DreINT0139665 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000077596 | si:ch211-269m17.1
Description
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Seq C2 exon
GATAATGTGAACCTGCTGCTCACCGAAGAAGAGATGTACAGTCTGATGGAAACCTTCAAGCAGTGCAAGATCATTCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000077596:ENSDART00000145936:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.048 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0013017=C1_1=PD(93.0=64.5),PF144461=Prok-RING_1=WD(100=80.6),PF0062824=PHD=PU(93.3=90.3)
A:
NA
C2:
PF0062824=PHD=PD(3.3=7.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]