HsaINT0136879 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000017797 | RALBP1
Description
ralA binding protein 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9841]
Coordinates
chr18:9475009-9513289:+
Coord C1 exon
chr18:9475009-9475176
Coord A exon
chr18:9475177-9512990
Coord C2 exon
chr18:9512991-9513289
Length
37814 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTAAGC
5' ss Score
7.79
3' ss Seq
TGTTTTTTCTCTTGGTGCAGGTG
3' ss Score
10.25
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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Vast-tools module Information
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Mappability confidence:
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Protein Impact
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No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
NO
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NA
Main Skipping Isoform:
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Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development