DreINT0126451 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000071213 | rgl3a
Description
ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 3a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-101130-1]
Coordinates
chr6:7996580-8006522:-
Coord C1 exon
chr6:8006329-8006522
Coord A exon
chr6:7996870-8006328
Coord C2 exon
chr6:7996580-7996869
Length
9459 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTCAGA
5' ss Score
5.24
3' ss Seq
CCTCTGATCTGTTTGTTCAGGAC
3' ss Score
8.83
Exon sequences
Seq C1 exon
TCATCGTGTGTTTGGGCTGGAGGAGGATGCGGTCTTGTCTGCTGGTGTCTGGAGGAGAGAAGGGTCTGCGGGCGCGACTGGGGCGAATGCGGCAGCTGCTATGCCAGACGGATCATGTGGAGATTCAGGTGGACGAGGAGCCCGGCGTTTGGCTTAGAAGCTTCCATCTGCTGGATCTGCAGGAACACACTGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000071213:ENSDART00000151358:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.124
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0061815=RasGEF_N=PU(49.0=48.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
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Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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F:
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R:
No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]