DreINT0125507 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000056150 | rbms2b
Description
RNA binding motif, single stranded interacting protein 2b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040801-51]
Coordinates
chr23:25816068-25819050:+
Coord C1 exon
chr23:25816068-25816126
Coord A exon
chr23:25816127-25818958
Coord C2 exon
chr23:25818959-25819050
Length
2832 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
TGTGTGTGTGTGTGTGTCAGGCT
3' ss Score
8.54
Exon sequences
Seq C1 exon
CTATGGAAAAATAGTGTCAACTAAGGCCATACTTGACAAGACCACCAACAAGTGTAAAG
Seq A exon
GTAAGATGTGCTGAATTTATTTATCTTTAAAGGAATACATTGTAAAAAGGTGGTAACATGCAATTCATACCTTAGTTTAGGGCTGCACAATATATCTTTTCAGGAATGTGCATATCTTTAATAGTCACATTGCAGGATCTTCAATGTCAAAAGGATTATTGTTGTCACTTGTAGATTACTGGCAAATTTGGGTAAAGTCTAGATCGGATTTGCGGTCGGCCGGAAGTGCGATATGCACATTTATATAGCTGCATTTTTTTATGACACTGTATAACAAAAATAATATTTTACAGTAATGTGACGGTTGGATTTAGGGTTGGGGTGGGAGAAGGCGTTAAAAAATACAATTTATTGGGTAATTTAATAGATAACATAAATAATACTCGGTACAACTACTGTTTTTATGCTACTGTGAGGGTTAGGTGTTGTGGTGGGGGTAGACGTTAATAAAATACAATAAATGGGAAATTTAATAAACAATAGAAATAATTCTTATTAACTTCTGGCCGCAAACATATCTGATCAAGCAACAACCACAAACCATTGTGGATTTAAGTTTATATTTCACAATTGTTTTTGTTTTGTTTTTTCTGTCAAACAAATCAAGTGGGTTTAATGCATTCAGGCACTAGAAACAATCGCATTTGTAGCTTTAAGATTAATTAAATATTTTTTTTTTATAGCAAAGACTGCCATTTTACATTAGATGTTTAAATATTTGTGTCAAACTGCCAGACTTAACTGACAAATATAAAGCACTTTTTTCCTCTTACTTGTATGCCTTCCCCACAAATAGAGTTCTTCACAAATACAGTTATTCAGTACATATGGTAAAATATATTTCATATTGCGATGTATATAGCAAAAGCATAAAAATTACAATGTAGGGTTGCCACTTTAACTTTAAAAACGTCCACTTCCCCGCTAACATTTAAACACTGTTGAGCATATCCTTAAACACCACTGATTTACCACTTGTGATAACATGCTCAACAGAAATGACTGTGATTGGCTGTGAAGTTCATCAGTTTGCCGAACTCACTCAAATTACAATATCAATTGGTATCGAATTCCAGTATCGGGACAACCCTATTGCAATCTAATTTTTTTTATATCGTGCAGAACTAGAGGACAGTTTTTGAAACCATTTTTAGGCCATACAAATAATTTTGTTTGTATGAATTAAATGAAGTTGATTTAGAGACATAAATGTTGTTTTTATTTGCATGAAACAAAATAAAACTGATTAAATTCTGAGAATTATGAATTCCAGCATTTGAGATAAAAAGGAAACGTATCAGAATTAAGACAAACTCAAAATTCTTATTATTATTTCTTATTCTTATATATTCTTATTCTTATTAACTTGGATTTGCAATCTTATAGTTCTGCTTTCATCCTTCAGAATTGCAGCTTTACTTATTGCAATGCAGGTTTATAGCTTTCTTGCCATTCATACAAAACTAAGTTTATATCTGTGCATTCAGATTTGTTTCACAAGTCTATGTCTCAAAATTCTGAGTGAAAAAAAGTAACATTTCGAAGCATAAACTTCCAATTCTTTGGAAGTTGTATTAGTCTTAATTTGATGTATTCATGTTGGAATATGGATCTTCTAACTAGTTTATATGTTATCTTTTTTGTGTAGTTCTCTTCAAAATAAAAAAGGTCTCAATTTGTTTAAACCTGTACGACATTCTTTCACTGAAAAATACATAACAAGCTGTTCTATTTCTTAATATAAGAGCTGGCAACCTCCAAAAATGCTTTTAAAAAGCCACATAAGTGTTCCATATGACTTGGGCCAGACAGAATCTGCTGACATTTTTTGCTATTTTTGCACAGAATTTTGTAAAAAAAAAAAAAATAAATTTGCAGACTTATGTGGAATAATTTTGGAACTATCATAGCTAAAAATTAAATAAAATATGAAATACAATTAAAAAAATTGTTATACCTTTATTTAGTGTAAATCTTATTAGATCCACTTATTTGGTAAACAAAGCAAGTCGCTTATAATATCTCTACTAAAAACCATAAAATGTTACTTTACATACTGTAGTGTAATTAAATCATATTAACACTTTCATATGAGTCAGTAATGTAACTGAAATTAATTTAAAAACTGATTAAAAATAAATTTGCACGTGTTTACACAAGTAAAGAAATTGGCTCAACAATGGGCTTAAATTCTGCACATGCAGATTCGGTGTGATCCTACATATGACCAAGTTACTGACAATAGCTTAAACAAGAAACAAACTGAGATATTGGTCATCATTAGCACAAAATCCAGGTCGCTATTCACTTACATTGGAATCAGCCTGAAAAATCTTTTGTGTGTGTGTATGTGTTCCACGCATAAAAAAGCTCAAACAAAAAAACATATTTAAAAACAAATTAAATTACTTTTCGTTTTTTTAGGTAAACTTCAGCTTGTGAGCGTGCTTTAAATATACATCATCTACGGTATTTTATCTCTAGCAAATGTGTGCTGATGTAACAGCAATGAGATTGGTATTGCATAACCCTGCATCTGTCAAGTGGACCAACGCTATTACATTCATGTGTTAGTGCATCTGTGCATGTGTGTGTGTGTGTGTCTATCTGTGTGTGTGCACGACTGTATAGTTAAATTGGTATGATAGCTCCTTTCTCGTGTGGTACAGAGAGATTACCAGTGTGAGCTAAGGTGCAGAGGAGTGATAGGGAACGCTATTGGCTTAACAACTAAACTCTAAGCAGTGATCACTGATCCCCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCAG
Seq C2 exon
GCTATGGCTTTGTGGATTTCGACAGCCCGGCCTCTGCACAGAAAGCAGTGACAGCGCTAAAGGCCAGTGGAGTTCAGGCTCAGATGGCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000056150:ENSDART00000060059:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.290
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0007617=RRM_1=FE(29.9=100)
A:
NA
C2:
PF0007617=RRM_1=PD(38.8=83.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]