTTACCCGCACAGCTCTCCACTGGAATGTGTATAATGAAGGATACTGGGAAAGAGGAGAGCAGAGATGTCGGTGCCTTTGCTGAAAATTGGAGTAGTGCTCAGCACGATGGCGATGATCACCAACTGGATGTCGCAAACCTTGCCCTCTCTAGTAGGTCTGAATAGCACCAAATTAAGCGTGGCACCCCCGGGTGTGCCGGACAGGAGCACTGGC
Seq A exon
GTGAGTTTTCCTCATTCTCTTTGTTCATCTTCTAGTTAAAATACAAACATGTTTATTATTGACACGGTGTGTTAATTAAAATGAAACATATAATATCCACTTAGACTTGAAAAAAAGTCTGTTTTGAATATATTAAACAATGCAAATATGTGAATTTTTTTACTTATAGCCTGGTAGTATACACTCTAAAAAACGTTATTTATTTAACCCAATGGTTAAGTTAAACACATTTGCTGCCTTGTTGGGTTATTTTTAATCTTTATTGTGCTATTTTTAATTACTGAACTAGTTAAGTTAAATATGTATTGCTTTGTTTGTTTATTTTTAACCTTTATTTTGTTATTTATTTAATCAAAATATCCACTCGGAAAAAGTCAGTTTTAAATATATTAAACTATGCAAATATCCGAATTTTTCGACTTATAGCCTGGTATATCGTACAATCTAAAAAACGTTGCATTATTTATTTAACACAATGGTTGAGTTAAACATACTTGGTGCTTTGTTGGGTTATTTTTAACCTTTGTTTTGGGTTATTTATTAATAACTAAACCAGTTAGTTACTAAATAGGTTGGCTACCATGTTGCTAAATATCATATGGATGTAGTTAGTCTTATAGATTGTAACATTGTATTACCCTACACCTCATATTTAGGTATCGGTATTCATTATATATCAGAGTTAGTCCTACTTAATCTGATACTTTAGTCTAACTATTTAATAACTGCACTATATTGTAAATATTGTGTTTGACATCTTTAAGATAGATTTTTTTGTATCTTGCATTGATAGATATGTCATACTGTTTATTAAAATATATTTTATATTTGAGTTTTATGTCACTGCATTAATGCATTGTAGTATAGAAGCTCGAAAGGTAGATAGATAATAGCATCTCCTCTTCTGTACATGAATGTACAATTTTGTAATATTATTATACATTTAATTACTTTGCTTATTTTTACTTATTTATTTTTTCGTTTCAAAGTGTTTCTAGGACAGAGGTGATAGGAACCATCTACTGTAGCTAGAGTTCACCTGACTGTGCTTTCTTTCTCATTCTCTTTGTTCATCTTAGTTAAAATACAAACATGTTTATTATTTACATGGCGTGTTAATTGACATGTAATATAAAATATCCACTCACACTTGGGAAAAAGTCAGTTTTGAATATAATAAACTATGCAAATATCTGAATTTTTCGACTTATAGCCTGGTAGTATCGTACAATCTAAAAAATGTTGCATTATTTATTTAACACAATGGTTAAGTTAAACATATTTGGTGCTTTGTTGGGTTATTTATTAATAACTAAACCAGTTAAGTTAAATATTTGGTGCTTTGTTGGGTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTCTATTTAATGTAACTGCATTGATGCACTAGAAGGACAAAAGGTGGCAGAAAATGACATCTCATATTCTAGACAGGAATGTACAATTTTGTTATAAAAAAATATGATATATGATGATATATATATATTATAAAAATACAATTGTATAACGATGGTTGTTCTGTAGACTATCGAAAAAAATATAGCTTAAAGTGGCAAATAATTTTGACTATAAAAAATTCAAAACTGCTTTTATTCAAGCCAAAATAAAACAAATAAGACTTTCTCCAGAGGAAAAAAATATTATCAGACATACTGTGAAAATTTCTCTGCTCTGTTAAACATCATTTGGGAAATATTTAAGAAAGAAAAAAATCGTAGGGGGGCTAAAAATTCTGACTTTAAATGTATATGTACATATATACATGTACATATATACATGCATAAATGTACCTATATAGGTTCATATTCTGTATTTGCCATAGTTAAATTCCATAACATGCCAATAACACCAATTTCAAGTACCATTTTCATACATACATACCTTTTTTGCATTGTAAATGTTTTTTTTCTCAGCCTTTGTTTATAATGAGTTATTTCTCTTTAAAGATCCTATAATGAGATAGTTTACTTTAAAGAAAGGACTTATTCTTTGCCATAAAAGTAACGTTACTGAAAATACACACAGGAGCCTGATAAAAATGCTCATTTTAGAGTAAAATTTCAGACGGCATTTAGAGGTTTTTGCATCTAAACTCTTCACCTATATTATATATCGCTTAGTTTGGTGATTTTGTTTTCTTTTTCTTCGTTTAAAGATATCTTGAGTTCATCAGAAGGTGTTAGTTTATGGGACAGATGTGATAGGAGCCATCTGGCTAGAGTTGACGCGACCGTGACAGCGTTATTAATTTAAATTGATATCCAATGTTATCCAGCTCGTCCAATTTACAAAAAAACCTTTGTTTCCTCTGGTTCAAACGGCGCAATCAGGTGAAAATGGGTCTCGGCGGGGACATTATTGACTTTGAGTGTGTTTATAGTATTGGCTCATTTTATTATTAGTCACCTGCTACCTTAGAAATCCTGAGTTAAAATCGATACTAGTTTAATCAGATGTTTGGGAGTAAGATAAAGATGTGATTTCTTCTTTTATAGTTTTTTCTATACAATATATTCTTAGACAATATATAGTGCTGTTTCATAATCTGAATTCAGCATTGCGGTGGTGGCAGATTTACAAAGACATTCCTTTGAATTTAATAAAAAAGTGCTTTCTGTCCACATTGGATATGAATATGGATTATTCATTAGATTACTCAGGATTAGGGCAAGACATACGGAAACGCTCTCTCTTCCAGATGGCTCTTTTATGTAAAGCCACTGGGTCAAAAAATCCCCTTTGAGAAAAAAGATCATTTCGCGTCAAAGCAGCTACTGTGAAAATCCTTAGAAAAGTGTGTTCTGTCAAGATATATTGACCACTGATACACTGCTCTGCTCTTGAAGGACTTGAAGAAACAAAATGGAAGTGGGTGAATGTAATAAACAATACACACACTGTTGCAGGATTTAATAATACAATTTTTTCATGTTCTTGATCTGCTGGCCTAATTAGAATTTACTGATGCAGTGCTCAGCATATATAAGTACACCCCTCACAAATCTCTCTTTTAATTTCATATTTTTAATAGGAAGCTTTACAATATTATAATTGTGCATATACATTAGATTAATCAAGTTAAATCTGGGCCTAATCTAACAAAATAACTTACGATAACGACACAAAAACTAGTACAGCCAAATTTATACAGTTGAAGTCAGAATTATTATCCCCCTTCAAATTTTTTTCTTCTTTTTTAAATATTTCGCAAATGATGTTTAACAGAGCAAGGGGATTTTCACAGTATGTCTGATAATATTTTTTCTTCTGGAAAAAAGTCTTGTTGGTTTTATTTTGGCTAGAATAAAATTAGTTTTTAAATTTAAACACCATTTTAAGGACAAAATTATTAGCCCCTTTAAGCTACATTTTTTCTTGATTGTCTACAGAACAAACCACCGTTAGTCCATAACTTGCCTAATTACCTTAACCTGCCTAGTTAACCTGGTTAAGCCTTTAAATGTCACTTTAAGCTTTATAGAAGTGTCTTGAAAAATATCTAGCTAGTAAATATTGTTTACTGTCATCATGACAAAGATAAAATAAATCAGTTATTAGAAATGAGTTATTAAAACTGTTATGTTTAGAAATTTGTTGAAAAAATCTGCTCTCTGTTAAACATAAATTGGGGAAAAAATAAACAAGCGGTTTAATAATTCAGGGGGCTAATAATTCTGACTTAAACTGTATGTTATAGAAAATATTAAATACAAATTTAAAAAAGAGGAAAAATCAAGAGAAGAATAATAAATGAAAAATTACGTTGAATTTTTGTAGGTTGTAATGTATTTTTGCAATATTTCGCTTGAATTTAATAGTATTATCTTTCAATTTCTAAATATGTTTGGTGAGTAAAACATTATTTTAATAAATATGTCTGTTTAATAAATCAGTTTTGTTTAAATACACCAAAATGCATTGCCTACAGAATATTCACTGCTATATTCACTTACCATATAGCCTATTTTTGTATTTAATATATGAATGTTTACTGGTATTTACTTCTATAATGGCTGTTAACAAAAGCCATGATGATTATACACAGATCAACAAATAAGTATGTTTAGGGCTTATTCATCTTATAGAATTATAATTATTTTTATTGTGATTTCCTTTCATTTCATTTCTTACCATATATCTTTGAAGATTTATGTGTTTTGTGTGTGTGTTGTGTGTGTGTGTTTGCTGGAAAATCATTGTATACATTGTAGCACGCTGCTGTATGTGTTTATTATTTTCTCACTGAAAAATACTCTCAAGGTATGAAAATATTTTTTTTCTAGCCTGCCATAACATTTCATGTATACCGTTTTTTTAGCAATTTATATTGCAAAATATATTATATTATTATCAGAAAATTATTATGATATGAATAATGATGAAAATAATATGAATAATAATGATGATGATGATGATAATAATAATAATAATTATTATTATTATTATTATAATAGTAGTAGTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTGTTATTATTACTATTATTATTATTATTATTATTATAGATATTTTATAGGTATTATTATTGTTATTATTATAATAATAATTATTGTTAATAATAATAATAATAATAATAATAATAACATGACTGTTTAATAATAATAAAACAATTGTTATTAATAAATAAATAATAATAATAATAATAAATTATTAGTAATATTATTAGTATTAATGGGTTTTTCAAGGTTTTCAACTTTTACAAAGAAATAGTTTACAATTTATTTGTACATTTACTTATCAGGTAAATTTTTTGTCATTTATCATTTATTTGTTAAATATACCCTCTATCTGATTATAATGTAGCATTTTTATAATTTTACAATCACAAAATGATGTCAGCCAACTAAATGATGTTACGTTGGATACACACAATTTACTACCACATTAGCCACACTG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Seq C2 exon
GTGCTGCCTGCGAACCCTGAGGAGTCGTGGCAGGTGTACAGCTCAGCGCAGGACAGCGAGGGCAGGTGTGTGTGCACGGTTGTGGCTCCTCAGCAGACCATGTGCTCACGGGACGCCAGGACCAAGCAACTGAGACAGCTTCTGGAAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000018270:ENSDART00000135610:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.258 A=NA C2=0.183
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0081212=Ephrin=PU(12.0=28.0)
A:
NA
C2:
PF123083=Noelin-1=PU(46.5=94.0),PF041569=IncA=PU(18.6=58.0),PF101864=Atg14=PU(14.7=56.0),PF045827=Reo_sigmaC=PU(17.2=54.0),PF060097=Laminin_II=PU(23.2=52.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]