DreINT0109101 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000088750 | otogl
Description
otogelin-like [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050419-93]
Coordinates
chr18:6028124-6033990:+
Coord C1 exon
chr18:6028124-6028329
Coord A exon
chr18:6028330-6033865
Coord C2 exon
chr18:6033866-6033990
Length
5536 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCGGTGAGA
5' ss Score
7.4
3' ss Seq
GGAATTTTTGTTGTTGTCAGGGA
3' ss Score
4.68
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTGAGTCTTCCCCAGACGGTGCGTAATGTTTTCATCGAGCGCTTGGCTGACTATATCCTGGTGAAGAGCACATTTGGCTTCTCTCTAGCATGGGACGGGGGCTCTGGAGTCTACCTCAAAATGACCGAAGCGCACAAAGGAAGGCCTTGTGGTCTGTGTGGAAACTATAATGATGACGGATCAGATGATCTCAGCAGCAGCCGCG
Seq A exon
GTGAGACAAACAGGCCCGCACACACAATTATCATCTCAGTCAACTCACTCAGGACAATTACATCAAAACTGAGCAGAGCTGCATGCCGAGTCTGAACATACTGTTGTGTAGTTAGAGATGGATTGTAACATTTTAGGAACATGTTAAAGAGTTAATTCACCCCAAAAATGACTATTATGTTGTTAATTACACAGCCGCATGTCGTTCTATAACCCTGCAGGTAATTTAATGTGTATTTATATAGCGCATTTATTGTGTGTGGCCATACACCCAAAGTGCTTCACAATCATGAGGGGGTCTCTCCACACCACCACCAGTGTGCAGAGCAATGGTGACAGGGGAACAAAGTCATGGAATTAGGCTGCCAAAAGAATGCTCCATATTCACAGCTGAAGCCCGCGCACTACTTTTATCATTGGAGTTTATAGAAAATATTATACAAAACATTTACTCATATAGCAGATACTTTTATCCAAAGTTACAAAAAAAATTACCAAATTTAAAAAAAAAAAAAAAAACAGCATCCTCCAACTTGTTGTTAATGCTGGAATAATTAATGACTAATGATTAATATATTCATTTAGAAGATGGTTTTATTAGCACAAATGAGGATAATAGAAGCCCTTTATTAGCCCTACCTGGAAATTACAAAAAAGCTTTTCTAATGTTAAAGTGCTGTTTAACAGAGCAAGAATTTTTTTTAGTGTTTCCTACTACATTTTTCTTATGGAGAAAGTCTTGTTTTTTTATATTGAGTGTAATAAAACTAATAAAGGTTTGACTACACATGAGGGTGAGTAAATGGCGAGTAAATATTTTCCAGATAATTTAGGTACAATATCAATTTAAGATTTTTTTTCTGTAATAGACAACTGTTGTCTAATTACAGACCTAATTAACCTTGGTAAACCTTTAAATTTGCCATTAAGCTTAATACTAGTTTCTTGCAAATAACTTGCAGCAGGGAAAATAAGTATTGAACACGTCGTGTTTTTTCCTGGTAATAAAATTTCTAAAGGAGCTGTTGACATGGAATTGAACCAGATTTTGGTAAAAATCCAAACAACACAAACATAACAATAAAATAAAACAAAAAATCTGTTAATAAGTTATGTGTAATGATGGAATGACAAGGGGAAAGTGCTCCATATTCACAGCTGAAGCCCACGCACTACTTTTATCATTGGAGTTTATAGAAAATATTATACAAAACAAAAGAAAACCATTATTTTTACAGACTCTAAATCATGCCTTCAACAGATGGAATCTTCAAAGAGAGATCATCCTTTGATTGAAAATATTTTAACTCAAGTTCACCACCTACAAAACAAATTTTACCATATCATTTTTTTGCTGGATACCAGGACATGTTGGTCTTTCAGGGAATGAACGAGCGGATGCAGCTGCTAAAGCTGCTCTAAAACAAGCTGTAAACAACTGTCAAACTTCTCCATCTGAGATGAGACCTTTTATTAATAATTACATTTTAAATAAGTGGCAAGAGGAGTGGGATACTCTGGAAAACAATAAATTACAAGAAATCCAGCCTGAAATTACACACAGAGGTATAAGACATTTTAAGAAACGAGCTGATCGAGTAATTTTTACCAGATGTCGTATTGGACATACAAGATTAACACATAACTTTTTACTTAAAGATGAAGTCCCTACCCAATGTTTACACTGTAAAACCCCATGGACTGTAAAACACATTTTACTGGACTGCCCTGCTTTTAATGACTCCAGAAAGACTTTTTATGATGAGAACTCTCTTAAGGACTCCAGAAAAAGTATTAGAATTTTTAACATGTATTAAGCAGAAAAATCTTATTTAAATTGTATATTCAATTATTTATATTTTACTGTTGATGTTTGTTAATTACTGAAATGCTCTTGCCATGAAAATAGCCTTAGTAGCTGACATGGCAATAAATAAATAAATAATGAATGAATGAATGACCAGTGTGCAGCATCCACTTGGATGATGCGACAGCTGCCACTGGACAACAACGGCGCCATTGCGCTCACCACACACCAGTTATTGGTGGAGTGGAGAGACAATGATAGAGCCAATTTAGTGGATGGGGATGATTGGGAGACCATGATCGTAAGGGCTGATAGAAGGACTTTGGCCAGGACACTGGGGTTACACCGCTGCTCTTTCACGAGAAGTGCCATGGGATTTTTAATGACCCCAGAAAGTCAGGACCTCAGTTTAACGTCTTATCTGCAAGACGGCTCATACTGACAGTGTATTGTCCCCTTCACTTTTACTGAGGCATAAGGACTCACGCAGGTTGAGCACCCCCTCCTGGCCTCACTAACACCACTTCCAATAGGAACCTAGTTTTTCCCCATGTGGTCTCCCATCCAGGTACTGACCAGGCTCAGCCCAGCGTAGCTTCAGTGAGTAACAGGTCTTGGGCTGCAGGGTGATGTGGCTGTGGCTAACAGAGGTAACACTTTACAAGAGCAGTACATGAATTATGACATACTAATATGTAAATTAAACGCCACTTAACCAATAATGAGTTAAGGCATGAGCTAATCAAGAGCTAATTTTATCTACAACATGAATAATGGCTAACTTAATTAGTTTTTAGTTCAAGTTTGTTAATTTTAATGTATTAAATAACACTTTAGCTTTAGATAAATGTAACTAACTCAAACTCACAACCTGTAAATGTGTAATCCTTATGGCATGACCTTACTTGGAGGGTAACTTTAGCATTAACTCATTCTTAACAACTCATGAACTCCTCTTTTTAAATGTGACAGTTATGCACGTCCATCTAGTGCGTGTTTACATCAAAAAACAATAGAAAAGTGAACAGTTTAAACAATCAATGAGTTAATAGTAATGTTCAAAAATGAACTAAAAACTAACTAAGGTAGCCATTATTAGTAGTAATTAACATATTAGTAGTTACGGTCAGTTCATCATTATTTCATAATAAAGTAATGTTTAGTTTACATATTAGTATATCATGCTGGCAGCTAGCTCTCTGCAACTCTCACTAATCGCCCACTGAAGCTAGGCAGGGCTGCGCCTGGTCAGTACCTGGATGGGAGACTACATGGGAAAGCTAGGTTGCTGTCGGAAGTAGTGTTAGTGAGACCAGCAGGGGGCGCTCAACCTGCGGTCTGTGTGTGTCCTAATGCCCCAGTATAGTGACGGGGACTCTATGCTGCTCAGTGAGTGTCATCTTTCAGATGAGACCTTAAACTGAGGTCCTGACTCTCTGTGGTCGGTAAAAATACCAGGATGTCCTTCGATAAAGAGTAAGGGTTAAAATTTGCCCACTAGCCTCTGTCCATCATGGCCTCCTAACCCTCTCCATATCATAATTGGCTTCATCACTCTGTCTCCTCTCCACCTATCAGCTGGTGTGTGGTGTGCAGTCTCGCGCAAAATGGCTGCCGTTGCGTCATTCTGGTGGATGCTGCACGCTTGTGGTGGATGAGGAGATTCCCCCCTATGCACTTTGAGTGCCCAGAAAAGTGTTATATAAATGTAAGGAATTATTATTATTATTTATTATTATTATTTATTATTATTGTTGTACTTGTTCTCTTATTGTAAAGTGTTACTCCTTAGGAAAAGACATTTTTAAATAAAATCAGAGTGCTCCCTCATCCTCCATGGACTGCAATGGTTGCAAGTCCAGAAAACTATCAAAACACTTCCTCAAAACAAACCATATGCTTTGTGGCATATACCAGTGGCTCAATAGTAATATAATTTAACAAAAAAAAGAGCTTTTGTCTTGTGTCTAGACCAAATATTAACAAAATTCTTAAATCAAGCTGCATTTTAAAGACAAATAAACATTTTTGTCTTGTTTTCAGAAATAAACAAGTCGTTTTTTAAGCACGTTTTCCCCTTAAAACAAACTAAATAATCTGCCGCTTGAGTAAACAAAATAAACTTTGTAGATAATTTTACTTACCCCACTGGCAGATTATTTAGCTTGTTTTAAGGAGAAACTCACATTATTTTGTCATGTTTTTTTTTTCCTGAAAACATTTGCGATAAAAATGACTAATTTTGTGGTGGTAATTCCCAGAAATTTGCAGACAATTTAGCGATTAATATATTAAAAGAAAGCTTCTTTATTTTAATCTCTTGTCAAGACAATATCTAAAACAGAAGGGATTAAGCCAAAGGAAGGATGTATAACTCTTATTTTTATCCACGATCTTACTTTCTCTCAGATTTCACTCCTCGGAGCATCTGACATGTACCTCACTCAGGACATGCATAAAGGCTTCCTCTAATTTAATACACCGAAACACGAATTACAGTAAAACTCGTCAATGGCAGGGAAGCGTTGTCTCTTGTTAACTGCTGGAAAAGAGTTAAACTAAAACATTTATTGATTTTACACATGCCATAATAACAGACATATATGTAAAGCACAAATAATGTCCTTCAATTCAGTCACGTCCAGCGGCTGTCATTCTTGAACCAATCTCCATCATTGTAAGCTGCTTGCTGTTCTGTCTGTTTCATTGCTCCGATTTGTTTGCTCAAACCTTTTTTGCAGTCTAAAGTGCGTGAAACGCACACAACGCCCAATTCGTGCCAAAGGATGTCTAGTCCAACCTTTGCATGCATTGACTTCACATGTAATTCACTTACTGCACAGGCTGCAAAACAATTCAACCCCCCTTCCATGTAATGGTAGGATTGTTAGGGAGCAGGTGAGACGTCGTTTTTGAGAGACACTCAAATACATCATGTGCGCTGCGTATACATCCTCTGTAAGTCATGTAAAACAATTAAATGTAAGCTGAAATAAATATAATTTTATTATATAGTTTGAAATTGAATGATTTATGAGATTATTTACATTTTTGCAATTATTTTGCGTTTAATTAATAATTTTGCACGTGAACACATGCGATATTCTGATATTGAGGATAAAAAAATGTTGAATAAAGTCATTATTTTTTGTATTTATGTGTGCACACGGTTTTCCGTAGCTTGATAACATTTC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Seq C2 exon
GGATCGTCTCTGATGACATTGCTGAATTTGGGAACAGCTGGGCAGTAGATTTGCCCCAGGAGAGACCCTGTCCTGAGGTTGATGATGATTTCCCTGGACCGTGCTCATCAGAGTCTGATATGGAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000088750:ENSDART00000092804:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0009420=VWD=FE(44.7=100)
A:
NA
C2:
PF0009420=VWD=PD(0.7=2.4),PF087426=C8=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]