DreINT0114219 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000086927 | pik3c2b
Description
phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase, catalytic subunit type 2 beta [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050309-145]
Coordinates
chr11:23404261-23407611:-
Coord C1 exon
chr11:23407444-23407611
Coord A exon
chr11:23404373-23407443
Coord C2 exon
chr11:23404261-23404372
Length
3071 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTAAGC
5' ss Score
5.94
3' ss Seq
GTTTTTTCCTCTTCCTTTAGTGT
3' ss Score
10.11
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTTTGCTTCCCTGTTCAGATCAACCAGTTGCCGAGGGAGTCACAGCTGACAGTTACGTTGTATGCCACCCCTTTACCACCCCCTGGAGGAGCGGAGGAGAAGAGCAAGCAGAAACGCAGCATTGAATCTTTGGGTTGGGTCACCATGCCTTTATTCAACTTTAGACA
Seq A exon
GTAAGCATCTGCTTTTATTTAAATATTTTAGCTCTCAGATTTTTCTGTGTAAATTAATGATGTCATTACAGGTGCATTAAGTAGTATTTGAATAATGATTTTGACCAAAGTGTCAGACCAAGCCCCAAAACACACTTGCAGCCAATCAGCTGTTAGAGGCGGGTCTATTAATAGTCTCAAAAGGTGCGTTCAACTTGAACCACGGCTGCAGCCGGTGATCAAGATAAGTCGAGCGCAGGCAGGGGCGGAGTTCAGGGCTTAAAGTTGCAGCAGTTATAATGACTAATCACAGGGCGTCATCATTTATTTTATTATTTTTTTATTTATAACAACAAAAGATGTACTGTGTATATATAAAAAAGAATACAGTCTCTACAAACTATAGTTCATTTTAAACAACAAGGGAATTCTGAATTAAATATGTATTAAATAAATATTATATTTATTTACATTTATAGATATAATACTTTTCAATATACATTAGTGTAAAACCTAAAAGAAGGTGTTTTTGTTGGGTCTTAAACAATGATTTAGTTTATTTTGGATAATGAAAGCATTTTCAAAAAAGCACTTTAATTCAAAAAGATTGAACAAAAGGACAGTCCTAAAATAAGTGAGCTACACTTTAAATAGAAGAAAGAGCAGGTACATCAATTCAACTTTTAAAGTTTGTGCATAAACGGCTTGACAGGAATTTATTTTTATAATCATATTTAATAAAATAGTTCTTTAATTGGTTGAAACCTTTAAGGGCGTCATGATCAATGGTGATGATTATTTTATTACAAGTCTGTAAGACTTATTTGAGTTAATAGTTAGGTTATTCACTAAAATATATAATTTAAATGAATTCAGTAAATGGCTGTATAAAGAGTCTAAAATAAACCTATGCATCAATCTATCATTTATAAACAAATTATTTAACAAAAATGATACTTGTAGTCTTTTAATAAGCATGATGTAAACAAGACAGAGATGGCTATAAAAAGTTAATTGTTTGTTTTAAAATTTGTGAAATGGAATTTGTCCAATATGGTTGTTGCCATGAGCTGAACTCAGCCAATCGTTTATTATCGGTGTCATCATCGCAGCTCCTGCAGTCGCTCTTCAGATGCTGCACTGACTAAGTCTGCTGTCAGATCTCGGAGCGCTGTCGCGATGCTTTGATGCCACATGTGACAGTCATATGGTGTCTGCATAGCCGGATAAGTTCTAACCAGCATGCACTGCTTTAAGACAGATTTCGATTGGTCTGCGCAGCACTGCATGAAGTTGAACGCACCTAAAAATACCAAAAACAGGCGCGGTCTTGTTGTGGTGTGAGTTGTGCTTGTTTTGAAGTTTTCAAATAGCTGAAAATGAACTGTTTAATGCATCTTAAATGATAATTGCATGAATTCAATCATACTGGAGGGCATGAAAACAGGCTCTTTAAGCACTAGAGCTTTGTTGATACTCACCTCCTATAGTAAACCAGTTGTGGTGATTAGAACAGGCTGACTTCTGCAAGTCTGATGCGGCCTACTAACACCACACACATGCAAACAGTTTTTTTTATTTATTTATTTATTATTTATTTATTTGCCCAGAGCAAATGCGTGAGGGCAGGTCTGTGCCTGATCAGAATTGCGCAACTGGATTATGCAGAACACTCACATGAAAAAAACAAACAAACAGGAAAGAGCGGATGAAGGGGATGATGCCGTCTACCACTTCAGAAGCGTTTACAGACGAATTAATATCAAAGAAAAACAGCACGATGGTAATATGGGAATATTTTGGTTTCAAAGTCAAAGACACCGAACAAAAACAGGTGATTTGTAAGAGCTGTCGCAGAAATGTTGACACATGAAGTGGAAATAGAACAACCATCACCTAAAAAAACACCACAGGCGGCTATATGAGGAGGGTCTTGCAAAAAAATTCATCTGATAGTATTGCCAATGACACTCAATCTTGTAAATGTTGGGAGTAAGTTAATATCTTTTCAGTTTCTTTTTTTAACGAACCTTCGCTGCAGTAAGAAGCTATGATACAGATTATTGAGCTGAATCTTGACTTTAAAATTAAATCGCAGTATCTGTCAAAAAAAAAATCACAATTAGATAGTTTCCTTAAATCGCACAGCCCTTCTCTTAACTGTCAAACACCTTTTAAAATGCTTTTTCTGATGCGAAAAATGGAAAATAATTAACCCGGTTTTAATTTGTTTGACAGATGTAAGTTAAGAAGGCAGCGTGTTTATACGACTGACACAACGTGAGGTGTAATTTATTTTTTAACGTGCGAAAATTATGGACTAAAATTTTGAATTTGGTGTGCAATACCAATTCAAATTATTCAAACGATTCAGTTTTGTTTCCAAGGAGGTGAAAGGCAGATGTTTATATATCAAACATTTTTTGTTTTGTCTTATGTTGGAGCTGAATAACATAAAATACATGTATATACATAAAGTACACATTTAAGATTCCAAAATCGTAATTCATATGAACCTACTTTCTATTTCACTTTTTAGAAATCTCTTCCTTTTAGAAGCATCAGAGTTTTCAGTACAATGACAGAAATATCTCTTATTTTGGTTAAAGGCAACATGGGGATGAATTAATAATCATAGAATTTCTGCTTTATGGTATCTATCACTTTTAAAAATATCTAATTTATAAGAAGGAAGTTAACTGATCATTAAAACGAACTCAAATGCACGTCAGAGTCCAAATAATTAACTATACATCTTAGTAACATGCCATACTTATATTTTTTTCTACTTCAGAAAGTGTTAACTGCCGTAATATTTACTCAACAGCCAGGCTTACGTTGTGTAAAGATGTTCTTTAATTCTTAGGAAGGTTGACTTGTTTGCTTTAGGATCTGTTTGCTGGATTAATATTGTATTACTTGGGAAAAAATATTTATCTTTGCTTCCAAGATAAGTTCAGAAATGAACTCAGCAGGTCAAGTACGTATGTATTTATACTCCATCTTTGTCCACATCCTGTTGTTGCTTGTTTCTATGCATCCATAAAAGGATGTTAGGTGTTTTCTGACCTCGTTTTTTCCTCTTCCTTTAG
Seq C2 exon
TGTTCTGACCTGTGGGAGGAAGCTGCTGGGTCTCTGGCCTTCAACTCCAGGCAGTGGAAATGCTCGCTCCAGTACACCAAACTTCAGCCAGCCTGACAGCGTCATCCTACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000086927:ENSDART00000124810:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.184 A=NA C2=0.184
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0079219=PI3K_C2=FE(39.7=100)
A:
NA
C2:
PF0079219=PI3K_C2=FE(26.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]