DreINT0114096 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000038097 | pigq
Description
phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis, class Q [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-9793]
Coordinates
chr3:26664444-26667733:-
Coord C1 exon
chr3:26667653-26667733
Coord A exon
chr3:26664559-26667652
Coord C2 exon
chr3:26664444-26664558
Length
3094 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGT
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
GTTTGTCTGTGTGCTTGTAGCTG
3' ss Score
8.5
Exon sequences
Seq C1 exon
TTGTTCATAGGGACTTTGCTCTTTACAATTCTGCTGTTCCTGCTGCCCACCACTGCCCTCTATTACCTGGTCTTTACCCTG
Seq A exon
GTGAGTCACTCCAACATAAACTTCAATCTCATCACTATTCCAGCAGAGCTATTGGACCATTTTATGCAGCTCTCTGACATTTTCTGTTACTCAGACCATCAATTCAGTGCTTGTGAATGCGACCATTAAGATGATCATACACCAGCTCATATGTCATTAAACCTAGTTTCCATAATGGTTAGCATGTTTTAACTCTTGATAATATTCTGCTAGTCCTATACACGCTACTGATTAACATGTTGGGGTCAGTAATGTTGCATAATTGTTTGTATAAATGTTATTCTTGTGTTGGTAAAGCTAAATTTTCAGCAGCTGTTATTCCAGGTTTCACTGTGGTGACATGATCCTTTGGAAATCATTCAAATAATGACATGTCTTGCACTTTACATAGCATGCTGGGACAATTGTTTACTCAAATGTAATGGTAAAATGCTGATTAGGTGACTTCCAGTTCTGGAGATGAAGTGCATGTCCTCATACAGTTAGACAACAGTTGCCCAAAACACGTGCATGTGTGAAGTGTTAAGAGTCTTTTTGTGCTGTAATATTCATTTATGGGCATAAATCTTATTGATCCCAAATGCTTGAACAGTACTTTTTACCATTTTGGTATAAACCTACTGATTTTTTGGTTTAGTCTGAGCCATAGGGTTTGAAATGCTTCTTAATCATAGAAAATACCAAATAGCAGAGAAATCTGGTGGTGGATCTTTGGGTGTTTGATGTCTTTAAGGGATAGCTCACCCAAAAAAGAAAATTTACAATTAATTTACTCATCCTCAGGTCACGGAAAGATGAGTTTGTTTCCTCCTGCAGAACATTAAAGGAAGATTTTTAGGTGATTTGTACAATGTTTATTATATATTATATAATATTAAAAATAATCCTGTACAAACCAGGCTCTGTGGGTTCTGATGATAGTAAAATGTTTGGTCTGTGCAAGAAATTGAGCAATATTTACAATATTATTAGCTATAATTTATAATATGATTATAGGTAGCTAGGAAAAGTGAAAGTGAGGAACAAGGGTGTAGAATTGGCATGAACGGAGTGGATGTGTTCCCTCCAATAATTGAACCGACTTCAACATAAACTAATACTCCTTCAACTCTTAACCTACATGAGCACCAAGTCAAATTCGCTACAAGTTTATCGTAATACTATTAACCAAGGCTGTGCAATTAATCAAAATTCAGTTTTGATTTTGGCCTCCGATTGTAAAATACAATAATCAGGATAAAACAGTTGAATTGCGTCACACACAATTCCTCTACGTTCATACCTCCTCAAAGCTCGACAGCTGTAAAATCATGTAAATTGACTTTTGCAACATGGGACATGATTTTTATTTTTATTAATAAATGCTTATTTTATATTATTAAATACTTTATTCATATTTTTAATAGCGCAAAACAGAATTTATGCTGTTCAATGCATGCTCTATAGGGATGTATGTGCCCACCAATGTCAAGAACGAATCTATACCCTTGAAAACGTGAGGATGCAAATTTTAATTTTGGGATGAACAGTCCATTTAACATTAATAATTAATCAAGAAGCGCCACCACCTTACTTCCATCAACCTACTTTTATTTGAATTTTGAACTATCACATAAAATGCTTAATGGAAACACCATACATTTGGTAAGTGCACATTAAAATTCTTATGCGCACAGAGTACGATAATTTTTTATCTAACAAAAATTGCTGGATGAACTACGATGGAAACAGATTTATCGAATAACTTACAACAGGCTCTTCAAAAAAGTCCTGATTTTTTTTTAACAGATTATATAATAACAAAAATTGGCACAGTGAGATTATATTAATGGACAAACTAACAGATCGACCAAATTGTAAAACATCTAAAATGATGTTTTTGTCATTCTATAATTCATTCATTGATTTTCCTTTATTAATTAGGGGTCACCAAAGCTGAATGATCTGCAAACTCATCCAGCATATGTTTACACAGCGGATGCCCTTCCAACTGCAAATCATCACTGGGAAACACCCATACACTCTCATTCACACACATGCACTACTAACATTTTAGCCTAATTTAGCAGGGTTTATAGCCAGTCCACCTATACTGCATGTCTTTGGATTGTGGGTGAAACAGGAGCAACTGGAGGATACTCACGCAAACACGGGGAGAACATGTAAACTCCACACAGAAATGCCAATTGACCCAGCCGAAGCTCAAACTAGCGACTTTCATGCTGTGAGGTGACAGTGCTACCCACTGCGCCACCGCCCTGCTTCTCATTCTATAATGTCTCAGCCAATGTCTGTCATCAAAGTGATTTAGTATTATTACATCCCAGTCTTGAGCAGCTGTGCTCCCAAAGAGTCTCGCACTTCCAAAAACTGCCATTCATTTATTGAGTTTAATCTTTTATCTTTTGAGGTGCAATTATTTTAATTAATTAATTTAATGAAGTGCAAGGGAAAAGCTCACCTTGCCACTTTATACCTCAGTAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTCATTTAGTGCCAGTTTATCAGTTTATCGTCTCTTTGACTCATTAGATAGAAATTATGTTTTTTTTTCGCAAATGTTTCATGCAGACTTTCAGTTTTGAACATAAGTCTTAATTAATCGATTTAATTCATTTTCTTTTCGGGCTTATTCCCTTTATTAATCAGGGGTTGCCACAGCGAAATGAACCGCCAACTTCATGCACCGCACATGTTTCATGCAGCAGATGGTCTTCCAGCCACAACCCATCTCTGTGAAACATTCATACACACCCATTCATACTCATACACTACGGACAATTTAGCCTACCCAATTCACCTGTACCGCATGTCTATGGACTGTGGGGGAAACCGGGGCACCCGGAGGAAACCCACACGTACGCAGGGAGAACATGCAAACTCCGCACAGAAACGCCAAATGACCTAGCTGAGGCTCGAACCAGTGACGTTCTTGCTGTGAGGCGACAGCACTACCTACCGAGCCACTGCATCGCCAAGTCTTAATTCAAATCTTTGAATTAAAAAGATCTATACCGTATGTAGTTCCATCTGGGTTGGTGGGTTTGTAATGTGTTTGTCTGTGTGCTTGTAG
Seq C2 exon
CTGCGGCTGGTGGTGGTTCTGTTTCAGGGAGTGATTCACCTCAGTGTCGACTTCATCAACTCTTTCCCCCTGTTTGCCATCGGCCTGCGCATCTGCAGACCATACAGACTGGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000038097:ENSDART00000143710:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0502410=Gpi1=PD(8.9=63.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]