DreINT0116012 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000030633 | plekhm3
Description
pleckstrin homology domain containing, family M, member 3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070912-382]
Coordinates
chr9:28361996-28375155:+
Coord C1 exon
chr9:28361996-28362189
Coord A exon
chr9:28362190-28375091
Coord C2 exon
chr9:28375092-28375155
Length
12902 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
TGTTTTGGTTGTTTTCGCAGGAT
3' ss Score
9
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTCGAAACAAGCAAAGGAGTTTCTGGAGTTTGTTTATGAGGAGCCTCTACTGGATGTCCAGCAGTTGAACCCGTGTCTGTATGAGCATTGTGAGCCGTTGGCGGCTGTTCTCAAACTGAGACAGCAACTCCAGTCTCTCAGGGCCTATCTCTTCAGCTGCCGGGCCACAGTTGCAGAAGATCTGCGGCGCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GATCTTCCCCAGAGAATACCTGTTGCAGCATGTGCATCTTTACTCATTGGCAGATTTGCAGCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000030633:ENSDART00000046880:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF139011=DUF4206=FE(31.4=100)
A:
NA
C2:
PF139011=DUF4206=FE(10.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]