GgaINT0046214 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011132 | O73664_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr7:23291031-23316941:+
Coord C1 exon
chr7:23291031-23291206
Coord A exon
chr7:23291207-23316882
Coord C2 exon
chr7:23316883-23316941
Length
25676 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACCGTAAGT
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10.43
3' ss Seq
ATATGTATAATACTTTCTAGGTA
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTATGGGAAAATTGTATCCACAAAGGCTATTTTGGATAAGACAACAAACAAGTGCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011132:ENSGALT00000033119:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0007617=RRM_1=PU(29.9=39.2)
A:
NA
C2:
PF0007617=RRM_1=FE(29.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]