DreINT0124249 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000068370 | ralgps1
Description
Ral GEF with PH domain and SH3 binding motif 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070720-16]
Coordinates
chr8:33083358-33087740:-
Coord C1 exon
chr8:33087636-33087740
Coord A exon
chr8:33083409-33087635
Coord C2 exon
chr8:33083358-33083408
Length
4227 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCTGTAAGT
5' ss Score
8.56
3' ss Seq
CTTTCTCATTTATTTTGCAGAGT
3' ss Score
10.59
Exon sequences
Seq C1 exon
GACAGCAGTAGTTCAGAGTCCCTGGATGGACGGAGCTTGGACTCTGCAAAGAGCTTTGACGCGGTGGTGTTTGACATGCTCAAAGTGACACCTGAGGAGTTTGCT
Seq A exon
GTAAGTCTATACAATAAATGTTGCAATCCTTACCTCTCCACATCTAAATACATGCATATTGTAATAATAATACATTTTATTATCATTTAGAGTAGATTTTAGAGGTACAGTTTATTAGTTGGAAACCTCAAACTTTAGGCCCTTCAATTTGAGGTTAAATTTTGCATTTTAAATTTGACCTAAAATTCACTCTGCTTGAAGCTTAAGTCAGTGCTCAATTGGTAAATGGATAATTTTCGCAACAAAACCAGGAAAGTAGAGTTACTGCGACTGACGTCCGCCACACAATTTTAGTTTTTCCCAGAACCTGAGATTACTAAGCGTTTAATACAAAAAAAAATAAAAAATTCTATTATTATTTTGTGCCATAAAATGTTATGGGTCAAAAATAGGTAAAAAAAAACAAACAAACAAACTTGTAGCTACAAACATAAATTGTATGAAACATCAGTATCCAGTTTACTAACACCACTGACATACTGTGCCAATCGAAAATAACTCATTCTGTCTAATCTTCAAGAAGAGCCCACAGTTACCTCTTCCGTCATGTTTTCTGGCTGACTTGAGAGAGCTTTGCTTCTGTTTTCCACTATCCTGATCCATTCGTACAGTTTTATGTTCTTGAGATCTTTTTTGATCAGGCTCATTTTCAGATTTACTCGTGGTTGTAAAAAAAAAAAAATATTATATAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGCTTGACTGTCTCTGGCATTTTAAAAATACAAATATTATTTATGTAGGCCTTTATCTTATTATTTATTTTCGTTGCTCACTGAGACAGAAACAATAATCACCCACCAATGAGAGTCATTGTAAACATAAAAAAGCCTTTTCACTTGGACTCATTCACACTCTCTGTCTCTCTCTTTCTCACACACACACATGCAAGTATTTTACCACGCAAAAGTTAATATCAGATCAGTTAAAACAAATATCGGAACACAAAACACGAATATAAGACATTCCCAGAACAGGATCCGACAAGATCCAGCTCAATTTAAGCACTGGGTTAAGTTGATAAAAAAAATGGCATTTTAACATTTTATTTTCCTTTATTTGATTGTTTTTTTTTTGCAGCAGGAGCCTATAGTAAATTTTTTATTTTTTAAATGTGATTTATTATTTCAGATTTACTTATTATTTATTATTATTATTTTATTTTAAAGAGCCCATATTATACATGAAATAGGGTCATATCTTGGTTGTAAGGGTCCCCAACAACAGTCTAATATGCATGCAAGGTCAAAAAACACTTTCATGGTCTTATAATCTGCATTTATTTTTACCTAATTATCCCAGCGACTCCTGTATGAATCGTCCAGTGATTCATTTGTTCCCAAACCCCTCCTTAGCGTGAAGCTAATCTGCGCTGATTGGACCAATGACAGCCTGTTGCGATTGGTCGACTGCCTTCAGTCAGAGTGAAATGCCAAACAGCTAATCAGCAATATAAAAGTAATCACAGTTCATACACGCTCGATAGTGTAGGTGTGGTTTAGCTGCCAGTGGGTCAATGTAAACTTACAGTCGATGGACAATTCAGACGACTAACTATTTTATTGAGCAAAAACTCCAAAAACTGTCGAGGAGATCACATAGCTTGTCTCACTCTGCTCTTTTCACAGACACAAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATTGGCCTCGTCCGCGCACACACACACACACCTCGGGGCGACAACGCGCGCGAACACACACACAAACACACACACATACCTTCGGATGACAGCGCACGCACACACACACTACCCTCGTCCACGGAGCTCCGTAAACAAAGCAGCACACGTCGCGTTTTTAACGTGACTTTGCACGCGATAAGAGAATATAGCCAGTTAACCTGATACAGTACACGCGGTTACAAGTAACAAATCGCAACTAAATACATTTGCAAGCCAGAGTCAACGAGGCAACAACTTTAATCGCACGTACTTACACTTGAGAAATGGAGGAAGAAACCCATCCTGACGTCCATCAGTAAGTTACTCTTTACTGATCCTTCCTTCAACAAACGCCGATGAAGTATTCTTTGTAGCATGTAGTTTTCAAAAGTTTCCAGTAGTTTCCAACTGCTTGGTTATAATGCTGAGGTTTCATCTTTGCGTAGAGACTCGATATAATATCCATCTGCAGTGTGACTTCAATCGACCGGCATGTTTGTGTGCGTGTGTTTGTGGGTGTGTGTCTGGGTTTCTGCGTCAGAGGGCGGGGCCTCAGGTTTGAAATCTCCCGGGTTTGCGCGTGCACGTAAATAACTTGGTTTCATTCGTACGTCATGGCGAAACACCTAATGACTCAGTATCAAGGCGACTCGTTTGAAGCACTATGAGTCGACTCATTTATAGATGAATCAACTGTTTTAAACACTGTACTCTTACAGATTTAAGCCTTAGCTGGATACTTCACTTCACTTAGAGCTGTGTTACACACTACATGGAGGGGAATTTTCAAAAACCCATAATATGGGCTCTTTAATTTTTTGCTAAATGAGGGATAAGTTGAATGAGTAAAGCTATTATTACACTATTGACATACACAATAAGTGCTACCCCTTAAATGAAAGTTAATAATATAAAAATAGTAAATTTAGTTAGTTATAATTTAATATAGTAAATATTTAACCTTAATAAAGCCTCATTTGTAGTTCACACACACACACAAACACTCCTAAACCCAACCATCACAGGAAACTGTGTGCAGCTTTACTTTCTGATTAAACTCACACACACACATACAGTTGAAGTCAAAGTCATAATTATTAGCCCCCTTGAATTATTAGACCGCTTGTTTATTTTTTTCTCCAATTTCTGTTTGACGGAGAGAAGATTTTTTTCAACACATTTCTAAACATGGTTGTTTTATTAACTTATTTCTAATAACGGATTTATTTTATCTTTGCCATGATGATAGTAAATAATATTTGACTAGATATTTTTCAAAACACTTCTATACAGCTTAAAGTGACGTTTAAAGGCTTAACTAGGTTAATTAGGTTAATTAGGCAGGTTAGGGTAATTAGGCAAGTTTTTGTATCACAGTGGTTTGTTCTGTAGATTATCGAGAAAAAATATTGCTTAAAGGGGCTAATAATTCTGTCCCTAAAATGGTGTTTAAAAAATTAAAAACTGCTTTTATTCTAGCCAAAATAAAACAAATAAGACTTTAGAAAAAAATATTAGTAGACATACTTTGAAAAATTTCTTGCTCTGTTAAACATCCTTTAGTAAATATTTTAAAAAGAATAAAAAAATTGAAGGGGGCTAATAATTCTTCAACTGTATATAAATACCCATTTCTATGGGTTTGATATAAAAGCTGCAGCTAATTATATGCAACTAAACAAAAAAAATCCATATGAATCAAATAATTTAACTTAATTACTTTACTTGCTATAAAAGTGAAGTAATTGACAAATTTACTGACTTTTATCTTTTATAGTAAGTGATTATGCCTCTTTTGAAGACTTGAATTAGGTTGTTTGATTCATATGGATTTTTTTTACAGCTATTTGCCAGTTAGTTATATCCACATACTACTACAAACATGTTATAATGTAAGTCAAGTCAAATATTCTCAGACTGTGGCAGAATATATTATTAGATCATTTTTCATACGGATTTATGACAGTCTGTTTCTCTGAATTGAAGTGGAGAATGGTTATGAAATTTCAACTTTCCATCTCATAAATATAATCTGTCAGTTCAAGGGAAGCCTTTAATTACCCATTCAATTTTTATATTTATAGAAACCCACTTATTTCCAATAAAGGTCATTATGTAACATTTTTCACTGTAAAAAAGTTTCACTTTTAAGAAATCAGTAGAATGTTTGTAAAATACAATCAAAACTTGACACTTATGTGAGATAAAGACCCATTCTATAATCCCATAATGTAATAGTTTACCCACTATCAACGTTTACATTTTCCCTGTAGAAAATAAGGATGACATGTCACGGCACTGGATTTGGTCCACTTTTTTTAAATAAATCCAAGCAGCATGGATATTCTTCTAAATATATCATTTTGTGTTCTATGGAATAAAATCACACATGTTTGGAACAGTGTTCAATTATGGTACAGTGCTTATTTTTAAGTGTCATTTTTAAACTGCATATACAACTTTTTACCCTTTCTCATTTATTTTGCAG
Seq C2 exon
AGTCAGATCACTTTGATGGATGCTCCTGTGTTCAAAGCGATCCAGCCTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000068370:ENSDART00000098840:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.229 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0061714=RasGEF=PU(4.0=22.9)
A:
NA
C2:
PF0061714=RasGEF=FE(11.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]