GgaINT0094424 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000008405 | RALBP1
Description
ralA-binding protein 1 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001026746]
Coordinates
chr2:98422484-98438734:-
Coord C1 exon
chr2:98438561-98438734
Coord A exon
chr2:98422778-98438560
Coord C2 exon
chr2:98422484-98422777
Length
15783 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTTAGT
5' ss Score
7.37
3' ss Seq
TGTTTGTTTTCCTGCTGCAGGTG
3' ss Score
10.75
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCCCGAGCGGCGGTGCGAGCGAGGGCGGCAGCGCCTGCGCGGTGCGGAGTTCGCGCCTCTCCTCAGCCGTCCTTGCGGGCCGGGCGGCGGAGGCGGCGGGATGAGGCGCGAGGCGGAGCCGCGTGCGTGAGGCCTGAGGCGGAGCCGCTGCGCCAGCGAGCGGGACCCCGACG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGTGATGGACAGGTAGCAGAAGATTTCACTTTGATATCAGGGAATCAGAATGACCGAGTGCTTCCTGCCTCCCACCAGCAGCCCCAGTGAACACCGTCGGGTAGAACACAGTGGGGGTCTTGCTCGTACTCCCAGCTCTGAAGAGATCAGCCCTACAAAATTCCCTGGGTTGTACCGTACCGGTGAGCCTTCGCCACCTCATGACAGCTTGCATGAGCCTCCAGATATAGTATCTGATGATGAAAAGGAGCATGGGAAGAAGAAAGGAAAATTTAAAAAGAAAGAAAAAAGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000008405:ENSGALT00000036901:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]