HsaINT0136879 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000017797 | RALBP1
Description
ralA binding protein 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:9841]
Coordinates
chr18:9475530-9513287:+
Coord C1 exon
chr18:9475530-9475689
Coord A exon
chr18:9475690-9512988
Coord C2 exon
chr18:9512989-9513287
Length
37299 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTCAGT
5' ss Score
8.94
3' ss Seq
TGTTTTTTCTCTTGGTGCAGGTG
3' ss Score
10.25
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGTAATGGATAGGTAACAGAGAAGACCTCGTCCCTTCCTAGTCAGGGCATCAGCATGACTGAGTGCTTCCTGCCCCCCACCAGCAGCCCCAGTGAACACCGCAGGGTGGAGCATGGCAGCGGGCTTACCCGGACCCCCAGCTCTGAAGAGATCAGCCCTACTAAGTTTCCTGGATTGTACCGCACTGGCGAGCCCTCACCTCCCCATGACATCCTCCATGAGCCTCCTGATGTAGTGTCTGATGATGAGAAAGATCATGGGAAGAAAAAAGGGAAATTTAAGAAAAAGGAAAAGAGGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000017797-RALBP1:NM_006788:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF097264=Macoilin=PU(6.0=41.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)