DreINT0124125 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000078653 | ralbp1
Description
ralA binding protein 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2098]
Coordinates
chr2:53243663-53248166:-
Coord C1 exon
chr2:53248141-53248166
Coord A exon
chr2:53243998-53248140
Coord C2 exon
chr2:53243663-53243997
Length
4143 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTTGT
5' ss Score
7.44
3' ss Seq
TTTTTCTATTTTGTTTATAGATG
3' ss Score
9.49
Exon sequences
Seq C1 exon
CGCAGCTGTTACATTGATCATAGCAG
Seq A exon
GTTTGTACACGGCATTATTTTTTATATACTAATTCTTTTAATATCATGTTTTGTCAGCATAATGGCCTGTTTTGTTGATTATAAAGCGTGTGTGTCTATTAATAGTTTTAGAGGTTGACTTTGTTTGTAAAATTCGAGGTCCGTTAGCAAGCATGCTAGCATAGAAACTCCCTTTATGCACAATTGGACTTAATATTAAAATCATACATATTGTATTATATGTTTTCTCAGCGGTAACGAGGGTAAGTAATTTGTTTAATGCTTATAAAGATTATATTTCATATAGTTTGACTTATGTTTCATTCAAACGAAACAGCTGCTGTCAGAATGGATTTATTCAGCCCTTTTTATATGATTAAGTCATTTCTTATTAATTATTACGACTGCGCAAATTATATCTGTGTACGCTTAATGTGTTTTGAATGTGGTGTGATTTTATTTTGGGCTACTTTTTTGCATGTTGTAAGAGTAGGTTTCACGGATATACAGTTGATAAATGTTAAAACTGATCTAAGAGTAGCCCTATTTGATGTAATTGTGGTACAAATATGATTATTCATATGCAATTTTATATATTTGTATTCGCTTATCACATTAATAAAATGTTCTGATATTTCTGGTTACCAGATAAAAATTGTATCTGGTTTTTCAGGGCTGTGCTAGGAATTAATGCAAATATGTAGAGAAGAGGCATGCAAATGTAAAAAAAATTAATGAATAATTGTGTATATATAGTATCAAAATAAAGTCAGTTTTATTTGGGATAAATAATTGCAAAAACAATCAAAAAAGACTGATTTTAAACCTAGTATTAGTTAATGAATCCAAATGTGGGGCAGCACGGTGGTGCAATGGGTAGCACAATCGCCTTACAGCAAAAGCTTGCTGGTTCGAGCTGGGTCAGTGTCAGGGAGCATTTTTTTTTTTCCCCGTGTTTGTGTGGGTTTCCTCCGGGTGTTCTGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGCGGTCCAGGTGAATAGAATGAGCCAAATTGGCTGTAGTGTATGGATGTTTCCCAGAATGTATGGATGTTTCCCAGTACTGGGTTGTGGCTGTAAGGGTATCTGCTGCGTAAAACGTATGCTGGATAAGTTGGCGGTACATTCCACAGTGGCGACCGCTTAATAATAAAGGGACTAAGCTAAAAGGAAAATTAAAGAATAAACGAATAATCCAAATGTAGGAATAAATTAGTTAAAATGAATCAATGTAAATGTGTAGAGGCATGACATTTTGAAAATAATTGAAAAGAAATTGTATGAATAATCTAATTTTTTTTTATTAATATAAATAATTCCTTTAAAAATCAAGAAATTTACTTTTAAAATAAAGTATTATTTATTCATTCATTTTGCTTCAGCTTAGTCTTTTTATTCATCACGGCTCGCTACAGCGGAATTAGCCGCCAACTTACCCAGCATCTGTTTTACACAGTGGATGCCCTTCCAGCTGCAACCCAGTACTGGGAAACACCCGGAGGAAACCCATACCAACACAAGGCACATGCAAACTTCCCAAAGAAACGCCAACTGAACCAGCCGGGAGTCCAACCAGTGACCTTCATGTAAAATAAAGTATTAATTATATTAATCCAAGCATGTGATTAAATTAGATTAAAATAAATTAAGGGTACGTGTGGGAAAAAAGGCAAGAAAATGTCAAATTAAGTGTCTAAATATTATTAAAAAAAAAAAAAAAATTTATAAGACAAATAATTACATAATCAAGAAATGCACAATTAAAATAAAGCATATTATTTTATATTAATCCAAACATACTACATATTATTGTGTTAATAAATTAATTAATTGTTCCAGGCTGCTCCGTAAACTTTTTACTTTACTGACATTAAATTGATTCCTGTTAAAGCTTTAGAGATGTAAAAGAATGTGTGGCAGCTAGAGGGCATTAGTATCATTGTTATGACCTTATATGAACAGATTTGAGCATTTAACCACACATATTTTTAAGTGTACTGAACAAGTTTCATTAGACATCCACATCATTCATTTGAAGGTTATCTTTTTTTCCTGATGCAAGAATCGCACATTTAATCGACCACTGGCTGGGAGTACATTTAAAAAAAGAATCGATTCCAAGGAGTTGAGAGTTGGAAGTCGATTCCAAACGTTCTGAATCAATTCCTATAAAGGGACTCCTCTGTTCAGTTTAAAAGAAATAATGAATATTTTGACAAATTCTTTGAATTATTGATTATTTGAATTGTAATATTGAGAAGTCACGTGTCATTAATGATCAGATACTCTTACTCAAGCAGATTTGAATTAATTTTAATTCAATAGCTCATTAATACCATATCCTTGATTTACTTACCATTTTATATTTTCTAACAGCTTTTATTGTATGCATGCTGCTATATCCAAATAATAGACTATATAAGGTTGAACATGTATTGCTGATTATTAGCTTTTGTTTAAGTTAATGGTGATGGTTTATAATGCACACATAAGTCTTATAAACAGCTTTGGACATTTTGAAGCTGATATGGTGCACAAAAAGTGTTTAGCTCCACTCTTAATACATATAAAAATATAAAAGGGTTTAATCTTACGGTATTTTTGTTTTAAATGAAATTCTGTAGTTTTTTTTTTTTTTGTAATCTTGAAATCTCTCTGTTGTTATAACAAAACATTCACACACATCTTATTGACATATAAGGTGCACTCTTATTCAGTGCTGTAATGCTGTTATTTCAGTGTACAGTTTTTAGTTTCTATTTGACAGTTGACCAGTGTTTTAGACATATGTTAATAACTATATTAAAATAACTTATTTTTATTAGCTTATTTATTTTTATTATTTATTTATTAACTCATTTATTTATTACTTTTTTATTTATTAACTAATTATTTTAACTAATTTATTTATATGTTAGTGTGTTTTCATTAGCTTGTTTAAGCTTATTAAGCTTATTATTTATTTATTAATTTATTTATTAACCAACTTATTTATTACCTTATTTATTTATTAAAATATTTTTATTTATTTACTAATTTATTCATTAACCAATTTGTTTATTTACTGACTTGGTTTTATTCACTTTTATTTATTTCATGTTTTGTTTATTTATTGAATAAGTAATTTATTCATTACCTAATTTATTTATTATTTTTTTAATAGCTAATTTATTATTTCAACTAATTTATTTATTTATTTATGTACTTATTTATATTAGCTTATTTATCTATTTACTAATTTATTTATTAACCAATTTATTTATCAACTTATATATAAAATATATTTTATTTATTACCTAATTTATTTATTATTTTTATATATTAACTAATTTAATATTTTAACTAATTTATTTAAATATTGACATATTTTAGCTTATTAATTAATTTATCTATTTACTAATATATTAATTAACTTATTTATTTAAATATATTTTATTTATTAACTTATTTATTTATCAACCAATTTATTTATTTATATATTTATTTTTTCTTTTGCTAGCTTATTAATTTCATTTTTTTGTAAAATTGTTTATTTACTCATCAACAAATTTATTTATTAATTAATTAATTATTTTATTTATTAACTAATTTATTTATTATTTTAACTATTTTATTTATCTAATAACTTACTTATGTTATTAGCCTATTTTTTTATTTATTTGTCTATTTACTTATTTAACTTATTTATTGAATTATTTTTATCTATTAGTATCAACTCATTTATTTATTTATTTATTATTAACCAATTTTTTTTTTTGGCTAATTTATTTTATTACCTTATTTAGTAAAATCTATTTTTATTTATTAATCAATTTATTTTTTATTAGCTTTGTAGCAAGTTGGTAATGTGGTTTTTGTTGTGCAATATATTTCCATCTTAAGCTCGTCATGAATTAAGTCATAAGTTACCGATATGGCAATAAGTAAACAAACAAAAAATGTTTTATGCATGCAGTACATTTTGTGCTTGACAAATCTCCCTTTTAGCTTGTTTATATCTTGCATTGTTTAAATATGTAAAGTTGGAAAAATATATATAAAATGCATTGATTAATTTCCAGAAGTAGGAATCAGAATCAAACAGCCCTGCACTATGCATTTAAATGAACACTTCCTGTATATTTTTTCTATTTTGTTTATAG
Seq C2 exon
ATGACATGGAAAGGTGACGTGTCATCAGAGTGAACAGTCCATCCCAGGGCACTGTGCTGCGTTCAGCCAATACCAGGGCAGTGCAGAGATGACGGAGTGCTTCTTACCACCCAGTAGCAGCCCTGCGGAGCAGAGGAGGGCGGAGCATCCAGGGGGCGTGGCTCGTACCCCGAGCTCCGAAGAGATCAGTCCCACTAAGTTCCCCGGTCTGTACCGTACAGGTGACCCGTCGCCCCCGCATGACGGACACCATCATGAGCCGCCCGACGCTGCGTCTGATGACGAGAAGGAGCACAACAAGAAGAAGAACAAGTTCAAGAAGAAAGAGAAACGCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000078653:ENSDART00000114682:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]