DreINT0113287 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000078050 | phf19
Description
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Coordinates
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Coord C1 exon
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Sequences
Splice sites
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Seq C2 exon
GAAAAATGTAGGCAGTCGGAAGAGGAAGTTGCCCACCTCTAACTACAATTTACTGGCCACAAAACGAGAGCTGGTGGAGCGAGAGCCGAGCCCCATCAACATGCCTGGAGAGGAGAGAAATGTCCTGATGGAAAACGGCATCGACAGCCACACGTTTGAGAGCATCAGCGAGGACGACTCTTCGCTGTTGCACCTCAAGTCTTCCATCACCAGTTATTTCGGAGCGGCTGGTCGGCTCACCTGCGGAGAGAAGTATCAGGTTCTGGCTCGCAGGATCACACCTGAAGGAAAGGTGCAGTATTTGGTGGAGTGGGAAGGAACTACACCTTACTGAATGTCACAGAACGGAGGTGTGGAGCAGATGTGCCGCGTCACACATAGTGCTTATACTTGCTTCGCTTTTTTTCAAAGTCATAGTTCAGAGTACTAGTTTTGTTTACATCATTTTCCACATATCACATATAGTGTTTTTTAAATATAAGTTTATCTCATCTGCGATGGTAAAATAAATTTTTCTTGAAGTCAGTGTCCTTTTAGGACACTTTAAAATTCACAAACCGGATTCAGTGTAGTAACAAATACTAACCGTACGCAGTATGACAGCTGGTTTCATTATTAGATAGGACATAATGGACAGTATTATTCAATGTGAAGTCATTTCATTAGTTTTCAGATATAAAGAGAGTTCCCCCCCATGAATTCCAGGATTTCAAAGTTCATATCATTAAGTTTTTAGTTTAATGGAATAGTTCACCAAGAAAATAAAATGTGTTTTATAAATTACATATGGCCTTTTTGTATAAAACAAACACAAACTGATCAAACTGAACCGCATCCTGGCTCTTCTCAGATTTAGAATAGAAGTGAATGGTGCCCGAGTTTTTAAAGCTCCAAAAACCACATTCATCCATCATATAAGTATTCCATACAACTAAAGTAAGTTAAGGAATGCCTTCTGAAAAATATCTATAGTATATTTAACACTATATAAACTACAATAACTGCTGTATGCATATTCAAGTTGAGTTACAGTATACGAAAATAGGATCCAAACTAATTTGGCTGGGCAAAAAGTTTTATATTCTGATCCTTTACGTCAAACTATTCTTTAAGTCATTTCATTTTTAGACTTTTAATCCCTTATCATTGTTTTGATTTGCTCTAATATCTGTGCTTCAGTTTTTTTTTTTCTTTGACTTACATTGTAACTTGTAACTTGTATCATTGTAACAAGAATCTATTGAATCACTTTAGGATGCAGTCATAAAAACTTTGGAATCATATGGATTACTTTAATGAGGGATGAATGCTGCGTTTTGTAGGTTCAAAAACACAAGCACTATTCACTTCCATTATAAAGATTAGAAGAGGCAGCGTACTATTTATCATAACTCTCCTTTTTTTGGATGAAGTAATTACGAATTTTGGGTGAACTATTCTTTTAAAGAAACATGGAGCACTTGTTTTTGAAAGTAGTTTACTTAAAGTAATTTGTCATTTCATTCAGTATTTCGGGAGAAGGAATATTTATAGCGATTTGTACACATTTTGTTAAGATTAACAATACAGCGGTACTTTTTAGCCATGTTAAAAGAATTAGTCAGCACTTTCGTTTGTCCTCTTCCACCATCATTTTTTAATTTGTTCTAGGTGATTATATAACCAAAGTGATACAAATACTATTTTGAGAAGATTGTTTTCTATTTTATATGCTTTTGTATGTTCAGATTGGATAAGCAGAAGGAAACTAATCGTGGAAAGTGATCATTTGTGTTTCATTTGCAATAGATTTTAGGCTCTTTTCAACATTTGACCACAGATGACCGTCAAATTTATGTTTTCATAGAAGATCTCCAAAGATTGCTGTTATATTTGAGATGGATTTGGAAGTGGATAATGGCCACTTATGTGACGATTTGAAAGCTATGTGAGGTTCTAAAGCCGTCAGATTTTGTGATTTGACTTGATTAGTTTTATAGTATACAACATTATAAATATACTTTATTATTTACATGTATATAATTGGATATAAGATTAGCCCCATTTTGTTATTGCACTATTAACATGTTTATCAGCTATGCAAGCTATTATTGGATAAATTGACCTATATTTTCTAATTGATTTTAAAGGGAAAAAATTTATACAAAGATATTTCTAAGATTTACTTTTTACTTTTAAAACATTTCCCCAATGGAAAAAGCATTTGTAAAACTGAATGGAAATTGCGACTGTTTTATTAACAAAATACAATGTTTGTTGTATTGAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000078050:ENSDART00000142150:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.848 A=NA C2=0.252
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF140611=Mtf2_C=WD(100=45.5),PF0038519=Chromo=WD(100=23.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]