DreINT0120777 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000061830 | prss12
Description
protease, serine, 12 (neurotrypsin, motopsin) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-090313-45]
Coordinates
chr1:19436451-19448907:+
Coord C1 exon
chr1:19436451-19436749
Coord A exon
chr1:19436750-19445402
Coord C2 exon
chr1:19445403-19448907
Length
8653 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTAGA
5' ss Score
5.94
3' ss Seq
TCTGACCTTTTTATCCTCAGGTC
3' ss Score
11.43
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
GTTAGAGATACGTAGCATGAAACACACATTCAAGTTATTTTGTTGTGCATATATATTGTCACAGCAAATATGGCGATAAGTGCTAGTGTTCTCATTTTAAGACCATTTTATGTCCCGGATAACATAATGATTATACAACAGCGTAGAAATGCAAATAGGCATTAACCAGCTCAGGCTCATTGGAAGTATGTGCCTAAATTTTTTTTTGCAAAATATAAAATACTTTGCTACGGGTACGTTTTGTTGTACATTTCAGATACATATCCTTGCAGAGCTTATTGGACAGATCACCTAGCGAACTACTGATCTAAGCCCTTCTCTGAACCCAACCAATAGTGTTTTCATTAGCAAACCTAATGCCAATGCAATCATGTCACAGATGATTTCACACTGCATGACTATCTGGCCTAGCATTTTGTCGCTGCTTTGTTTACACTGCAAGATGGATCGGCGACAGGGAGTTTCACACTGCCCGGCTTTACAAAAGAAGAATCGCGACAACTTTGTCCAAACTACTCTCACAACCAAACACACATAGTATATATTTTGTTATTAACTACATAATGAGAAAGTAGATTTGTTTGCTCGTACAATTGCTCTTTCAGTTTAGTAAATGCTAATGCTAAATATCTACAATACTTGAAAATAAACAACTGTTTATTTTATATCACGACATGGCCACACATTTATGCATCCACACAGTCCTTTTATCTTTAAAATAGACATTAAAAGGAAAATGGACATGGAAAAAAAGTGACTTTTTTTAAAAGATGTAAAATAAATCTGTGGTATATGTAGAATGTGTCTCAATAATCAGCTTAAAATACTCCACAGACTATTTATTAGCTTTTCAGGTGCTGCATAATATCATTGCGCCTGCTGTAGCCATAGTACAGCAGCAAAATTCCGTAATAATTACGCCAGAATGAAAGAATAGTTCCCAGGCATATCAGCCTAGAAATAGCAACTTTTATTTACCATCTGTTTTAGTACACAATTTAACTACAGAAGTGAAAAGTTTACTTACTCTTACTTACACCCAGGACCATTTATATCAAAGTTGATATTTAGCCACACCATGTTGGTGTTTTGTGACATCTAATTTTTACAAGGTGGGTCGATAGCCCAACGCTCAACCCCCAACCTGGACGACCAGGACATATAGACATACACTACGGACAATTTAGCATACCCAATTCACCTGTAGCACAGGTTTTTGGACTTGTGAAACAGAAACACCCTAAGGAAACCCTTGTGAACAAGGGGAGAAAATGCAAACTCCACACAGAAATGCCTACTGACCAAGCCGGGGCTCGAACCAGTGACCTTCTTGCTGTGAGGTGACAGCTCTACCCCCAAAAAAGAAAATTATCCAACCCAGGCTCATTATTGATACGTACTGCTATATACATTTCTGGACAGAAGTCTCAAGTCCGCCGACGTACATGGTGAGCTAATAGGCAAACTGGTAAACAGCAAAAAAACCGTCCACACGGAGGTAAGTGGGCAGATGTTAGCATGAAAAGGAACAGAAGCCATCGGGCGTCGTAACGTGCTCATAGTGCTTGTTTTAAAGACGAAATGCAACCATACGTAGCTCTGGCTACTTAATTTGCGCTCTCCAGAAAACTATATGGGGGTACATTGTCACAATGAGCCTGTGTTGAAATTATCGGAACTTGTTGGTCATTTTAAAGTGAGATGCTAATGGTCTAATCTGATTTAATGATTTATGCTAAGCTAAGCTAAGCTAAATTTGTCCTTGCTAGACCCGGTGCTTGTCTGAATGGGTTAAAAACTGTTTAACTAGGTGAGTTGGAAAATAGGCAAATTTCTGAAAAAAGCAGTTATCTTTTAAAGACTGGTAATATATAACCAGATCCCCCTACTATGTCAATAGAGAAGAGAAATCTGCAAAATGAGTTTTTAACACATGCTTACTGAAACTTGCTTTAAAACTCGAGAATTAGATTGAGAAACTGTTATATCAGACGGCCTGACAGCCTCAAGATTTCAAAATGAAGGATGTTTTGACCACAATTAGAGCAAAAGCTGAGGCGGTGTTTGTGTGTGAAATGTAGGTGTTTTGGGTGCTGTTGAATAGTGCAGTCTGACAGGCATAAGATGTGATCAGAGAGTGTGAAAGCAGAACTGACAGCGATGATCACACACCGCAAGATTTCACAGAGTCTTTGTTCAGTGTTCTGTCTGAAACAATCGCTCCCTCACTGTGTCCTTCTCACCCACAGAAAGACAAGAACAAAACTCCTGAGCCAAGTATATGGGATGACACTGCCATTTAATCATTCAAAACTTGCTTTTATCCAAAGCAAGTACAAATGAGGAAGAGCACAAGCAATTTTAGTTCAGAAAATCAAGACGTTTTCACCAATGTGTAATGCCATTTATTTATTTATAATGCCAGTAAGTGCTTTACTTATGAAGTACACTTTAAAACAATTTTAAAATCCTGCTCTTAAAGGAAATAACTTGCAAAACTAATACACTTACAAACATAATATAAAGTTTAACGTAACTGAATAAAAATGCAACATGCACTGTTAACATATTTTGGGTTCCACAAAGTCGATTTGTGTTGGGACAAATAATTTATTAATTTATTTGTTTTTACAAATTGTAATGGATTGAACATAAAACAATTAAGTTGCTTAAAAATAAAAAAGAAAAACTTAAGAATTGTGTTGTTTGAGGTTATTACTTAAATAAGTAGTTTGAACAAATAGCAAATCTAATTTTTGAGCGTAGTATAAAATTCATATGCAAGTAGTTTCTGTGGGTCTTAATAGTGTCTTAAAACATATTTATTTACCTTTTTATGATTTAAAGCTCTTAAATCAGAAAATCACCCTTTTAATTCATTAAGACTTGAAATTATTTGGATCAGTATATTTGTTTTCCAGGACAATTGCAGTAAAACATTTATAAAAAGCCTTTATTAAACCCTGGTTGGACTTTTAATGCTTTTAATACACTTATGTAGGACTAGAGCACAACTTCAAGTGCAGTTTTATAATTTTTATAACTACTTTATTCGAAATAAAATGAATGAAAATTCAATATTGATAAGCAGTAATGGTAAACTAAAATTTTATTACACTATTTTTTTACTTATTACACTACCTGACAAAAGTCTTGTCGCCTGTACAAGTTTCAGGAACAAAAAATAATAACTTGACTTCTAGTTGATCATTTGGTACCAAAGTAAAATACAGTCATGCCTTGATTTTTAATTAGGACAGTAAGGTTTGACTTTGCTGAGAGAAAAGTCCTGTCATTTAGCAGAAATAATGTACAGTGATGAATATAAAGTCATGGTGCACTGGAAGAAGAATGAATATTGTGCATGTCTCTCATGAGCATGGATAACTGCATCCATACATCTCTGCAATGACTCAAATAACTTATTAATAAAATCATCTGGAATGGCAAAGAAAGCGTTCTTGCAGCACTCCCAGAGTTAATCAAGATTCTTTGAATTAATTTTTAATGCTCCCTCCTTCATCTTACACCAGAGATGCTCAATAATGTTCATGTCTGGTGACTGGGCTGGCCAATCCTGGAGCACTTTGACCTTCTTTGCTTTCAGGAACCTTTATGTGGAGGCTGAAGTATGAGAAAGAGTGCTATCCTGCTGAAGAATTTGCCCTCTCCTGGTTTGTAATGTAATGGGCAGCACAAAAGTCTTGATACCTCAGGTTTGTTGGTGTTGCCATCCATTCTGCAGATCTATCACACACCCCATACTGAATGCAACCCCAAACCATGATTGTTTCTTCACCAAACTTGACTGATTTCTGTGAGAATCGTGGGTCATTGTGGGTTCCATTAAGTCTTCTTGAGTATTTGTAATGATTGGGATGCAGTTCAACAGATGATTTATCTGAAAAATCGACCTTCTGCCACATTTCCAAATGATCAACTAGAAGTCAAGTTATAATTTACTTACAACTGGGATCGATGACAAGACTTGTCAGGTAGTGTATAACTATTACTAAACTGAAATCAAATTTCAGTTAAGTTGGTGTCATTAGTAAACTTATCATCTTATACTTTCTCTAGTCTTGTGTGGTTTTCTTTCTTCTGGACCTCACAGAATATATTTTTGAATATAGTTTAAAATGTTATCAATGCAATGACCGTCAAAGGAGTCAAATACAGAGAATTTGCGCTTTTGGGTGAACTGTTTAATTAGCCATAAAATTGTTCTTGTTGGCTGAACATGACAAAAAATCTGTAAAACATCTGCTATTCCACAACATTCAGACATCATCCATCTCAAACCTTTAGTAATTATTTGTTTCCTCACTTGTATTTGCAAACAACGTTGCATATTTGCATGAGATTGTTTGTAAGCACTGGTTTATGTATGAGCACATGGCGTGAATGCCATTTTAACATGTTCATAATCACCAAAGAGTTTATATTAGTGGTCTGTGGGGTTATGGGGCAGTGAACTGATGTCATTTATAAATATCTCCAGCCAGATGTCCAGTGAGACAGAGAGCGATAACAAAATATTAGCAGCTAGCATCAGTTACATTTATCCTCATATACATAATCTACACTTACAAACAATTTTATAGCCATGAGAAGTTTAGCATATAAAGCTGAAGTCACAATTATTAGCCCTACTGTCATTTTTTTATTTCTTTATTTTATTTCTTTTTTTCTACCATTAATAGAACAAGTACTTTTTTTTTTACAGTATTTTCTATAATATTTTTTTTTCTGTAAAAAGTGTAATTTGTTTTATTTCGGCTAGAATAAAAGCTTTTTATTTTTTAAAAACTATTTTAAGGTCAATATAACTAGCCCTCTTTAGAAATATTGTTTTTTAATTGTCTACACCAGTGGTTCTCAATGTGGGGGTTGGGACCCCTCGAGGGGTCGCGGGACAATGAAGGGGGGGGGTCGCATGGTGATTTCCGGAAATCTTTTTATTTTTAGTAAACTGTAAGATTTACCATATTTTATCCATA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Seq C2 exon
GTCGTGCATATTCCAAAACTCTCCAGCAGGCCTCCATTTCTGTGTTGAGCAAGCGTCAGTGTGAGCAGCGCTACTCGGAGCAGTTCACCAATCGTATGCTGTGCGCCGGCTCGTCCCATGATGCCCAGCGTGTGGACTCCTGCCGTGGCGATAGCGGTGGTCCGCTGGTGTGCGAGAGGCCAAGCGGGAGCTGGGTTGTTTATGGGGTCACATCATGGGGTCACGCGTGTCGCCTGCAGGAAGCACCCGGGGTATACACCAAAGTCTCCGCCTTTGTGCCCTGGATTAAGAAAGTTATTGGCCAGTAGAAAATTATGGTGAACAAAATAGTATTCTGACTTTGTGGGCATAAACAATGAAGCACATTTTAGATAATATTTTGAAAACTATTTCTTAACACTAGCTGAAATTACCTTTTAAACAAGTCTTAAATGCCAGAGAGAAAGGCTACGCTTTGCTTTAAAGGGGCTATATGTACGCATTTTCATGTATTTTATTGCCATTGTGAGGTTTATGAAAGGTTGTAGACTGATACTGTAGTTGTGAAGGACACAAAAGGATATGGTGTTTACAAACGCTCCTGAGAGCCTCTCTTTTCTTCTTTGGCACATGAACGAGTGCTATAAAAATGCTTAAGATCATGCTGAAAGAGCCGTACTGTAATGTCAATGTGTCAAACGAAGAAAGGAGATTCATTTAAATCACATCTTGTGGATGTTTAGTCTGTAGTAGGGATGTACGATGTTGATTAATTAATTTAATTAACGTTAAAAGTAAACCTTTGTGACTAGTCTAACAAACCCACAGACTGTTGAAAAACAGTATTTATGGTATATAGACTCACTGAACACTTTATTAAGTAGCTACACCTTACTATACCAGGTTGGACCCACTTTTGCCTTCAGAACTGCCTTAATCCTTTGTGGCAAAGATTTCACAAGGGACTGGAAAATTCCTCAGAGATTTTGGTCTTTATTGAGATGATAGCATCACATAGTGAGTTCTATGATGCGAATCTCCTGTTCCACCACATCCCAAAGTTGCTCTATTGGATTGAGACCTGGTGACTGTGGAGGCCATTTAAATACAGTGAACTCATTGTCATGTTCAAGAAACCAATCTGAGATGATTTGTGCTTTATGACATGATGCATTATCCTGCTGGAAGTAACTATAAGAAGATAGGTACAGTGGTCATAAAGGGATGGACCAGGCAACATTTTTCCAATCTTCTATTGTCCAACTTCGGTGAGTCTGTGAGAATTGTAGCCTCAGTTTCCTGTTCTTAACTGACAAGAGTGGCACCTGGTGTGGTCTTCTGCTGGTTCTGGTTCTGTCAACAAGGCGTTTGTTGCTGGGTTCTCGAGATATACCGGAGCTCAAACTTCCCTTTCGCCCTGCAAACGGGAGGGAGCCCCGGGCTTGAGGATCTCATTGGCTCAGGGCTCTCTCCCGGGACAGCATGCCAAACTAGCTTATTACCAATCATCAGCCAAGTGTGAACTCTTGCAATTGGCCTTAGTGTATGTGTGTGTGAATGAGAGTGTAAGGGTGTTTCCCAGTACTGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCTGCTGTGTAAAACGTATGCTTGATAAGTTGGTGGTACATTCCACTGTGGTGACCCCTGATAAATAAAGGGACTAAGCCGAAGGAAAAAGAATGAAATGAATGAATATTGCCGCTCGCTTGAAACGGATATTGCATATACTTTTTTTAGATATTGTGCAGCTCTACTAGGCAGTCTAGTACCAAAAATTACAAGCTTTAATAGAATTTGTGAACTAAAAGTAAATTGAAATACTGTAGTATATTGTATTTGGGGTGCTTTGTTACATTCAGTCTCCTGTTTCTCGTGTGCAGTATGAGCTAGCAGTGGTTTCTGAAATCTACATATAGCCCTTTTAAGTGTGGGGTGATGAAGGGATGAAGTCAAAAACCAGAAAAATGATTTACAGTCAGTGGGTAAAATGTGTTCTGTGATAATTGTATTTCAACATATTTCCCATAACCAGGCTTCCATAATATATATTTGCTATAATTTCAACTAGTGGGCACTGAACTGAAAATGTAGGTTGCAGAAAGCTTCCTTGCACAACCTACAAGTTTTTGGCTGTTTTTGTACAAGGACATTTAAAATATTTTTTTTAAAGAATGATTAGCTTTAGTAGAGTTGGATTTTAAATTGGGAATAAATCTAAACACACTGAATAAAGTCAGTATTTGTGGGTTTAAAAATTCATGACAAAATGCATAGAGTTGTCTTAAACTTTCCTTTTTTTATGAAAGCACTTCAAGGGTTGAAGAGACCACATTGGTGATTGTGGAATTATTCTGATTTCTTTTTTTAATGAACATGTATCCAAGTGACTGTATTCTTCTTACCATTAAGAAATAAGCACAAACTTTAAACCATAAACCAGGATGTGTAATGTTTCTCAGTTGATACCTATTTGAGCGTCTTGAAGAACGTTCCGATGGCTTGAAATCACATCAGGCTTTAATGCTGAAATGAGAAGATTCTGGATTTCCTGCCAAGAAATCTATGGTAATTCTAAACTCTTGGGAAACGGTTACCATGCCATTGCTTAGAAACGGACCGCATCACCTCATCAACACATTAGATGACATCATAATCCATCCATGACTTCATTTGTTATAGATCAGATGACGGTGACGATAACTGGACTGAGGCTTGCTGTCTTAACATGAGGCCATTTTACATGCATACATACACTCACCGGCCACTATATTAAGTACACCGTACAAGTACTGAGTTGGATCCCCTTTTGCCTACAGGACTTCCATAATCCTTTGTGGCATAGTTTTAATAAGGTACTGGAAATATTCTTTGGAGATTTTTTGTCCACATTGACATGATAGCATCACAAAGTTGCTGAATCTCCATGATGCGAATCTCCCGTCCAGTACATCCTAAAGGTGCTCTATTGGATTGAGATCTGGTGACTGTGGAGGCTGTTTGAGAACAGTGAACTCATTGTCATGTTCAAGAAACCAGTTGCCGCCAAATTCTGACCCTACCTCCGGAATGTCGCAGGAGAAATCAAGACTCAGCAGATCAGGCAACCATCACCTCAAAATCACCTTTCTTCCCCATTCTGATGCTCAGTTTCAACTGCAGCAGATCATCTTGACCCTGTCTACATGCCTAAATGCATTGAGTTGCTGCCATATGATTGGCTGTTTAGAAATTTGCGTTAACAAGCAGTTGGACAGGTGTACCTAAAAAAGTGGCTAGTGAGTGTACATCCGCCTAATATTTTTGCAGTCACACTCTCTTCCAGAAGGAAATGGGAATTATGTGCAATGGCAGACTCTTTAAACAACTTTGTTTTATGACTGTGTTAATTAGAGCGCTTTATGTTAGCATAATAAATGGTCTTCAATTTATGTTTTCTGTGATCTGTGTCTATAATAAACCATCATAAGCATGATTTATGAGCGTAGAGACTAGTACGGCCTTTTTATT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000061830:ENSDART00000140263:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008921=Trypsin=FE(40.8=100)
A:
NA
C2:
PF0008921=Trypsin=PD(38.8=92.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]