MmuINT1029489 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000024096 | Ralbp1
Description
ralA binding protein 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:108466]
Coordinates
chr17:65867532-65884923:-
Coord C1 exon
chr17:65884678-65884923
Coord A exon
chr17:65867831-65884677
Coord C2 exon
chr17:65867532-65867830
Length
16847 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTCAGT
5' ss Score
6.6
3' ss Seq
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3' ss Score
11.2
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000024096:ENSMUST00000024905:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types