DreINT0124790 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000029372 | rasa4
Description
RAS p21 protein activator 4 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060526-349]
Coordinates
chr5:58671935-58687880:+
Coord C1 exon
chr5:58671935-58672026
Coord A exon
chr5:58672027-58687780
Coord C2 exon
chr5:58687781-58687880
Length
15754 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGAGTGAGT
5' ss Score
6.51
3' ss Seq
ATTCTGTTCTTCTCTCGTAGAGG
3' ss Score
9.02
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AGGTACTCTGGGCTCCCTGAGGCTGCATCTCCGGCTTCGAGACGAGGTTGTGTTGCCATCCAGCCATTACAAGCCACTCACAGAGCTACTCAGCCAGTCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000029372:ENSDART00000097374:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016825=C2=PD(1.2=3.2)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]