HsaINT1028994 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000153250 | RBMS1
Description
RNA binding motif single stranded interacting protein 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9907]
Coordinates
chr2:160318169-160367391:-
Coord C1 exon
chr2:160367216-160367391
Coord A exon
chr2:160318228-160367215
Coord C2 exon
chr2:160318169-160318227
Length
48988 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACCGTAAGT
5' ss Score
10.43
3' ss Seq
TTTTTTTTTTTTTTTTTTAGATA
3' ss Score
12.17
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGTCTCTGGTCCCAGCCCACCCCATGGCCCCTCCCAGTCCCAGCACCACCAGCAGTAATAACAACAGTAGCAGCAGTAGCAACTCAGGATGGGATCAGCTCAGCAAAACGAACCTCTATATCCGAGGACTGCCTCCCCACACCACCGACCAGGACCTGGTGAAGCTCTGTCAACC
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
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C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains