GgaINT0046214 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011132 | RBMS1
Description
RNA-binding motif, single-stranded-interacting protein 1 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_990355]
Coordinates
chr7:21202457-21228367:+
Coord C1 exon
chr7:21202457-21202632
Coord A exon
chr7:21202633-21228308
Coord C2 exon
chr7:21228309-21228367
Length
25676 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACCGTAAGT
5' ss Score
10.43
3' ss Seq
ATATGTATAATACTTTCTAGGTA
3' ss Score
6.85
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGTCCATTGTACCAGCCCACCCAATGGCTCCTCCTAGTCCCAGCACCACCAGCAGTAATAACAACAGTAGTAGCAGCAGCAACTCAGGATGGGATCAATTAAGTAAAACAAACCTTTACATCAGAGCACTGCCTCCAAACACCACTGATCAGGACCTGGTAAAATTATGCCAACC
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTATGGGAAAATTGTATCCACAAAGGCTATTTTGGATAAGACAACAAACAAGTGCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011132:ENSGALT00000018146:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.613 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0007617=RRM_1=PU(29.9=39.2)
A:
NA
C2:
PF0007617=RRM_1=FE(29.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]