DreINT0110735 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000100494 | pbx1a
Description
pre-B-cell leukemia homeobox 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-000405-1]
Coordinates
chr2:19069379-19073524:-
Coord C1 exon
chr2:19073365-19073524
Coord A exon
chr2:19069489-19073364
Coord C2 exon
chr2:19069379-19069488
Length
3876 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTGAGC
5' ss Score
8.69
3' ss Seq
TCCTTCTCTCTTCCTCTTAGGTT
3' ss Score
11.95
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATCCAACTGGTTTGGAAACAAAAGGATCAGATACAAGAAAAATATTGGAAAATTCCAAGAAGAAGCCAACATGTACGCTGCCAGAACCGCCGCTAACGCAACCAGCGTCTCCACCCACGGCAGCCAAGCCAACTCGCCTTCCACACCAAATTCGGCCG
Seq A exon
GTGAGCATTGCTATAAATCAACACACAAACAACAGATGTGTTTGTTTTTCATTGGCCCGCTTTAGTCCACAGCCCTGCTTTTAGAAGAGAAATGCCAGCTTTAATGTCACCAACTGGCAAATAAATAGTTCACCACTGCAGTGCTTTATATTTTCCTTTTCTTTAAATCATTTCCTTTCCCATAAAGAATCCTTTTTATGCAATTCAAATCTCCCATTTCTTTATCTACGTCGGTAGTCTGTAGACTCTTGCTTTTTTGTTGAAGCATTCATCTTTTACCTTCAAAAATTGTTTGGCTAAAATGCTATTTTGCTTTATCTGGTTTGAACTCACCCAAGGTACTCTGTTGCTGTTGTCTGGTTGACCTCATGGATGTCATTATGATGGGATGGTCAAGCCTTTTGTCCTATAGCCTTGAAGTGATTAGAGGTCCATGTACATTTGATTAGTGCCCTGCGGCCTTTAAAGCGGAAATTAAGTTAAGCCCTGCTCTCTCTTAAACATCTAGGGAGTTCTCCTCCATTAAAAGACAAATAGCATTCTTTGATTCCTTGTGTGACTCAATTAGCACATCCTGAATGACTCGGCTGTGGCGGTGTAACTGTACTGTCCATCTTAGATGTCACTGCAGTATTAATGAAAGTCTATTTCAGGCCTTCTTGGCCCATTGTTGATCCTGGAGCAGTTTAATTGTTATTATAGTGTTTCCCAGTTGCAAACATTGCTTTATCTGGTTTATTGTCAAAAGTGTTGCCATTTTACCCATGAGAAGTCCCCAAATATTTGTAAATGTGACTGCACTTTAAGATATAGTATACGTATCATAGATGATACGTTGTATTTTGGTGTGTGAAACTACAATATCAAAAAAACTGTGGGTGTTAAGGTAACAAATTTTAATAATCAAATTAAACCACATATTTTCTAAGCTGTAGGTAAGTGATCATTTTAAATATCAATGTCTTCTCGACAAATTGCTGAAACCTTGTAGTTTGAAGGTTAATATTTTACTTCAGCACTTATAGCAGGGAAAATAAGAAGTCAACACATCACCATTTTTCTCAGAAAACATATTTATAAAGGTGCTGTTGACTTGAAATGTTCACCAGATGTTGGCTACAATCAAATAAATCCATATATGCAAAGAAAACTAAACTAATTAGACTACAAATAAAGTTATACATAATATAATAAAATCACACAGGGAAAAAGTATTGAACACATGAAAAAAAGGAGATGTAGAAAGACTGGGAAGGCCCAGACAGCAGTTGAAATCTCTCAGTAGTTGTTCAGCAACCCTCTGCCCTTTGTCATTGTAAATTAATATTAGTTGCTTTAGTCCAACATGCACATTATCAAGATGATGATGATGAAACCAGGGTAGACATTTCAGCAAGACAATGATCCAAGACATAGCCAAGCAAACTCTTAAACGGTTTTAGGGAAAGAAAAAAAAAAGCTGCTCGAATGGTTCAGCCATTAACCTGACTAGAATCCAAAAGAAAATACAAATTAATCATCTACTTTGATAGCCAAGACCCACAGAACCATTAAGATTTGTTACACTCCGTTGTGAGTAATCCATTCCCCATATGAGAGGCATCTTTAAGCTGACATCACCAAAAAAAGCCTTGTTTTGTTTTATTTAATGCCTGTATTGGTTTTGTTTTACCAAAATCTGGTTTAATTCCACGTCAACAGCTCCTTTAGAAATATTATTTCCAGAAAAAAACGACGTGTTCAATTTGTATTTATTTATTTATTTTCTCTATATAGTCTTTTAATTTGTTAACAAAAAAAATCTATTAAGCTATTGTTACACCAAATTGCATGTTATATTTTCTGTGATCTAATGACACACTATAAAGCATGAAAAATGCAGTAAAACATTTTGCACTTGTTGTTCTGATGCTTAACTACCTCTTTCATCTTTGAGTCATGTACATGTATATTAGTGCCGTATAACGTCTCTACATTAGATCTCTTCCTGCTGAAACAAAAACAGCTTAAACTAGCTTAGGGCTAGTTATCCAGTCTTTGCCAAGATGGTCATGCAGGTCTAATTTGATGGTTTTAGAGGGATTTGGGCACTGGCCAGCCAGCTAAAGACCAGCATGACCAGGCTAAGAAACCAACCACAAGAGGAAAACAACATTAGGCTAGTGGAGCAGGGCGATTCCAAATCTGCTGTCTTTATTATACATAGACAAAACCCTAACCAAATGTGACCCGATACGTTTATAGTTTGAAGCCAGATAAGGATGTTTTGTTTTATTTATGTTAAAATAAAAGTCCTCAAAATGTGGTTGTTATGTGAAGTACATTAGAGAGTGGATTGGACAATTGATTCAAGTGAAGTCTAAATAAATGTTGTTGATGAGTATTGTGCCTTTCTCTTGTAAATTGATTTGTTTTGATTTCATTTTCATTTGAATACATTGCACGTTAAATTTAGCAGACACTTTTATCCAAAGCAACCAGACTGGATTAGAGTTCTGATTTTGAAAGGTGTCAGAATAAAAAAACTATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAGTTATTATTTACTTCTATATTATAATCCAGAATTTGAAATTAAATAATATATTAAGTGGATTTTTTTGTATATATTTTTAATATATAATAGAGTTTATAATAATTGTTTATTATTTTATACCTTTTTAAAGTGTTACAGTTCAAAAACAATCCAGACATATTGGAGAAATATACTCAAACCATTTACTTCAAAATAGATAAAAAGTATTCAGTCTGTTCTTAATGAAAGTTTTTTTTTTTTTTTTCTATGACATATATTGTATTAATCCATTCTTCAACTGTTTTTTTCTGGAATTGCAATGGAACATTATTTACATAATTTTTTTACAATTTGTTTTCACAGATGTTATTGGAAATTTTTAAGTATATACATTTAATATGCATTGAAAAAATATTCTTAAAATCACTATTGTAAGTTTAATGCAGAGATACCCAAAGTAGGGCCCACTGGCCAAAGTTGGCCCATGATAACCTGTGATTTAGCTCACCATCCCATCAGAGAAGAGAGAGAGAATTAATGCCTTTAGCAAAGATTGTAATTTCTAATTTAGCATAACCTTTGTTTGTTTGTTTGTATGTTTAATTATTGAGCTACAAAAAAGCCAACTGAAGTGAAATGTTTTAATTAAATGCTGTGCATGAATCAGATTTTTAAAAGTGTAAGTACTGCCACTCATAGATAGTGGACAATACAGAGAACAGCAATTTGAAAGTCATGACAAAACCAGGTGCGACTTGTGTATCCAGCATTGAGCACCACTGTAAACATGAATTAAGTATTTTTTAATAGAAGAAGTATTTTTTTATACATTTGAAAATTACTATAACAGCTATAATGGTAGGCATTTCAACCTTCAACACCTCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGAATCAAGTTTGCCTTTTGATCCTTCATAAGAAAATGTTTGGGCACCCCTGTTTTAATGGGATGTAGAGCTCAAACTAGAACAATGATATTTAGAAATAATATAATTATGGTCATTATTGATCTGAACATACTATATATTTACATTTATCAGCATTCTCTTGACTCATTCTGAGCATGTAACTTATGTGTTTTTCAGCTCATAACCCTCACTTACAACATCAGCTCTGCACTACTAACCCTCCTTACATCAGTCTCGCTGTTGCATGACTGTTTCTTGTCTTTATCTTCTTTCCTTTCTTTCTCTCTTTTCCTTCTCTCTTCCTCTTAG
Seq C2 exon
GTTCTGCTGGCTCTTTTAACATGAACTCCGGGGATTTGTTCATGAGTGTTCAGTCTCTGAATGGGGACTCATACCAGGGGGCCCAAGTGGGGGCCAACGTTCAGTCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000100494:ENSDART00000165698:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.463 A=NA C2=0.486
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0004624=Homeobox=PD(21.7=24.1)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]