DreINT0124808 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000089933 | rasal3
Description
RAS protein activator like 3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-101130-3]
Coordinates
chr6:8248725-8254271:-
Coord C1 exon
chr6:8253737-8254271
Coord A exon
chr6:8248859-8253736
Coord C2 exon
chr6:8248725-8248858
Length
4878 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGA
5' ss Score
9.48
3' ss Seq
CCTTTTATGTGAAAACAAAGAAA
3' ss Score
-2.15
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGGTACAAACAAAGAGTCAAATGCTGAGCAGGCTGGAGCAGCATCGCAGATTGAGGAAGACATGGAGCTGGTTCCTGAACAGAACAGCCCGGTTGATCAAGACCCACGACAAACAGAGGATGGCAAGCTGCTTAATACATACAAGTGGCACACTGGAGCCAAGGCTGAAACAGTGGCACAGGGTGCCATTGAAAGGCTGGAGAAAGGGGCTTCAAACAAGTGGAACAAAATGCAGAGCTGGCGCAAAGCTCTGAGTGAAGACCCTGGGGAAAAGTCCTCAACTGCAAATCGAGGAGGAGAAAGCCCCTCCAAACCAGACAAGCCGACAACTTCAAGGAAAAACCCTTTTCGCAGAGCTCTTTCGGAGCCACCGGGGTCCCTCCTGGCCTCCTCGGCCCCCGCGTCTTCGAGCGCACAGGCAACAGGGTCCACCGTCCAGGACACGACACAGAGAGGCAAAATCAGAAAGTACCTGCAAACGGTCTCGCAGAGGTTCAAGAAGCCTCGTCTGCAGAGTACTGTCACAGAGCATG
Seq A exon
GTAAGAGATGCAATGTTAGATGCTTTTTTTCGTTATTACTATTGTTGTGACATCATTATTTTTAGATTTATTATTTTTATCACACTTTGTCGTTGGCGCAGCTTCAAGTAAATTTTTTTACAGTGATCTATATATTAATTTTTTATTATGATTTTTTATATTATTATGCAGTTTCCCAGTACCGGGTTGCAGCTAGAAGGGCATCCACTGCGTAAAACATATGTTGGAATAGTTGGTGGTTCATTCCACTGTGGAAAATAAATGATGAATGAATATCATTATGTAAAGAGATACATGAAACTAGATGATACAGTTCAAAAGGTATAAAAAAAAAGCTTACAAACAACACGCAAGATAGTCAACAACAGCCAGATTTGTGTGTGTAATAGTAAAGAGTAGGGTTGGGCATCTAAGCTATAATGCCGATCCGATACGCATCTCGATACAAAGAATACGATCCGATATATTAGCGGTACATTTGTGACATATTGCGATGCAACACGATACGATTCACACACATATCACGATACGATGCGATATTTCAGCACTAACTAATTAGATTTATGTTTATGAGATGATGTGAAAGAGGATGCTGTGCCATTGAATGAGTTTGATTATTTATAAACCAAGCAAAACCAAGACTTTTTTTTACAAACTGGCTCTTCTCTCAGAGCCAGAGTGTCAGTTTACAGTAGAGGGCCATTTTAGAACATATAGCTCATATTATTTAAGTATTTTCAAGATAAACAGAATGTATAAGTGCAATATATATTAAAAAATATGTATATATTTGCACTCTTTCAACATAAATAAATTTAGCATTGCACAACAAGAATTGTGATTTAACTTTTCAACTATGAAAACAAGTTTTACAAAGATATATTTTGCCACTGATTATTCAAAACTTAAGGTTGTGAACTAGCAGTGTTATGCTGCTTTGAAACATCACTGTCACTGTAAACAACAGGCTAATAAAAATATAACAAACCAGCAATCTTCTTGCTGTGAGGTGGTCAAACTACCCACTGTGCCACCGTGACACCCAATTATTTTTATCATTATTATTATTAATATTATTATTATTATTATAATTAAATAAAAATTAACAGGAGGAGGTGTTTAAAACCTTAGTTCTCCGTGACACTAAGCTGAATATCTTTGCAGATGAACAATGCAATAGCATTCGTTATTGGCGTAGAGCGAGCAGAACTGTTGCGCATGGAAAAAAAACTTGCAATGCTTTTCTCACCACTTTTGGAACTGGTTGAAGCAGTGCGAAAGCCGGGGATGCAGAAACACTGGAAGATGCTTCCACAACAACACCGTGGCGCCGCTTCAAGTGAGATATCAGATTAGTCGTACTGCCCGCGTATTTTACAGATGCGCGGCACATTTTGCAAATTGCATCTGTCCTGTCATGTCGTCCATCCTTAAATCCATAATGTTGCTTGCCATACTTTAGATTTAAAACTCAGTGGGGAATATGTTCGTTTTGCTTCTCGCGCTTTCTGAGGGCGCACCACTAGCTTCATCCGCACACCTGATACACTGAGTTGTAGTTTGTGCACATCCGCAAATCCGTTGCTAAGGCTTACTTTATGTAGGTCGATTAAATTATGCGCCAAAAACAGGTTGACAACACTTGTTAATAAATAAAAAATACATTCTATATTAAAAATATAAGCTGTATAAGGAAAAATCGATGCATCTCGCAAAAAACCGATGCATCTCGATTTGCTTCCAAAATTTCATTCATCCTCTGCTGCTCAACCGATGCACTCGCATCGTGCACGCGCATGACCGCGTATCGATACATATCGGTTAATCTTCCCATCCCTAGTAAAGAGTATACACATGGAAGGATATAAACACCACCAACATAAAAACACAAAAGTACAGCATGCTTAACATGGATATCCATGTTTGTGGCATCACATATTACTTTTATCATCACCAACTTTAGTATTATTATTAATATTATCATATTTTAATTATGAATGCTATTTAAATACTACATTGTCATTTCTAATTATACATACTTCTATTGCTGTTTGTTTTCTGTGTTCACCATATAAAATGTGTTTGCAAATTAAATTATATGCTAAATATTTCATTTAATCTATGATATGTGGAGGTTTTTAGATGTACCTCTGTTGGACGGCTGTGTGAACTTGCTTATTAAAATGATTGCACATGCAGATGCCACTAAATGGCGCTAAAGAATGAGGGTACAACAACAGGATGTGACATTGAGATGGAATATTAAACAACAAGTCAAGTCATTTTTATTCCTATAGTGCTTTTTTACAAACTACTTACTTAAAATGAGCTCAAACATCACAATTCTTGAAGGTTTTCAAGGACAACTTAATTGTTTTATGTTCGATCCACTTAAATTTGTAACATCTAATAAGTGAACTTAATTCCTTCATGTTGGCCCAACACAAAGAGATTGTGTGGAACCCAGCATTTGAGTTCAATATACAAATATCACTGTTGAAGTTCAATTCCGTTAAATATAAACGTCACTGTTGAAGGCTGTGATATATTAGTGATATATGCCTTCACTGAAGAAAATATTAGTATTAGCAAGATTATTAGCTCACACTTTATTTTTATGGTTCGTTTGTTGAACCTTAAGTTACATAACATCTACATGCCAACTAATTCTCATTAGCTTAGACTGTTGTGGTTAAGGTTAGTGTAAGTTGACATGTACTTGCACAGTTTCTTATTGTCGGTTAAATGTCTGTTTAGCAGCAGTATACTAATACTCAAATGGATCATCAAAATAAAGTGTTACCGATTTTTACTGCAATCATTTTTAAATGTAACCCTATTAAAGTTAAAATTGGATATAATTGGAGGTCAGTAATGGTATTAAGTTGGTATTGGTATTAAGATGTTTTCGTCAAGCCAATCAGTGAAACGTTTTAAGTTTTTAATCACTTCCTAAGGTAGTGGAAAACACATTTAATCAGATTGCTTTCGGTGTGTAATTGCTCATGCAAAAAGCCATCTATTCTCCACCTACTGACCGAACACCAGAATGTTACGGGATGTGTTGTCAGACAGCACACTAAAACAAGTTGTGCATCAAGCTGCAATGAATCAAAGCATACAAATCATGAAAAAAAATTGTACTTGCCATCCACTAAATGATCGTACAGGGACATGTTTGAACATTGCGGGCGGAAAGAGTCTCATCTGACCACTTTCATGAATAAAAATAAAGATGCTAAAGAGGTTCACCACCTTGTAGTGATTCTTCAAAGAACTTTTTTCAGTGTGAAGAATATTTTGTGAAAAATGTAGTTGTCCAGCCATTCATTCGTACTGGCAGGATGTAATACAAGTAATACAAAATATTTTTGGTGATGGAACAGACTTCTCTTTTACAACTGTTTACTTGGGAAATATAGCAGCCAACTTAATAGTAAAAGACAAGTATTTATTAATAATACTTTATAGCAAACAGCAACAAAATTGTAATTCTGAAGTGACTACAACTCAAACCCCCTACAAAATCTGAATGGTGAGATATTGTATCTCAATATGTTCAAAATATAGAGAGGATGCGTTTTCATTAAAACTACAAATGTACAAATACCTGCAATATTGGGAGAAATGGAGTGTACTTATGCCTTTACACTTTGTAAACTGATCTTTATATGCATTTGTTAATGTGACCTGTAAGGAAGTGTGTGACCTGTCTGTTCAATTAAGTTCCCGATGGTAATGTGTTATTGTATTTGTTTATTATTATTTTCTTCCTTCCTTAAAAAAGAAATAAAAATACACTATAAAAAAGGCTCCATGGATGTTAACGGTTCTTCATGGAAGCGTCAGTGCCACGAAAGAATCTTTATTTTATGGTTTGTTACAAAAGTTAACTTCATAAACGTTATCACCAGAATATAATGCTTTTATGTCATTTAAAGGGATAGTTCACCCAAAAATGAAAAATACATAATGTATTCTCCATCTTGTGGTTTTAAACCAAGTCTTTCATCTGTTGAACACATGAGATATTTTAGGGGAGAAATACTTTGGAAGTCAATGAGCGCCAGCATTCTTCCAAATACCTTCTTTTGTGTTCAAGAAACTCAAATAGGTGGAGAATGAGCAAATAATGGAAGAATTTTAATTTTTTGGGGAACTATCTCTTTAAAGCTCTTTAACTATCAATGCAAATAAAGAACCTTTATTTAATAAGTGTTCCAAAAGTTAACTTTATAAAAGTTAGGCATTTGATGTTTTGTTAGCAGCTAGCTCTCTTCAACTCTCACATGATTGCCCACTGAAGCTAAGCGGGGCTGGGTCCAGTCTGTACCTGGATGTGAGACCACATGGGAAAGCTAGGTTGCTGCTGGAAGAGGTGTTAGTGAGACCAGCAGGGGGCGCTCAACCTGCGATCTGTGTGTTTCCTAAAGCCCCAGTATAGTGGAGGGGACACTATATTGTCAGTAAGCGCTGTCTTTTGAATGAGACGTTAAACTGAGGTCCCAACTCTCTTTGGTCATTAAAAATCCCAGGATGTCCTTCGAAAAGAGTAAGAGTTTAACCCTGGCATCCTGGCCAAACTTGCCCACTGGCCTCTGTCCATCATGGCCTCCTGACCATCCTCATATTATAATTGGCTTCATCACTCTGTCGCCTCTCCACCAATCAGCGGGTGTGTGGTGTGCAGTCTGACGCAATATGGCTGCCATCGCGTCATCCAGGTGGACGCTGCACACTTGTGGTGGATGAGAACATCCTCTCCAATGTGTAAAGCACTTTAAGTGTCCAGAAAAGCTTTATATAAATGTTATGAATTATTATTATTGATTTAAAGTATTTAAAGTGACATATTTTTCCTTTTATGTGAAAACAAAG
Seq C2 exon
AAAAGTGTGAACCTGATTATGTGCTCCAAGACCCTGTTCGGCTATCCTGGGCCCCCCCACAAGAAGTTCCCGTTTGGGACATTAGCAACTGCTTTCTTCAGGATGGACAGATCCTTATCCCACGTGAAGAGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000089933:ENSDART00000124643:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.961 A=NA C2=0.378
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0016924=PH=PU(9.0=33.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]