HsaINT0120861 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000185630 | PBX1
Description
PBX homeobox 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:8632]
Coordinates
chr1:164811990-164820184:+
Coord C1 exon
chr1:164811990-164812149
Coord A exon
chr1:164812150-164820071
Coord C2 exon
chr1:164820072-164820184
Length
7922 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTTAGT
5' ss Score
6.32
3' ss Seq
CCTCACTCTTTCCTTTCCAGGTT
3' ss Score
12.04
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATCAAACTGGTTTGGAAATAAGCGAATCCGGTACAAGAAGAACATAGGTAAATTTCAAGAGGAAGCCAATATTTATGCTGCCAAAACAGCTGTCACTGCTACCAATGTGTCAGCCCATGGAAGCCAAGCTAACTCGCCCTCAACTCCCAACTCGGCTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTCTTCCAGTTCTTTTAACATGTCAAACTCTGGAGATTTGTTCATGAGCGTGCAGTCACTCAATGGGGATTCTTACCAAGGGGCCCAGGTTGGAGCCAACGTGCAATCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000185630:ENST00000420696:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.333 A=NA C2=0.468
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0004624=Homeobox=PD(21.7=24.1)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development