MmuINT0122189 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000051344 | Plekhm3
Description
pleckstrin homology domain containing, family M, member 3 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2443627]
Coordinates
chr1:64861187-64883322:-
Coord C1 exon
chr1:64883129-64883322
Coord A exon
chr1:64861251-64883128
Coord C2 exon
chr1:64861187-64861250
Length
21878 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
GTATCTACCTTTGTTTCCAGAAT
3' ss Score
8.14
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000051344:ENSMUST00000097713:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF139011=DUF4206=FE(31.4=100)
A:
NA
C2:
PF139011=DUF4206=FE(10.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types