DreINT0138321 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000092881 | si:ch211-223c9.2
Description
si:ch211-223c9.2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050208-365]
Coordinates
chr22:29742705-29751522:-
Coord C1 exon
chr22:29751401-29751522
Coord A exon
chr22:29743126-29751400
Coord C2 exon
chr22:29742705-29743125
Length
8275 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTCAAA
5' ss Score
2.44
3' ss Seq
TTTTTGTTGTTTTTTTGTAGAAG
3' ss Score
8.95
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTGGAGTTCATCGTGCCGAGGACGGGGTTTTATTGTAACCTTTGTGGCTTGTTTTACACCAGCGAACAAACTGCCAAGACGTCGCACTGCCGGAGTACAATTCACTACAGGAACCTACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AAGTATCTGTCACAGCTGGCGGAAGAAAGTTTCTTGAACTTCCACGCGGAGTCGCCAAACACTGAATAAAGCTCACGTGAGACACACAATAGGACTGCTGGACGCACTAAATGAGACACATCCATTCAGTGAAACAGAGACGCTGCAGAAAATAAAGAAGGTAGACAAAGACAACTGGAGCTAATGGAACATTTGTGTGCTGGAATGTGTTCATTCAACAGTGTAAATTACAAAAAAAGTGAAAGTGAAGTGTTAAATAGTTTTTTTCTATACAATGTAAGTGAATGGGGATTGTGGCTCAAATTTAAGAAGAGTGCAATGAAAAATAAGTGCAGATATTAGTGGCTAATTCATTTGGATTTGTACAATGTTTCAAATATTGTGCTGCCTTAAGTTTTTTTATTGAATCAAGTTAAGTTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000092881:ENSDART00000125017:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]