DreINT0129559 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000033987 | rsrc1
Description
arginine/serine-rich coiled-coil 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2374]
Coordinates
chr15:2439303-2451863:+
Coord C1 exon
chr15:2439303-2439413
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr15:2450195-2451863
Length
10781 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGA
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5.55
3' ss Seq
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3' ss Score
13.79
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CTGTTTGTGGATAAAGAGGAGGCTGAGAGGTTGTGGTTGAACAGACTGATCTCTCTACGTCAGGAGAGGCTCATGGGTAGTCCCGTATCCTGACCACAACTGTCAGACGGATGAAGATGCGGATTTCGCGTTTGCTTTTTGTAATTTTGATCTCAATAAAGGTGCGACTGCTCCACCTGCTGGTGTCTATGGGAAGGTGAAGCTTATTGGGCACACTGTAAAGACTATGCGAGATTCTCAAGTGTTTTCTGTTTATTTCCGGTTGTGAAATGCATTATGGGATGTTGATCTCTGCTCTGTCCACTTTTGATGTTGAAAATTCAAGTGACTTTTATTGACATTTTAGTTGTTTGGAATAACAATTTATAAGAAATATTACCTAGAGAAATAAGTCTGTACAATAACAGAAAGTGTGCTGCAGCTTATTACAAGGTTTTGTAGTGTAATATACAACACCAACCCAGAGAATGTCGCTCTGCACACTATTAAACATGTTCATTAAAGTCACGACTTCCAACTTTTCAACGTCAAAAGCCTCACAATGAATTCAAAAACATAAATAAATGGAAAAAACACGAATAACAACCCTGCTGAAAAATCCAGCTTAAACCAGCCTAGGCTGGTTTAAGCTGTTTTTTTAGTAGGGAAAATACAGAAGACTGTCCATATAGAGATACTTGTGCAGTGGACTGTGTAAGGATAAAGTTTTTAGAATTTAACTACAATATTTTTATCTATTTGTTCTTCCATTTTTAGCGACAGCCTTCTGAACTGTTAGAAATCTCTGTAAATTGGCAGTGTTTTTTTGTATGTTTTTGTTTTGTTGTCATGTTTTTATTTGATAGTTTCCCCATTACGGGAGCTTGATTTTTCTTCCAATCATTTTAAACCTTGAAAAGTTGTAAAATGGGACTTTTATTAACAATTGTAATAGTTTAAAGTGATATATTGTCTGGGTTGGTGTTGTATAGTCACTATAAAAACTGCCAGCACATTTACTGTTATTTAACAGATATTTCACACCACTAAAAATGTCAATAAAAGTCACTTTGTTAAACTGTAGAGTAGAATTATCAACATCAAAAGTGGACATCCTGCTGAAAAATCCAGCTTAATCCAGCCTAGGCTGGTTTTAGCTGGTCGACCAGGCTGGTTTTAGAGGGGTTTTGGCCACTTCCAGGCTGGTTTCCAGCCATTTCCAGCCTGGTCTTAGCTGGTCAGGCTGGGAGATGACCAGCTAAAATCAGCTTGACCAGCCTAGCCAGGCTGAGAGCCCAGCTAAAACCAGCTTGACCAGCCTGGTTTAAGCTGGTCAAGCTGGTTTTAGCTGGTCATCTCCCAGCCTGACCAGCTAAGACCAGGCTGGAAATGGCTGGAAACCAGCCTGGAAGTGGCCAAAACCCCTCTAAAACCAGCCTGGTCGCCCAGCTAAAACCAGCCAACCAGCCTAGGCTGGTTTAAACTGTTTTTTTTATCAGAAGGGCAGAGCAGAGATCAACATCCCATAATGCAATTCACAACCGGAAATAAATACAAAACGCTTGTAAATCGCCAAATACGGAAACTGTTGAGAGATGTTGTTTACAGTGTAGTCAACATGAACGGCTGATGTTCTTAATGTGTGTTTATTGCTTTTTTCTGTTTTAAAAAATAAACAATCTTCTTGTTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000033987:ENSDART00000147710:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.270 A=NA C2=0.067
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]