HsaINT0138658 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000153250 | RBMS1
Description
RNA binding motif, single stranded interacting protein 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:9907]
Coordinates
chr2:161174680-161223902:-
Coord C1 exon
chr2:161223727-161223902
Coord A exon
chr2:161174739-161223726
Coord C2 exon
chr2:161174680-161174738
Length
48988 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACCGTAAGT
5' ss Score
10.43
3' ss Seq
TTTTTTTTTTTTTTTTTTAGATA
3' ss Score
12.17
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGTCTCTGGTCCCAGCCCACCCCATGGCCCCTCCCAGTCCCAGCACCACCAGCAGTAATAACAACAGTAGCAGCAGTAGCAACTCAGGATGGGATCAGCTCAGCAAAACGAACCTCTATATCCGAGGACTGCCTCCCCACACCACCGACCAGGACCTGGTGAAGCTCTGTCAACC
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
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Protein Impact
No protein impact description available
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Features
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Main Inclusion Isoform:
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Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)