BtaINT0123454 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000005180 | RBMS1
Description
Bos taurus RNA binding motif, single stranded interacting protein 1 (RBMS1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001035361]
Coordinates
chr2:36083386-36137173:+
Coord C1 exon
chr2:36083386-36083561
Coord A exon
chr2:36083562-36137114
Coord C2 exon
chr2:36137115-36137173
Length
53553 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCCGTAAGT
5' ss Score
10.11
3' ss Seq
CTCGTTTTTTCTTTTTTTAGATA
3' ss Score
10.8
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGTCTCTGGTCCCAGCCCATCCTATGGCCCCTCCCAGCCCCAGCACCACCAGCAGTAATAACAACAGCAGTAGCAGTAGCAACTCAGGATGGGATCAGCTGAGCAAAACGAACCTCTATATCCGGGGACTGCCTCCCAACACCACAGACCAGGACCTGGTGAAGCTGTGTCAGCC
Seq A exon
GTAAGTAGAGGTTCTTGTTTTTAGCTCCTCAATACCTCCTTGATCATATTACTGAGTGATATAAATTGTGTTTTAAGAGAGGTTTAGTACAAATCTGTGACTCCTCATTATGGTCACAGTTGACAGGGTTTCTAAGTTTTGAGTCCTTGGACACTTTCTCAGTCAGCATTAACATCAACAGGGTGCCTATATAACAAAATAAATTGGAGCATTTTCTCAGTAGAATTTGCCTTTGTTGGCACATGAGAAGGAGAATATGAATTATGTAAAAACACGGCTGGTTCCTTTTGAGGAGTGCTTTTGTTTTTGTGGAAGCTCGTCTGGGGGCCAATAGGTCTCATCCTTAAGAGAAACTTCCGTTGTTACTGTTTGTCAGAAAGGTAGTTCCCATCTAACCTAACTCTAAATGTGTATAAACTTCCTTCCAGTGGGGCAGCGGCGATCTGCCTTCACTCACACCTGTAGTTTTGTGGTTCGAGTTGCTCACCCTCGGCTCTGAACGTTCTTATTCCTCAGGTTCCTATTCCTCTTCTTGCTGCCACCCTTGTTGTGTCCTGGGAAGAGATGTACACGTGTGTATCACTCTGTTCCAAAGGAAACGTGCATTCTATGCTAATGCTGTCGAGGAAAGGAATAGAAGTACGCTACTTGGCTGCAGTTGCATTAACTCACTAAGTAAGAAAGCCCTAATTTAAACCAAGGAGCCAGAAGCCCTGTACATTGGAAGGATCACTGTGTAAAGACTAAAATCCGCTAATCACTTTAAGCTAGAAAATCCTACACATGCAGCAGCATCTTTTATTTACCCAAAGACGATCGTGGTCCTTCACAAATGGAATTTTATGTAACTGTGGAAAAGGATATCCACTAAAGAATGTTTCCTGTTCCCTGAAAAGTATTTCCATTTCTAAACATTTGATTAACAGCATCTGATTTCCGTTACCCTGGGTAAAATATAAATTTATTACTTCTTGCTTTAAGAAAAAAAAAAAAAATCTTAAAACTTACTTGGGCAGCGTTTCCAAACCGGAACTAAAAGTAACATCTGGCTTTCCATCAAGAGTGGTGGTTTTGCTCTGTGGTGTTTCTAGACAAGGTGTGGGACGGTGAGAGATGACCTGTCAGGATCCAGAGAGCCTTTTGACGGCCGTCGCCCTCAGCACCCTCCCTGGGCCTTTCCCATGTTACTGTTCTCATCAGCTCCTTTGGACTTGGACTGCAGCCTTTGCTTCCAGGGCAGTGAAATAATGTCCTGTGCTCAGGATGACTTTGAAAGCAAGTCCAGCTCTTGGGGTTTGTCCTGCTGACCAGAGTCAGAAGGAACTCTGCCAGGCGCGCCCTGCCCTTTTGCAGCTGTTCAAGACCACAAATAGGCCTTTTGCTATCTTGTCTGCTGCTGGCCTTTACCAGCATCTTCCTATGATTTTGCAGCATAATTACAGGTAGATAGAGCACCATAAGGAGAAGGCGATGGCACCCCACTCCAGTACTTTTGCCTGGAAAATCCCATGGATGGAGGAACCTAGTGGGCTGCAGTCCATGGGATCGCAGAGTCGGACACGACTGAGCGACTTCACTTTCACTTTTCACTTTCATGCATTGGAGAAGGAGATGGCAGCCCACTCCAATGTTCTTGCCTGGAGAATCCCAGGGACGGGGGAGCCTCGTGGGCTGCCGTCTATGCGATCGCACAGAGTCGGACACGACTGAAGCGACTTAGCAGCAGCAGAGCACCATAAGGTCTAAGGAGCTAAAAATACAACTTCATAGGGAACAGTAGAATGAAGATAAGCCTCACATGTTTGAGGTCTAAGAGAAGGGGGAAAGATTTCAGAAGACAAATTTTTCCTTCAGCTAGTTTGGAAGCACGTAAGGTGAGTTTTAACACAAAGAAGATAGAATTGAACAGCCATAATAGAGTAATACCATGTTTTATGTACAGTAAATCTGTATTCAAAAAATTAAACTGGAAGTTTTTTGGTTGTTTTTTTTTTTGTTTTTTTAACTGAGTTAAATCATGTCCCAGATGCAGCAGAAGAGCATTTGATCATCTGTCCTAGATAATTCATCCTCTTTGACGAATGTGGATTTTCTCAGCATGTGTACACATCAGTCTCTTTGCTGTTATTGATAGCAGCAATAACAGTTTGCCACTTACTTTCTCCTATCATTTGCAAAACCCCAAGTTTGATAGTTAGCTCCAGTGATAGTTTTCTTTATGTATTATACAGAGGCAAGACACACAGTAATAGAGAAGTCTTATGTCAATATCTGTTGAGAGCTTCATTCCATTTAACACAGAGCATCTAATAAGTACCAGATTTGTCTTGTTGACAATTTTGTGTCTCAGAATGTAGAGAGAGAGCAAAAAAGGGCATTCCTGTTCTGGAGTTGATTGTTTCCAATAAAGAATAGCTAGTTGGCGACATGGAAGTGACAAGAACTCTTATGGGAAAGTGACTCATCCTAGAGCTTAAAAAACCCAGTGGATGTAATTAGAGAGTTTTTAGAAAAGTTTCAGGAGCTTCTCAGAAAAGATAGATAGCTATCTTTTAGCTACCTATCTCATAGCTCATTTTGAGATACAAGATATGAGCTATAAGATATCTCATAGCTCTTTTAGCTACCTGTCTCATAGCTACATTATCTCATAGCTCTAAAAAAGAAAAAATAAGAAATAAAAATTTAGCACTGAAATTTACAAATTGACCTGATGAGCTGAATTGTAGGAGGGGCAACAATAGAAACAAATAATTTGAATCTCTAGAGGACTTGTACGTTTTAGAGGATTATCTAACAGATAAATGAAAAAGATGCCTAAGAACATTTGTAATAGGGACTCAATAATGTACAAACAATGCATGGAACCTAAAGGCAAGAATGACATGAGGGTTGTGAAAACCAGAGAGAGAAACCAAAAGTATTTTTTAAATGCTGTGTTTGAAGTAGAATATACAGATGCTATAATGTTAGAAAAAATGATGGTGAAAAAGTAGATGTCAACACAAAGATGACAGTGGAAAAGCAGCCTCTTTCCAAGTTACAGAGGGACTCAGGACAACGTAAAGAGAAGGTCTGCATGGCTAAGAGGAAGGGGGCTCATGCTGGAGGGCCACCAGTTTAGGTTCCTTGAAGGAGACTGGCCTCAAGGACCAGGCAGGGATGTGACAGTGGTGATGGTGGTCAGGTGACTCGGAGTAAGAGTAGGTCCATTTTCTAAGAGCATTTGATGAAGGCAGCTCAGCAGCCCTAGCTGACAGCATATCATCTTCATGACTTTCTTACCTACAGTATAAAATCATGGTAGTCGAGGTGGCAAATTTTTGGTACCCCAGAGTCCCTACTACAGTGCTAACTAAGCAAGTACCTCATTCTGTCAGTAGCCTGTATAATGGGTCAAATGATGCTTATATCATATGAGGTGGTGATTAGAACTAGATCGAGTAATATAAGCAAAGGAACTGGTCCACATTCTAGGACCATCAAAACTCATTTGTAATTGAACAAATATTTGTCTCCCCATGACAGAGCCTTTGCTCCTCACAATCCCAACTGCTGGAATACATTTTAATTACATATAGTTCTACATCTTAAAGTAAGAAGAAAATACCAGATTCTGATCCTGAAGGCTGAGAAAGCCAGGGCATTTGAGAAAATGCCCATAGGCTGCATTGACAAAAACCACCAGCCTTCTCTCCCTGGAGCTTTTTGGGGGAGCCGGGGGAGGGGAAAGTAAACACTAAACACTAGTTTCATTCTCTGCCACTCATCGGTGATTTATTCCTTGTCATAATGATGTGAAGTCCTTTATTGTGTCCAAACTATTTTTTTCTGAAGATTTAGAAACAATATTTGGTACAAGGTTTGGTACATAGTTCTTCCTGGTTTGCAGTGGGGGCAGATATGTGGGTCTCTGTTGGCTGAGGCTAGACATTACTGTGGTATTGACATCACATGGAAGGGTCTGCATAACTCAGTGTATCAACAGCTTCATGGAGGTAGTGGTTTAGTTGCTGAGTCGTGTCTGACTCTTGTGACCCCACGGGCTATAGCCCACCAGGCTTCTTTGTCTATGGGATTTCCCAGGCTACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAGGGAATTTTCCTGACCCAGGGATTGAACCGAGGTCTCCTGCACTGCAGGCAGATTCTTTACCAGCTGAGCCAAAGGAAAAACAGTGTACTGGTATTAAAACAAAATGAGATGTTTCTACTCTTCCTACCTTCTATAACCTTGCTCTCATTCCCAAACCAGTCCTTGGTCAACCAGTTGTGTTTTTTTCCCCCCTTTCATTCAACAGATATCTAATTCATTTCACAGTGAAATAAAGCATGATTTTTATATAAATGGGAAATTAAATTTAGCTTATAACATTATAGTCTAGTACTAATTAAAAGGAAATATTTTTGAAGTGTGATTCCCTGGTTGTAATACCCAGTATATTTTCATTTCCTAGCCCTTTGTTTTCTCTTCTCTGCAAATTTTCCTTATTCTTTTGAATACAATACAACTCTTAAAAAGGCAAAGCGGAAAAAGCAGGACACATCAACAGAGGCAGACATAAACAGCCAGCCCTAATTTGAGACAGAATAAAGTAAATGTTATAATCAGTGCAGTGTTCTGGGAGGAGTCAGAAGATGGTTTCATTAACCCCAGTGCCAGGGAATTGGGGTTGCTTCCAGGGAGGAGATGATGCTAAACCAGAAAGAAGGAAGATTTCATGCAGGATGGAAATAATAGTGTCCTCCAGGCCTCTGAGAGGACCCAGGAGATGTGAGCATGCTTGGATGTTGAAGAAAGCACAAAGAGCACTTCTTGGTGCATAACTGTCATGTGGCAGTTGTTTGTTACCAGGGCTTCTGGTGTCCGGAGTGGGGAGAGTGGGTGTAGAGCAAAGAGAAGCAGGTTGGTAGCATATTGTTAGCACTGAATAATAAGCTAAAACTTTTGGAGTTTATTCTTTAGTTACAGAGGAG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Vast-tools module Information
Secondary ID
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Other Inclusion Isoforms:
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Other Skipping Isoforms:
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Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]