HsaINT0120861 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000185630 | PBX1
Description
pre-B-cell leukemia homeobox 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:8632]
Coordinates
chr1:164781227-164789421:+
Coord C1 exon
chr1:164781227-164781386
Coord A exon
chr1:164781387-164789308
Coord C2 exon
chr1:164789309-164789421
Length
7922 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTTAGT
5' ss Score
6.32
3' ss Seq
CCTCACTCTTTCCTTTCCAGGTT
3' ss Score
12.04
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATCAAACTGGTTTGGAAATAAGCGAATCCGGTACAAGAAGAACATAGGTAAATTTCAAGAGGAAGCCAATATTTATGCTGCCAAAACAGCTGTCACTGCTACCAATGTGTCAGCCCATGGAAGCCAAGCTAACTCGCCCTCAACTCCCAACTCGGCTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTCTTCCAGTTCTTTTAACATGTCAAACTCTGGAGATTTGTTCATGAGCGTGCAGTCACTCAATGGGGATTCTTACCAAGGGGCCCAGGTTGGAGCCAACGTGCAATCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000185630-PBX1:NM_002585:6
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.333 A=NA C2=0.500
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0004624=Homeobox=PD(21.7=24.1)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)