DreINT0124496 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000043593 | rapgef1a
Description
Rap guanine nucleotide exchange factor (GEF) 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081105-26]
Coordinates
chr8:11765739-11774461:-
Coord C1 exon
chr8:11774265-11774461
Coord A exon
chr8:11765904-11774264
Coord C2 exon
chr8:11765739-11765903
Length
8361 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGA
5' ss Score
7.54
3' ss Seq
GCACTTCTCTTTCCTCCTAGGCT
3' ss Score
9.76
Exon sequences
Seq C1 exon
TCCTGAAATACATGCAGTTCATGGAGGACTATTCAGAGCCGCTGCCTTCCGTTTTCTATCAGACGCCACAAAGTGAAAGCATTTATGAGCAGCGCAATAGGAAGCGATTTCAGGAAGTGTATGGCCTCAGCGACTCCTTCAGCAGCAGCGATGAGACTCTTCCTCCGCCAGCACTGCCCCCAAAACAGAGACAACTG
Seq A exon
GTGAGATCTCAATCACTTATATTCCCACATGCTCTAAATGTTGATGCAATGTTGTGTTGCTTATGGCTAGGGCTGCTGTGATTAGTCAACATAATCGACATCAATAATTCAGGGTGTCCGCAGAGTCCTAAAGGTCCCATGAAATGCTTGGTTGCATGTTTGACGTAATCTCAACTGAAACATGAAGAGAGGGTGGGACATAGTGTAGCTCCTCCCCCATTTTGTTTTATCACTGCTCTGCTAGTGAGATTAGTTGAGCTGAAGAGCCGCAAATGTGAAGCATCTTGAAATGGGCGGGGCATGTCTGATACTGAAGTAAGATGTGACATAAATAAAACCGTTGATCCATTTAAGTGGAAGTAACAAACTGCAAGCGTTACATGATGTTTTGGGTTTTATACACCATAAATGCTAATTTTGTCACCGTTCTGGTGCGGATTAGCTTATAGATATACTTAAAACACTGTAACTAACATCTAAAAAAATATTTTTATTTCATGGGACCTTTAAAAAGTATGAATTTAGTTCAATTTAGAAAAATGTAATGCCCCTAAAAAAGGCTTAAATGCTATTTTGCCAGGTATTAAATTTTATAAAGTGTAAAAAAAACTATTCACTGCTTTTGAGCAAATTTTATTTAATTTTTTTCTGGTTTACAATTTCTGAAATATGGAATCAGCCAATTTGCTAGTTAAAAAAATTGTAGTCAGACGTGAAAAACTGAAGATCAGTGCATTAGTGTCTTTATAGATGAATGTAGGGCTGGGTGATATTACAAAAAAAATTTTAAACTATATCATGTTTAATATAATTTGATATCAATAATTATTGAATATATTTTAACAACACATTTTGGAATATTAGAATTGTTTTACTTAACCTTTTATTTTAATTTACCACCATTATGAAGGCAAATCGTTTTAAGTCAAAAACAAAAGTATTTAAACAAAATATCTCATATCTTTGTAATAAAATAAACATAAGTCCTCAAGAAACTCTTAAACTTGATTAAAAAAAGGTTACAAAGTGTGTGCAATGGTAAAGAGTAAATACTAAACAATCAAAGCAAACTTTAAGGTGTGAATAATAATGATACAGTGAGCCTCAAACTCTGTCAACAACACAAATTATGAGAATCAAATCTGAGCTTTCAAGTAAAGGAACCAACCATCAATATTCAAATACATATTGTAACATTACAAACTGTGAAGTTGAATGACTACATTACCCCTATGCTAAAATATCTTTCAGATGGGGGGCTAGTGGCTGGGATGCAAAAAAAAAATAAAGCCACTCTGGCGACATCCTTGCATCCTTTTTTTTTTTTTAAACAATCTCTTCACTGCTGCTATTCAGCACTCATTTTCTCATGTATTATTATTTTGATCCGAAGGGACAAGCGTGCGCGTGGATTCCTTATCCATTTACAATGGACTTTGCTTGCGCTTCCCTTGCATCTCCTGTAATTAAACAACCATCAAACGTTTTTTTAGACGATGACAAATAAACAAACCATTGCTATGTGTTCGATACGAGTTTATGGAGAAAAGTAAAACCTGCTGCAGTGTTTGGATGTGCTGTGTTTGTCTGAGGTTATTAGTCTGCCGTTACTGAAATGTGTATGTTCCATACAAAGTGTGAAGCAGATTGATTAGTTCTACTCACGCTCGCGGCATTCAGAAAAGTTTAAATGTTTTTTAACTAGGTACAGCTGGAAAATGCACAGTTCAGGTGCGAGTTGCCCCAATGTGTGTGTTGTGCAAGTCGTGTGCCTCCATTGGAAATGACAAACTGACACCCTCAGCTTATTGGCATTGCTTTCAAGGCGCAGCCACATTTAATAAAACTATAGTGCTTCATACCTAAACTACATTCTAAATCTATTTTTTTTTAATCAATATTGACAATGATGTTCAGTCAATAAATATCGATACCGATTTTATCCCCCAGCCATAGATGAATGTGTTGAGTTGTATTAAATGGGAGTCTAAATTTTCATTAATTCATTTAATGGTGTTTGTTAAAGCCTCACATACAGCTTTTTTTTCATTCATTTCATTCATTTTCTTGTCGACTTAGTCCCTTTATTAATCAGGGGTCGCCACAGCGAAATGAACCGCCAATTATCCAGCAAGTTTTTACGCAGTGGATGCTCTTCCAGCTGCAACCCATCTCTGGGAAGCTTTTTTCACTGGTCTAATTGTGTTGTTGTATTTCTCTTCTGAAACTTTCATAGAGGTAGTCAGCTTGTTCTTCTTTCACTTTCTGTGAAATCTGTTGCTTTGGTAAGAAGTTATCACAAGCTAAGCGTCTTTAGATGTGCTTTCCTGAAGTTAGTATTTATTTAATTTTTACACTAAATTAAATTGTCGCCATTGTAAAACCTAAAGTGGCGAGGAGATCTTAAAATGTATGGAAAGAGTCTTAAAAAAGAGCTTCAAATAGATTGAATTTCACTCTCTGATTACTCTATATTCTATTATTGTCATAATACTGGAATTCGATACCAATCTGTGTTGTAATTTTTAAAACGTCCATTTCTTGCTAACATTTAAGCACTGCTGAACACGTTCCTAAACAGTGCTGATTTGCTATTGTGTTCACATGCTTAGCAGAAATGACTTTGATTGGCTGTGAAGGTCATCCGTTCACCGAACTCACCACTATTTACTGAGTGTAAACACAGGTACAGGAACACTAGATCGTTTTAAAGCCATGAAGATCAGTCAATTCATCAGCAGATCACTTGTATGTCTGCTCATAAAGAGATCAGCTGATCTTCATGGCTTTAAAGTGCTCCAGTGTCGCTGTATCTGTTTCTGTTGAGCATGTGAACACAATGGCAAATCAGCAGGGTTTAAGAACGCACTCAACAGCGTTCAAATGTTCACAGAAAATGGACGTTTGTAAAATTCCAGTACCCAATTCCATCGTGACAACAATAGTATACTGTATACCTTGATATTTTTTATCAACTTATATTACGTTACTTTGACTGTCTTTATATAAAACATAATATTAATAATAATACAATTTTGGACCTATTAGTAAAATAAAAGTCTTTATTAAAAAAAATAATTATCAGCTAAGTAACAGTGTTTACCACAGCAATTGCATGTGTTGTACGTGGTGTTCAATAGCCAATGCAAGGAATGTCATGTGCATTTATATGGTGCAGTTCACAAACACTGGTAATGTTAACAACTTAACTTAGGCCTCTGTGCAAAATTAAACCAGTGTAGCTTTTTTTTGTTTCCTCCTCGATAAATATTGGAGGCATCAGAGTGGGCAGAAGAGACTCAAGCGATGTCATGTGTTCGGGGTCAGATATGTTTGGGATCACAAACGTGAGACTGTTGTGAGAGAGATTTCTACAAACTCAGATTAATAATCCACTTCTACTCCTATTTCATAAAGTGCTTCAGTGTTTTATGAGAATTTTTGGCATTTGAATGAAGAGTTGTTTGTTCTTGTGCTATATTAAAGGGCACATAGTTTACCCCTTTTTTATGATTTAATATTAATATTATGGTTCTTCTGAGTGTACAGTTTAGTTTCAGTTTAACACACAGTTCAGATGTTTCTATTATAATGTGTTCAAAAGTGTCATGTTGGGGGCGTGTACACAGCTCGCTGTTTTAGGGGCGTGTTGGTTCACATGAAAATAAGTTTCGCCTAACGTAACAAGGGGGCAGAGCCAAGAGCTCCCACGCTCTGTGTTTGCAGCAGACAGAGAGAAGCTAAGCTGGGTTCAGCCGTACTTGTACGTCTCAGATACAGACCAAGCAGAGAGTACAAAATCATTTTCTGTCTCTGTATATTTTTACAGCCAACTGTGTGCTAGTTTCAAGTGCCAAGCTTGTACACCGAGACTAATAGCCACGCATCCTGAATTAACTTTGACGTGAGGCACCGAATGTGCCGCTCGAAGCTGCGACATGGCACACCAGACACTCTTAGTGGCGCGGCAGAAACATGAAGTGTCCTGAATCGTCGCGCCACACAGCGCCATGCATTCCAGAACTCCAAACAGAGGCCTCCACTAGGGCAAACACAACGGTGCCCCAGGTCGGTGGCCGGCCGCGGCATCCAGCCGCTGACCCAAAGTGCCGCCGCGTGCACCCCGACAGAAACCCGTGCCCAGAACCCCTGAAATGCACGGTGCCACGCAGAGAGGCGCTTCTGGTATGCGACCTGCAGGCAAGTTTGTTATTTTATTTCCAATGGAGAGACGCGCACATGAGGCAAAGCGCTTGCACTTTTTCAGCTGCACCTAAGATCACAGGGAGCTTTTGTGTTTGCGAGAAAAGCAAACGGCTGATGTTTAAAGTAGACTAGCGGTGTCAAACTCAATTCCTGGAGGGCCGAAGCCCTGCACTATTCAGTTCCAACCCTGCTCCAACACACTTACCTGTAGGTTTCAAACAAGCCTGAAGGACTCAATTAGTTTGATCAGGTGTGTTTAATTAGGGTTGGAACTAAACTGTGCAGAGCCCTTTTGGAACTGAGTTTGACACCTGTGAAGGAGACGCAATGAAAACTACATGTTTGCAAACCTACCAAAAGGTACAAACAATAATTCAGATTAGAGCGATAATGTGGAGAATATTTGTCTTGTGTTGAGCCTAATGAGCCCTACATCTAAAAATAGAGCAAACACACGCTAAAAATGGCAGACGTGAAACAAGAAACTGAGGATATGGTGACGCGTCTGTCAATCAATATTGGGGGATAGGGGGACCGCACTCCTAAGTCAAGTTGCGGTCAGTCTGAAAACCGCTCCAATTCGTCCACCGATTTTATGTTGTTCAATTGAAAAAAAAAGGACTGTGTGTGTTTATATCACCCCAATATGACGGTCTATACACTATACTTACACACATGTCTGTCCAAACAGCTTGAAAAGTAGATTTTTCACCAAAGGTGCCCTTTAAAGAACTTTTCCTTACGTAGCTAGCTGCATAAGTTACATAAAGGACATGTGAATTAAGTAATGCCAT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Seq C2 exon
GCTTCCTCACACTCTGCGTCTCCTTCCTCCTCCTCTTCCTCGTCTCTGTCTTGTCAGCTGCAGCAGTGTGTGTCTGGGCCCGGTCCCGGTGAGACAGAGTCCACTCTCAGCCTTTCTGCATCTAACTCCTCTCTGAACCGCGAGGGCTCTCTGCCTGTCCCTACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000043593:ENSDART00000139947:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.758 A=NA C2=0.982
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]