DreINT0124260 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000026519 | ralgps2
Description
Ral GEF with PH domain and SH3 binding motif 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-1212]
Coordinates
chr20:16053439-16065606:-
Coord C1 exon
chr20:16065529-16065606
Coord A exon
chr20:16053545-16065528
Coord C2 exon
chr20:16053439-16053544
Length
11984 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAA
5' ss Score
8.59
3' ss Seq
TGTGTGTGTTGTGTCTGTAGCTC
3' ss Score
9.17
Exon sequences
Seq C1 exon
GACTCGATTCTACCACTCTCTGGGTCCCGTCACCAGAGTGGGCCGCATGTCCTGCAGAGGATCGCTCAGGCCCAGCAG
Seq A exon
GTAAAACCAACAACCTCCGTCAGGGTCTCTCTCTGTCTTTCTTGGTGCTTTTCCACTGCGGGGTACGACTCTGTTTGCGTTTCCACTGCAGTTTACCATCACTTCAGAGTGGGTGGGAATAAATATTTAAATATAAATATGTCGTTATAGGTGTGCGCCTCTACTAGTATGACATTCTCGGTCGCCTCATTTTGCTGGATCTACTCCTCGGCCCACTAGTTATTATGATATTTCTTTAAGGGGATTTTAAAGGAACACTCCATCTTTTTAATAAATTCCCTAGAGTTAAACAGCTGAGTTTTACCATTACTGAATTATTTAGCCAATAGCAAGTCTGACTGAAGCACTTTTAGCTTAGCTTAGCATAAATCATTGAATAGGATTAGACCATTAGCATCTTAAAAAGATTTTTTAAATAATTTTCCTGTTTAAAGCTTGACACTGTAGTTGTGTACTAAGGCTCTTTTAAAGGCCCAAAAAGCTAGAAACTATATTCTCTTTCTGGCGGAATAATCAAAGAACTTTGTTGCTGTACCATGGCTCAAAAATTACCTCGTATGGTACAGATTTACATACCTGGGTTGTATACATTTATTTTGCGTTGAACATTTATTTTTAAAATCTGAGGTAAATTAGCCATTGTTCTTTGCTATAAATTCATAAAATATTATATTCAAGGTCAAACAATTTTACAGTATATTACACAATGCCCAACTGCGCCTTGTATTTCTATTCATCAAAGACCATGGAGATTTATTATAGACAATGGAAATTCAGCCTTTTAGTCTGTGAATGTCAGTTTAAAGTTGGTGAATTTCACATTTGACTTAAAGGAAGCCTTTTATTAATACTCAAACTTAACAGTCGTGTTAAATAGCAAGCATCAGTCTATTAAACAATCCTGTGTTGTTGATGACTCGTTTGGAGTCTTGAAGCAAATGTAACATCAGTGTGAACTGGAAGTTTGTTGTACTGAATATATATTTCAGTATGTTGATGTACTTCCAACTAAAACCGAATTTTGAGTAGGGGGTGGGGCTTTCTTTTTGCGTATCATTGCCTCATAGCAAACTAACGGTTAGAAGGGCGTGGCTTAGAATATTGTGGCTGAAGCAGTCAAACTGACGTCAACAAACAAGGACCGCCACTCCAAACAAGGAAGCAAATGATCAGAACTTGATTAGAAGATTACCAAAAGAATTGTTTTGTTATAATAATAATAACAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAACTTTATTTTTATAAAATAAACTTATTTAAAAGTAGCATCTCAAGGCACTTTACATACATAAAATGTGCAGCAGTAAATGTAATAATAAAAAATAATTAAAAACACAAAATATTAATAGTAATAGATCTATAAATCATATAAAAGTCAAATAAAAGTCAGATAAATCTACCCTAAAAATATAGGTTTTTGAAGATGATTTAAACATACAGTATTCAGGGATTCTGCAATGTGATTATCAGAGGGTAAAGAGTTCCACAATTTAGTTGCTAATGAAGAGAATGCCTGGTCTCCCATAGATTTTAGCCGCGTTGACTGAGCAGTTAAAAAAAACTGTATCAGACGAGCATAAAGCACGTCTAGGAGAGGATGGGATTAAATGCTCAGATAAATATAATGGTGCTAGACCAGATGTGTCCAAACTTGGTCCTGGAGGGCAGGTGTTGAGCAGAATTAAGCTCCATCTTACCTCAACACATCTGCAAGGATGTTTCTAGAAAGCCTAGTAAGAGCTAGCCCAGCTGTGTCTGAATAGGTTTTGAGCTAAACTTTGCAGGACACCCGCCCTCCAGGACCGAGTTTTGACATCCCTGTGCTAGACTTGTACGCAAGTAGTTTAACTCACACGAATGGATTGTTCACCTAAAGAATAACAATGTTCACTAGCAAAATTGTACATTTATGATTTCACTCGGACTTAAATGGCTCAGGGATTGATGAATCTCTCTGGTCAATCAGTTATCTGCAGTATTTACATGTCATGCTTTAGTAACAGAAGAGATCATTTCAAACATCAGCCAGTTAGAAGATACTGAAAAAGTATGAGGTACTGTGTAAACCCCCTAACCCCTGCCATCCCCACCAGTGGAAAAGCATCATCTGACTGGTGAACTGTCGCCGTCACAGTGTGCCGTGTGTGTTTTCTGGCTGTGGAATCAGGTGGTGGGCTATTCTAAATCACACACGTGCTGTTGTTGACTCTTCTGCTCCAACAGTGGCTTGTTGCTGCTAAGCAAAAAAATTAAAAAGCCGCTGATGCATTTCTTCTGATTGCTCTTGCTTTCTGTTCTTCAGACATACACTACTGATCTAAACTCTTCGGTTGCAAAGAAGCACATTTTAGGATAACACGGCAAGGTGTTAAGATGTATTTCAGTGAAAGATGCTTTACTGTTTACACTTAGCAGGAATACAATAAAAGTGTAAAGTATCCACCAACATTAACATAAGAGCTGCAAACACAGCTCTTATGAGTCTTCACAAGGATGTGAGGGGAAATACAATGAAATTATGGATAATGCATACATCAAGGGTTGCGCTTACACACCAGCACAAAAAGCTAAATCTCTGGGGTTTTTTTTTACTTACATGAACAGATTGTATGAAAACATACTGTACAAACAAGATGTGAATTAGCCACTGATTTCCCAAAGCATCAAGCTGTTACTAATTACCATGAGATTGTGTTAAAGTGTGCCTTGTTGACTGACATAAAGCTGCTTGATTAGAAAGTGGCTTATGCGTGTTCTGTACATCATATGCTCCTACATTATTGATGACGGACTTAGTTTTGCCTACATAAAAGTTCACTAATGTGAGACAATTCAACTGATTTCGAAAGAGCACACAGCAAGAAGTTCGCTGGTTCAAGTCAGTTGGCATTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCCGTGTTCGCATGTGTTTTCTTTAGGTGGTCCGGTTTCCCCAACAGTCCAAACACATGCGCTTTAGGTGAATTAGTTGAACTTAATTTGCTGCAGTGTATTAGTGAGTGTGAATGTGACAGTGTTGCGGCTGGAAGGGCATCCACTGCGTGATAGCATATGCTAGAATAGTTGGCCGTTCATTCTACTGGGGCAACCCCTGATAAATAAGGGACTAAGCCAAAGGAAAATTAATGAATGAATAAACAATTGAATGAATGAATGAAGGAACGAACGAACTAACTAACTAACAAACAAACGAATGAATGGATGGATGGATGAATGAATGGATGAATGATACTGTGTTTTATTATTTGACATGTAAACACAAGGCTACTACTGCAATGTAACCATCTTCAACAGGAAAGGGTTATCTGATACTCTGAAATATACAAGTCTAGTCTAGGATTTTTGTTGAATCAAAGGAACATTTATAGTCATTTCAACTTGCATCATACAAACTGACTAAAAAAATTAAAAGTTAAACTTTGTATAACTAAAAAAAAGTAGAAAGCTGATTAACATTATAAAATTTTGTAGAATACAGGATTTGAAAATGGCTGTTTCTCAATACCAAGTATGCAAGGTTCGGACTTGCGTCCTTAGAAGTTCAGGCTTGCCAAGTTCAGACTAGGAAGAACAAACTCCAGAGTACGCGAGAACGAAAGTCGAGTACTTCTTCAAATGGAACAGCATGCAGTGTACTTTATACGTCACCATGGATTGATCATTTTCACTGTACATTAACAATAAAATGGTTTAATTATAAAAAGCACAGCCTTATAATTAATATTATATTTACATTATAAATCTACATTTTTGATTTAAGAAAATAAAAACATGAATAATTATAAATGTGATGTATGGGTTATTATACACAGACTCATGTCTTTTATAATCAGATTATAAAAATAGACTACAATGGACATTATAGTACAAAACGTACACAATAAGTAATAAAGATAACGTTAAGCAATTTGGTAAACAAAAACATACCTTGTACAACACTGTAACATAATTAAAGACAATTATAAAAGATAACAAAATAATACATTTAATAACAAATAATACATTTATAAGGTCAAAAACGGTTTGTTAGATATGCACTAAATGTATTAACTATCATGTTTTAACTACAATGGACAGATGCAATCCAGTGGTACATCCGAGATAGACTGGCCGATGTAAAGCTGCTCTTGGCTGTGGAGGTGATGACGAAGCTTCTGCTGACAGGCACATCACCAAAAATGTGCTATCTTTATAAATAAACTGCCGATTCGAGTTTAAAACAACTACATTCTCGCCTAAATACTCTTCAAACTTTAATTTGTAAAACAGAGGGGTATTTTTAAAACGTGCAGGTTTTCTCCTTCGCCATTAGCTTTCATTGCTACTTTGTAAGTTCACACTAGTCACCTCTCGAAGCATCCTTGACAAAAGGGGCGGAGCAAGTACACATCCGGGAACTTTATCTGTACTTGGCAAGGTGTAAACTCTGAATTGGAACAGTACTTTGGCGACGGTTGATGATGTTTCACGACGACATAAGAGCACAAGTACAGACAAGAAAGCATATTGAGAAATAGCCAATGTTCGTCAGTCCTAGGGCCCTATCATTAACCCGGCGCAGTGTGGCGCAAGGTGTGGCAAGAGTCGTTTTGAGGCGTTGCGCTACGCTGTTTAAATAGCAAATGCGCCCAAATGTGTGCGCCCATAGGCGTTCTGGTCTAAAAAGGAAGGCGTTCTGAGGTGGACCGCTGGCGCGTTGCTATTTTGAGAAACTATAATAGATATTTCATTAGACCAAAACTAACCCGGTCTTAACTCCGGCGCAGAGTTGTTGCCTCGCTTACGCACTGCTTAATACGCACAAGAGAGCAATAGGCAAATATCTTTACAGTACATATGAAAAAATTTAAATATTAAGGATATATAAAGGATATAATAAGAATAGATATAGGATATAAAAATAAAAGATTAAAATATTACAAAACATTATTTTCTAGCCTAAATAAATATGAAAA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Seq C2 exon
CTCTGCAGAGTCGGAGGAGCTGGCGGTTCATCTGTACCCAGGAGCCGTCACCGTTCAGGGCGTCTTACGCAGAAAAACAGTCCTAAAGGAGGGCAAGAAACCCACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000026519:ENSDART00000037420:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.148 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0016924=PH=PU(17.0=52.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]