DreINT0125481 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000074023 | rbms1a
Description
RNA binding motif, single stranded interacting protein 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-4967]
Coordinates
chr11:10936754-10950838:+
Coord C1 exon
chr11:10936754-10936935
Coord A exon
chr11:10936936-10950779
Coord C2 exon
chr11:10950780-10950838
Length
13844 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCCGTGAGT
5' ss Score
8.56
3' ss Seq
CTTTCTCTCTCTGTAAGCAGATA
3' ss Score
8.73
Exon sequences
Seq C1 exon
CCTCCTGTTGCTCCGCCCACCCTCCCCATGGCCCCGCCCAGCCCGAGCACCAATAGCAGCACCAACAACAGCAGCAGCAGCAGCAGCACGACCGGCTGGGAGCAGCTCAGCAAAACAAACCTCTACATCCGCGGGTTACCGCCGGGAACCACAGATCACGACCTGGTCAAACTCTGCCAGCC
Seq A exon
GTGAGTATTTGCAGTTATGTCATGACAGTCTACCAGTGATGTCTGGATATGGGTAAATGACTACTTTTTTTTTGTAAAACACCATTTTTGAAGAAAACAATAGTTTTATTTATGAAGTCTGGTGTTTGAGAACATTTTAAGGGGTCACTAACTTGATTGTTTTTATTTTTTTTAATTTTTACTGAACTGTTCCATAAAAGTGTATGGTGTCATAGCGAAATTAACTCCTGATAATTTGCAAATGGGATGATAGCGATTTATCTTCATTGGTGGACACTTATCCTCATATACTGCTAAATGTTTTATATGAAATTATGAATAATGTTTTTTTTTTTCTCAATGACTTGTCTGACTTATTAGGCATTTTCTATAAATGGGGGTGCCACACCAAAGAACAACAAAATGTAACAATTTAATAGTGTTTCCTAAAAACTATGTAAAAATATTTGAGACAAAATCTTGGGCCTCAGTCACTTTATCTTGAATGGAGTTCTTTAAGTAATTAAATTGTTCTATGGAATTGCCTGATTGAAATTAGCATACAGTCAGGGGCGAACTGGCCATCTGGCAGACCGGGCAGTTTCCCACTGGGCCGATGCATTTTTGGGCCAGGCTGATCATCTTCTTATGATCTGATCGCCCATAAAAAGCCTAGCAGCCTATCGTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGCCTAATTAATTGACTATACTGTGATCTGTGACTCTCTGAAAGTAAGAGTTTTTTTTCAGACAGACTGGCCCACTTGACAGAATTTGCAGCCCATTGGTTCTTTTTTTAATTGACATTGCGCTGACCCAATCACAAACGTCGGTGTGTATTTATCAAAATAGTCGAGAGTCAGAGAGATGGAGAAAAAATTCAAAAGAGGCACAGAAACATTTTGGGGAGAAAAGGGACAGGCTTTTTAAACACGCACTGCAAAATGTTGCAAAATAAGATTAACTGTGAGCGTTAGCAGGCAGTTTTTGTTACAGGGCTCAACAATAAGGACTGCCCAATGGCCCGGTGACAGTCCGCGAGATGCTCGGGACAGTAGACAGGATCATTACTGGCCTGATCAGGCCAGTGCTGCCTTGCCACTAAAGTTTAATTTGCCTGCTACTATTTGTCAATTGCGTGCAAATACAGTCTTAGAATCGAGAAACAGTTTGTGCTTTTAAGCTTTTAAATGCTACCTTCTCTGTGATGGTAAACACCATAATGCTATTCGGTTCCTCTTATGTTGTGACTCGTCAGCACATTATTTTTTCCGTAACTTGGTAACAACCAGTACAGCGAAGAGGTGGCAACAACAAATTATGATGCTAAAAGAAAATGTCTGTTTTCTAATGTCTTGGAAGCAAGAGCTTATGTGATGTTTTGCACAGTTTGCCATCAGTTTGTTCAATAATTTAAAACACCTGCACATTTTCTATACTGCTCTTTTTGTTTGCGTAACACTTTGAATTTTGCTCATTATACGTTTATTAACATTTTAAAACTCTAGATTCACAGACTTTTTGACCCATGATTTTCTTTTATACGAGCTGTAATTTATTAAGACAGTCACACAATTTGAAATGTAAAAAAATAATTAACAACACAGCACTTTTTATAATAAGAGTTCCATGGAAGACAAAAAAAAAGTTGAATTATTTATAGGGCTGCACAATGCTGGAAAAACATGCCATGTTGTTAAGTATTGCAATAATGATATTTCTCAAGATATAATAAAATGGTATTTCTATTTTCTGTTTTAAATCATTTATTTATTTACTGATCAAAATATATTATTCAAATCTAATTAATCCAAATTCAGACTAAAAAACTGTGTCAAGGTGCATACATTTAGTCCTTAAAACTCTACAAATGTGTGAAAACCTCTGCAGATATTTTGACTCTGATCAGCTGTTGTCATTTTCCTCTCTAAAGGGAATAAACAGCAAATGCATAAAGCAAATTTATTTTAATGAATCATGGCTTTAATTTATAAAATGTCAGGGATATGTAAAATATTGCATATACTATGACTGCAATAACATTTATTTTCCGATATATGGTGCAGCTTTGATCTTTTACTGCATGTTTTAACTTATGCCAATACTAATTATATTCATTTTTCTCACGTGTGACAGTAAAAATGCAACAACATGCATTCAGCCAACTGAATACATTTCTGTTCTGCTTTTCATTTGGTTTGAGATTCAGCGGAACAGCAGGGCTGGTGTCTGTTAACAGCTTGAACGTGTGAGATGAGTGTCAGAATTAGGTCAAGTTATGGGATAAACCCCTCGTGAGCCCCTATTTACCCTGCAAACATCCGACACAATCAGCTTTTTCAATACTATACCACTAATAACCTATTATAACCATCCTAGTCATGTCAGTGATATCATAGCCAGTCGCACGATCCCATTTTGAAATCGCAGTCATCATGAAATGGTGTCCACAACCAATTTTTGTTGGATAATCTTATAGCACAGAACATTTGTAAAGCTGCTTTGGAGCAATAATTGTTTACAAGCTAACTTGAATTGATTTGGTTTTTACAAGTTATACTGAGCTGGACTGGGTATCCCATAATGCAACGCCTGATTTCATTTTGCATGTTGGGAATTTTGCCAAACATCTAACTGAGATGTCTTTCATTAGTTGTAATGGCAAACAGACTTGCGAAAAGTATTTTATATAATCGATTTATAGCACAAAATGACATTTACAACAATAGTAATCTGCTGCATTTCGTAGCGTTCAGCAAGAAATAAATCGTACTATGGGACTTGTTTTAACTTGCCAGGAATGCACTGGATCATTAAATCTAGACTATAAGTTGCTAGAATGACGAGTTTTGTTGGGGAAGGGGCAATTAAAATACATTCGATACCACTACAATACTAAAACCTGAGATGTGTTTTCTTTGTGACTTTATTAGTTTTGTGTACAGATGAAAGCTGTCAAAACAATCTCCACTCACAGTGAATCTGCGAAATTAGCTAAAAATACTGTATTATGGTCATCTTTTGGTCATTGTATTTTCATTTCAGAAACCGGAAATTAAAAAAACGAAAAACAAGTCGTTTTTTGATTTTTGTTTTAAAATTCAAAAACAAATATTGAAATTCGAGGCGTTTTTCTTTTTCATGATGAAAAACGAAAAAGCAAAATTCAAAAATGATTAGATTTTCATCTATTATTTTGAATAACAAAAAATAAAATCGTCAAAAACGAATAAAGACTTGTTTTTTATTTTTCGAAACCAGGCCGACTCAATGCTGCCAAGCTAGTCTACTGTAGGCTATTTTCCCACTTAACAATGTTATAAAAGGTATTTTCATGTGATAACGGGATTTTGTTGAGACAAATTTTCCTCATTGAAGCAGGTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATACTATTGTATTATAATAATATATAATATATAAATATGTATACTTCTAATATAATTATATAATAATATATATTATTATTATTTTATTATTATAATTTTTACATAGCAGCATTTTAAATGGAACAGCATATTTGACAATATGCATTATTTGCATTGCTTTGCTGAACAGTTTTTACTTTACTGAACCTTTTTATAACAATATTATGTGGAAAAAAAGCATTGCGTCACCGTGAATGAGCCGGCCTGGTTTCGGAATATAAAAACAAGTCTTTATTCGTTTCTGTTTTCTTGGGATTTTAGTTTTTGTTATTCAAAATAAAAGATGAAAATCAAATCAATTTTGAATTTTGCTTTTTCGTTATTCACCATGAAAAGGAAAAATGCCTTGAATTTCAATACTCGTTTTTGAATTTTAAAACGAATATAAAAAAAAAAAAAACGGTTCATTTTTGTTTTTCAATATCCATTTCTAAAATAAAAACCCAATGACCAAAGAATACACTGACATTTTATGCACGGCAGACCAGAAAATGCAAATATCACTTTGTAAAGAAACCCTGTGATTCTGTACATATTCTGTAGTTCTACAGTGTAAAGTGTGGACTGAACATGCAATATGCCACCTTTTTTTAAACAAATAACACTTTTGTAGATTACACACAATACAATAAACTTGTCATTTGAAATCCATTTTTAATCATTTATATTTCAGCCCCCCAAAACAATGTTGTTTCAGTTCAGCTTTTAGTAAAATCACTCCTAAGAATGGCAATGTAAATATCACAGTAATGACAGCAAATTATTTTTTTCAATCAACTAACCATCTGTAATTGGATATTTTTAACATTGCACAACAAATATTTATTCAAATTCAAATAAATAAACAAAATGTACAAACTACAAAGTATAATATAATTTACTTTTTTAGAAATACAATTTTTAAATATGGGTAAAATATCCAGTAGCAAATAATATCTTGATTTCTAGCTGATCATTTGTAAAAGTGGCAGAAGGTAGATTTTTCTGATTAATCACGTTGAACTGCATCCCAATCATCACAAATACTGCACAAGATCTTTTGGAATCCACATAGAACCAAGATTCTCACAGAAATCAGTCAAGTTTGGTAAAGTAAAAACCATGGTTTGGGGTTACATCCAGTATGGGGGTGTGCGAGAGATCTGTGTGGAGTGGATGGCAGCATTAACAGCATGAGGTATCTTCTCATACTTCATCCTCCACATCATAGTTCCTGAAAGCAAAGAATGTAAAGGTGCTCCAGGATTGGCCAGCCCAGTCACCAGACATGAACATTATTGTGCATGTCTGGGGTAAGATGAAGGAGGGGGCATTGAAGATTTAATTAATTTATTTGAGTCATTGCAGAGATGTATGGATGCAGTTGGCCAAGCTCATGGGAGTCATACACAGTATTAATTATGTTTCCACTGCACCATGACTTTATATTCTATACTGTAAATTATTTCTGTTAAGTAACAAGACTTTTGTCTATGTAAAGTCAAACCGTACTATCTTAATTTAATAATTAAAAATCAAGGCATGATCATATTTTATTT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Seq C2 exon
ATATGGGAAGATCGTGTCCACCAAAGCCATTCTTGACAAGACTACAAACAAATGCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000074023:ENSDART00000064860:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.623 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0007617=RRM_1=PU(29.9=32.8)
A:
NA
C2:
PF0007617=RRM_1=FE(29.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]