RnoINT0125312 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000008482 | Rbms1
Description
RNA binding motif, single stranded interacting protein 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1307777]
Coordinates
chr3:46847368-46895114:-
Coord C1 exon
chr3:46894939-46895114
Coord A exon
chr3:46847427-46894938
Coord C2 exon
chr3:46847368-46847426
Length
47512 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACCGTGAGT
5' ss Score
9.4
3' ss Seq
TCTCTTCCCTTTTGTTTTAGATA
3' ss Score
12.13
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGTCTCTGGTCCCAGCGCACCCCATGGCCCCTCCCAGTCCCAGCACCACCAGCAGTAATAACAACAGTAGCAGCAGTAGCAACTCAGGATGGGATCAGCTGAGTAAGACGAACCTCTACATCCGAGGCCTGCCCCCCAACACCACTGATCAAGACCTGGTGAAGCTCTGTCAACC
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
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Features
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Main Inclusion Isoform:
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Other Inclusion Isoforms:
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Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]