HsaINT0127522 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000178385 | PLEKHM3
Description
pleckstrin homology domain containing, family M, member 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:34006]
Coordinates
chr2:208773238-208795843:-
Coord C1 exon
chr2:208795650-208795843
Coord A exon
chr2:208773302-208795649
Coord C2 exon
chr2:208773238-208773301
Length
22348 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
CTATCTGCCCTTGTTTTCAGAAT
3' ss Score
10.69
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
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Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)