DreINT0113286 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000078050 | phf19
Description
PHD finger protein 19 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081105-128]
Coordinates
chr8:12322547-12326859:-
Coord C1 exon
chr8:12326774-12326859
Coord A exon
chr8:12322643-12326773
Coord C2 exon
chr8:12322547-12322642
Length
4131 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAAT
5' ss Score
8.39
3' ss Seq
TTCTTCTACTTGTTTCTCAGTAC
3' ss Score
6.75
Exon sequences
Seq C1 exon
AATGACCTCACCTCCAGCTGGAGCACCAACCATCATATGGCCAACATCTTCGACTTCACGCTGGACGAGCTTCAGAGCTTGAAGAG
Seq A exon
GTAAATTCAACTTCATACTTCACACAGATGGCTTTTTCTGTTTTGTGGCTAAATCATTCACAAATGTGAAACTGTTTTATTGCACTATATTTTTTTAAAATATTTGACTATTTGACTCAATATTTGACTTTCTCAAACTGAAATTACATTTACAAAGAAGTTGACAAAAAACAAAAAAATTAAACTACTTGCTGAAATTGATCTAATTTTTAGTTTTTAATTTTTTTATTTATAGACATATTTAAAAAATATAATAATAATTAAAATGACAAAACAGAACCATATTATAATAAAAACTAATTTAATTATAAATAAAGTTAAAAACTGTACATATACTGTATAATAAAATATGAATTAAATATCTATAAATTAAAATCTTATTAAATATTTTACATTTAAATATATTTAAATATTTAAATATTGCACAGCCCTAACACACACACACACTGTTATATAAATTATTGGTCATTCCACCCATATCTAATGCTAATAAAAGATTTAATGAATTCAAATCCTGTCACTCATGTTTTCTGAACACTGCATTTTAAACATGCAGATCGTTTAACACTGTCCTGCTAGATCATTATTCACCCTTGTCCTCTTTAGTGACTTCATAATGCATCAAAACCTCGAGGCGCATCGTAACAATTAAACGCCTAATACAGAAATCTGCATGCTTGGGCTTTGATGGCTCATTCGATACGTCTGGCCTTCATTTTTTATGATAAAGTTGTCTCACCTGTGGTAAAAAAAAGCACCAGAAATTAATTGTCGCCTTTCAGTCAATGTTCATAATGAGGTCTCAATTAAATTCAGTCTGCTTTCATCACGGCACGCTTAACCTTTCCTCATTACCTTTGATTTGAATCCTTAAGCATCTATTTATTGGCTTTCGAATAATCGCGCTCATTTGCATCCATTTCCCTATGAAATATCAGAAAGGTCTCTCACTGTTTCCCCAATCACAACGGAAAAAACCCCCCACATTTTTTTATCAACACGGTGGGTGAAGCGATTTAATTATACTTTTCTGTAAAGGTTATCGTCTCTCAAACAGGCCTGAATAATGAGAGAACTGGAAACACTATTGGGGCGCGCAAAGCTTTCAGAGGCGAAATCGGCCGTCTAAAAGGAATTGTTGAAGAGTATAAAGGAGAAATCTGGAGTTGGTTTTCGGTCATAATAAAAAGGGCACGTTGGGTTTCATCATACAAAGCCGTGAACTGTGGTTAATGACTGCCATGCTTTGAATGGTAGTCCTGATAAACTCTGTTATAGTCACAATCCCAGTGCTGTATAATGTGTTGAATAGCAAGCAGCAGGTCGGATCAACTGTATTCTTTTGTATTCTTCAGTAGCCTCTGCTTTGGCCTCTGGGGTACAGCTAGATTAAACAAGTCGAGAAAGATAAGATTAGTAACATAAAGCCAAATTGAAATGACGCTCCTTTTTTCAATGTGCTGTTTTATGTGAGAAGTTTTGATTACTAAATTAAATGTTATTTATTTACTGTACTGTTTTAAAATGTGTTGATATTTAGTCGTTAGAACTAGAACTATAAAATGAATATATTATGTTATATATTTAAAAAAATATATAAATAAATAATAAAAATATATTAGTAAAATTATTATTATGTAATAAAATATATCTGAAAAAATAAAAGCTAAGGATTTTTTTTCTAATATTAAGATTTTTACTTGCCCTGCAAACATTTTTATTGGCCCCACAAAAAGAGAAGTTAATAGTTATTTCTTAGACATATATTAAATAATGTGTTAAAGGCCAAACATAACTGTATACATACACTTTTTATTCAGCATACCTTTAGCTTAGCACAATTTCTTTAAACACTAACCATTAAAAAAATACATAAATGAAAACTTTCTCATACATAGCCTCATTTCTATTGTCAAGTTTTGTAAAAATCTATTGAATTAATGTATTATGAAAACGTTGACTAGAGCCCCTTTCACACAGTGTTACCGGTAAATATCTGGAAAATTTCCGGAAAGACTTTACTGGTATATTGAAAAAAGCGCTGTTCACACAGGCGAGGGAGTTACGGAAATTTTCCGGAAAAGAGCATTCACACATCCATTCCAAAATACCGGTAAATTCTGACATCATTCACCACAAATGAGCTTTAAACGGCTGCGCTTGTATTTGTAAACATTTGACTAAATTACAAACTCTGTGAATGATCAATATTGTGAACAACTTTCGCAGGATCACTTTCGCCTGTCGAGATGTTCATAATATGTGCGTGTGCAGGCGCTCATAGGCTGTTTCACAGGCACACGCAAAGCTTGAAGGTAAACAAACAACGGCTTATCATAAGCATCTCATCGATGATTATTTACACAGTTGGCATTAAGAAGAACATATAAACGTGATCTGACTAACTTCTAGCAGCTAAATGTGTCTGGAAAAATATTCAAAGGCTTTTATTCTCACAAACCGCGCGGATGTAAATGCGTCTGACTGTTGTGATTGGCTAAAGCAGACGTCTCACGTCAACACGTTCTAGACATGCACGCGCTTAATACGGGAATCTTCCTTCTGCATTCACACAGCGCAGCATTCCGGCAAATTGCCGGAAATGTTACAACTTCTCTTTCCAGAAAATAGCCAGAACGAATTTACCAGTATTTTCAAAAAGGACCTGTTCACACATACAACCTTTCCGGAAAATTGCCGGCAATTTTCCGGAAAGGTCTGTATGTCCGGAAAGGTCTGTATGTGTGAAAGGGGCTTAGAATTATGCATTATAGGCTTAAATTATAGAGAGAAATAACAGATGAACTGAGAGTGCAGTCTGATCATGAAGCAGATCAATGTTGATCTTTCTTCAGTGCAGTGCAGAAATGAACAAAACAATAGGGCTAATACAAAATGTTATAAGATTAAAATATTGAATAATTATCAAATGGTCATTTCTGACAAATTTTCTGAGGTATAAACTGTTCTCTGTAATATTTCAGCATGCTTTCACTTTCGAATTCGAAATGAAACACATTTATTGGTAGGAATGACATTTTGCCCTACTCATAATTCTCTTTTCATATTCGTATATGGCTATTACACAACCATAACACACTGTGATGTAGCCTGGTTTGTAAATTCGTTGGATCGCTGGATCGTTTTGCTTTCTAAATACAATCGATCCACTGCAGAGTTAGTTTCAATTGAAAAAAACACTTCTTACTTTGTATTTTTTTCTTGTTTCTAGTTGAAATATCTACACTTCAAAGCAAAAAAATGATTATTTCACTTACACCAGAGGCAGATCAAACAAAAAAGTATCTTAATTTTCACTTATTTCTTCTGACAGTGAAAACTAAACAATATTTGTGTGTGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGGACAAGAAACAAGACAAAACAAAGTAAGAAAAGCTTTTTTGCATTGTGATTACTCAATTTCTGTACCTGAATACGGTTGATTAATTTATTTTATCTTTGTCATGATGACAGTTCATAATATTTTACTAGATAATTTTTAAAACATTTCTGTACAACTTAAAGTGACATTTAAAGACTTAACTAGGTTAATTAAGTGAACTAGGCAGGACAGGTTAATTAGGCAAGTTATTGTATAGCGATGGTTTGTTCTGTTGACTATTGAAAAAAAATTTGCTTAAAGAGGCTAATAATTTTGTCCTTAAAATTGATGTCCTTAAAATTTTTAATTAACAACTCCTTTTATTCTAGCCGAAATAAAACAAGTAAGACTTTCTCCAGAAGAAAAAATATTATCAGACATGCTGTGAAAATTTCATTGCTCTGTTAAACATCATTTGGGAAATGTTTAAAAAAGAAAACAAAATTAATAATTGTGTTCAACTGTATCTATGTATATATATTTTTTTTTTTTCAGTTATTTATGTATTAAATATTACAAATACTAGTTACAAATAAGCAGTTAAAACTAGTATGTCAATGTTTAGCAATACCATTGTTGACATCTTTTTCTTAAAACAATAAAATAATAACAAATACAAATAAAAAAAACTAAACCTGATAAAAATGCACAACCAAATTGCCAGTTTCTTCTTCTACTTGTTTCTCAG
Seq C2 exon
TACCAGCTCAGGACAGACATTCAGTTTGGACCAGGACTCGACTGATGCGGCCAGCACTTCTGGTTCTGCCACTACCAGCGTCTCCTATGACTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000078050:ENSDART00000142150:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.138 A=NA C2=0.848
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]