GgaINT0048448 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000008479 | PLEKHM3
Description
pleckstrin homology domain containing, family M, member 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:34006]
Coordinates
chr7:11566771-11578207:+
Coord C1 exon
chr7:11566771-11566964
Coord A exon
chr7:11566965-11578143
Coord C2 exon
chr7:11578144-11578207
Length
11179 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
TATATTCTCCTCTTTTTCAGGAT
3' ss Score
11.69
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATCAAAGCAAGCCAAAGAGTTTCTGGAATATGTGTATGAGGAGCCACTGATTGATATCCAGCAGGAAAATCCCATGTTGTACAAGCACGTTGAATCTCTGGCAACTGTTGTCCGCCTGAGACAGCAGTTAAAATCTCTGCGAGCCTATTTGTTCAGCTGCAGAGCAGCAGTGGCTGAAGATCTACGAAGAAG
Seq A exon
GTAAGAACCACAGACATCATGTAGCACAAAAGTATAGTTTCCCTGTTGTGGTGGTGTTTTTTTTTGGTTTTTTTTTTTCCCTTCATAATCTAGTTCTGAAGATGTTACCCATTTAGAAAGGTGTTGTTCTTGGATCTGACTTTGCTGGGCAGCTGGGATATCTACCACCAAAGAAAATGGTTTCAGTAGGTTTTATAGGGTCTAAATATCTGGAGTTGCTCTCGACTGCTATTAGCCCAGGGGTCCCACGTTGTGGTGAGCATCTTTTACTCCTGCTCAGGCTTCTTGACTTTGCATGAATGTCTTTAAGTCAGGTATGATAAGTCATGCTCCCTTGCCACAGCATCTGTCTTTCAAGTTATCTAAGTATGGTAGCCACTGTCAAGAGTTTGAACCAGCTCAAAGTATAGCAAAGCTTAATCAGTGGTCGAGTACTTCTGCCCTCCTCTATGACATATATGATTTCACAAAAATGCAGAGGGAGATGCAGTCCCCTGCAAGTGAGTCAACTCATGAGTTATGCAATGCCAAAGTAGTCATGCTGTTGTTCAGTCACCATCTTTTCCATGCATCTCTTGGCTCTGCAGAGTGATTTGTTTATTGGAAAATAGATAGTCACAGCACAGCAGAAAATGTTTCTCAGCTTACTAGTTCTGAACTTTCCTTGAAGGAAACAAACTAAAAATGAACAATCTTCTTAAAACCTTCAAGACACAGTGGTGAATAAATAAACAAATAAAAACCAACCAACCAAACAAAAAAAACCCCACAAACCAACAAAAAAACTAGGTTCCTTTTGTCCTAGATTTCTTAAAGAGATTGGGAGATAGCTGTGGCTATGCTGTGTTGTGAGACAAGTGGTTACAGGTATATGTAGCTGACCCAGTGGTAAATACATCACTAAGCATTTGTGAGTGAGACAAGTCCACAAATAAGAAAGCCACTGCTTTGAAATTATCAACTTCTGAAGGATAAGAAAGCAGATGCCATCAGTGACTGTGCTTTGAGCATAATTCTTAGGGATGGTGGGGATCTGAATTCTCTGGGAGGAAGAGGAGACCAATCTGTCTTTATCCCATGTGAGTGTGAGGTGAAGCCTGCCATTCAGTGGACAACCGTGTTGTTTGAGTAACCACATCAAGAACGATGTAACAGCAGGTTTCTGGAGAAGGCACTACAAAGTTCTTGCATCAGACCTGCTGGACTGTCAGTATGTGTCTGTATATGTATTACTGCACAATCCCCATTATTTTATAGGGCAGCTCACAACATTTTAAGAATTAGGATGCTTTTTTTTCTGTTATTTCAGACTACAGTATTATCATGCAGAGCTGTCTTACTCTTCAGCTACAATTATTTTCCTATGTCATCCTCTTCAACTGCAATAAAACTAAAAGGAAAAGAAGATTTATGAAGGCTGCTCTTAAGGAAAAGTGGTAGAAAAGAAATTGTGTCCTCTGATTAATGCTGAAGAAAAGAATGCCCTGATTAAAATGGACAGGAGGAGGCAGAAGAGGCTGAAGGTACTTAAGTAGAAGAGCAAAAGAGGAGACATCAAAGGAGGTCTAAACAGAGAAGTCTATGACTTAGGGACAAAGGGATGATGGAAAGCCAGGAGAAGGAGATTTGAAGAGCCAGAGCGGAGGGTAGGAGATGATAAGGAAGAGATCTCAGGAAATGAAGAGTTAATAAAGAAATTGAGTCAAAGGGGGGGGGCCCGAAAACTTGCCTCCAAAAAGTAGAGGTGGCAAGTGCTGAAGAAATGGAGAGAAGACAGAACATACAAAAATTATCACAGAAATCTGTGCGTGATCTTTTCTTGGGGTGACAGGCTTGGGGAGAAACAGGAAAAAAATGTCACAGAAGTATTGTGATAAGCATTTAACACCAACTCTGATTAGGAAAAAAAGGAGAGAAGTAGCAGCAGTATGGGCAAATATGTCACATCCTGTTTTGTGGCTGTACCTGAGTGGTTGTATTTGGCTGGACATTACTGGAGGCTTGTTCCCTGTATCAGAATGAAACACCCAGGAAGGTAGGAGGGGAGGATGAAGCACATACTCTATTTTCTTATTTATGGGTTCCTTCACAATGTCTCAAATTAAAACTCTGTGGTGGAGAGAACCTCAGCCCAGGAAGGTTGGGAGTATTAAGGCATTGATTTTGTACAAAAGAAGCATCTCCAATTTGGTTGGATTTGTTAAAAGCACTGTAAAAGTCACTGGAGGAATGTTTCAAAAGCACAAATGCATCTTAGAGTTCAGCTTCTTCTCAGATTGTGAAGTCTCCATTGCAGTGAGTTTTGGTGCTCGGTTGATTCTTCAGATCTTCTGAAAGATGTTTGCAGAATTGGAAAGGTAGGGAAGTCCTTTTCCTAGAAGCATGTATCTTGCCAAGAACTGGTTCCTGTGTCTTTATTTGGTACGTGTAGTATCACAGCCTGCAGACCCTCACTACCAATGTAATGGCTTTACAGAGCACAACTGACAAGTAAATATGTCACTGTAATTTACCTTTGGTTCATCACGTGGGCCAGTTTTAAAAAAGGAGTTTAGAAACAACACGAAGAGACAGCATTCCTAAAAATAGTACCATTTCCGAGTTAGAAATGAAAGAAGGGAGGAGAAAATCCAGTTACCTATCTGGCTCTGAAAACATTATTTTTCTGCTTGGTCTTCACCTAGTATGTGAATGACTATTAATCACAAGCAAGTGAACACAGCATCTTGGAGACCTGTCAGGCCCATATAAACAGACTGAAACAAACTGTTAATATTGCTGTCTAGGGAGAACTAAAAACAGACTGATTAATTGTATTGGCACCTTGCTGCCTTTGAGACACTAATAGAGCCTGCCTTTTTAGGGAAAAGCATATCACTCTGAGGTTTCTTTTATTAATACTATTTGCATTATCATCATCTTTAAATCTATACCTTGCTCTTGAACTCAGATCGCAAAACGAAGATGGCAACGAAGTTGGAAACTCTTGATGTCCTCTGGGAAGACAAAACTGTTTACAGTGCTTACGAGTCATTTTTTTCTGAAGAATTCCAGATGGCTATAAACCAGGTTAACTTAGGATCCAGTTGGTTTAAAAGTAGAAATGTTATTTATAATGCCTTGTGTGCAAAGACAGGTACTTTGGCAACTTTGTGAATCTTGGCATCTGGTAGGGTACTTAGGGCTGGGCTTGGCAGAAGCAACTGGCTAAGAAAGACTGGAAGAGAATAAGGAAGGAAATAGGAAAAGAAGCAGAAGAAATCCTAGAAGTAGGTAGCAGGCTTACAGTAAAACAGTGGTCTTCATCATTTATAATGATTTGTTTTCACCTATTGCTTCTCCAGATTCTAAACTTTTCATATTTACGGGGAGTAAAAACAAAAAAAAACAAAACAAACAAACAAAAAAAAAAAACCAAACTTTGCTGGGAGGAGAAATAAGGCTTCCCACTGGTGCATATCAGCAGTGTTCCCCAGAGATTGGCCCGGTGATGAAATAAGCCAGTTGGTGAGCACCGTGTTGTTTTACAAGAGATGTTGTTATGCCTGGTATGTTGCAGCCATCACTTCAACATTGCGACAGACATAATTTGCCTCAAATGTCTTTACTCAACAAGTTCTCACTTGTTTTGGTTGCCTTCCTTGTGTTCAGACTGAAGCATATGAGACAAAACCTGGAACCAACATAGATTTAGTACAAGTGGAGCTATACAAATCCCACCACAGCCTGCTACTTCCAGGGTAGATGAATAAATAGCACAAGCAAATAAGATTACATCAATAAAGTGGATAGGTAGGAAAGAGAACAAGAATCCCAAAGTCCATTGAATGATTAGATTATTCTGTGAAGCTGTACTGAATGGTGTGTTATTCTGGTTTTGCTTTCTTCCTTTTGTTGCAGGGTGTGAAACAAGCTAACTGCTCCCATGCCATAGTCTGTCTTCCTCTGTTCTTGTAATTGTTGAAGTCTCTTCTGGGCAAAGACCCGCTAGAATGATTTTTTTGGGGGTGGTCTTCTGGTACTTCCACGTTTACTGTAGGGTAGTGTAACCTAGGTTTCCTTTGGATCACTTTATGAGCTCTCTTCCCTCTGAACTACACACCTGAACTTGCAGTGTTGCTAGCCCAGATGTCATAGACAGATGGCAGTGGAATGAGGTAAGATAGTCTGCAACAGATCCTGCAGTACGTTAGTGCTCATTCTAATGTCCTCTGTCGTAATCAGACATTCTGTGAAAGGTGGTGAGAAACTACATGGAAAAACTTCCCAGAGACCTGGATACGTTGCATAGTATGTTATAAGAAAGCCAGATTAGAGCTTGCAGTTGCAGGAGGAAGTTAAAGGTACTCCTCCAGTGCTGCAGCCCCATGGTCCTGGCTGAGCCTGCTGGTTTGTCAGCACAGAATGGAACAAGCCCAAATTCAGCTATGCTGAACAATGGAGTCCTGTCACTTCCTACAGTGTGGTCTTAGATGTATCACTTCTGACACAAGGATAGATTATTTTCAAAATATTTGTGTGGCAATTGGAGAACCTGTCTAAACACATCACACAATTCCTGATTGATCTTATGCAATCACTATACAACCAAATACCTCACATATGTGAAGCTGGGGCTATATCAGGTCGTCTTTCAGACCAAGAACAAGGGAAGGTCGTTAAGTCATATTCAGACAGTCAAAAGAGAGTGTTTTTCATCATTTTCTCTGCATTGGGTAAGCCATTTGGAGAGTGGTAAATCCCAAAGCAAGAGAACAAAGACACAGCTTGTGAAAGCAGTTGACTATAAGAAGAAAATTTGAGGAGAGCAACAGAAGGATGTGATTTCATAGCACAGGGCTCTGAGTTGAGAGAAAAAAAAAAAGGAAATATGTTGCACAGGTGATTAGGAGGAGGGAGGGAGAGAAATACATTCAAAGAAGATATCTGGATATCCTGAGAGGATCAAGTCTTAAGACCAAATGACACCTAAAAGGAAGGAAGGATGAGAAAACAAATGC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Seq C2 exon
GATCTTTCCAAGAGAGTATCTTCTTCAGCAAATCCATCTTTATTCTCTGGCAGACCTCCAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000008479:ENSGALT00000013817:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF139011=DUF4206=FE(31.7=100)
A:
NA
C2:
PF139011=DUF4206=FE(10.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]