DreINT0149973 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000005690 | slc25a23a
Description
solute carrier family 25 (mitochondrial carrier; phosphate carrier), member 23a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-121214-154]
Coordinates
chr1:54310529-54320095:-
Coord C1 exon
chr1:54319467-54320095
Coord A exon
chr1:54310656-54319466
Coord C2 exon
chr1:54310529-54310655
Length
8811 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTACAG
5' ss Score
6.62
3' ss Seq
TGTGTATGCCCTATATTCAGCAG
3' ss Score
4.21
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGGCAGGAGCTCGCCCCTCCTGCCGGTGTAATCTGAAGCCGCTGTTGTATCGGCAGCTCTACGTTTGAAGCGCGTTCATCATGTTCTGACGCATTAAAGCAGCGCGCGATTTTCTCCTCGTCTCCAAATGTCACGGTACGAATGGACAGCAAACGGCGGCACGCGCGTGGATTTCCTGGAAGTACCGCATTATTATTCGTGATTGCGAAAGCTTCCTGGTTCCCGTAGTAGCGATACACAGCTGTTTGACGCCGTCTGCCAAACGCGACTGTCAGGACGCAACTCTCAGAACGCGACTCTCAGAACGCGACTCTGAGGACGCGACGCGAGGGGTTTTATATTTCGCCTTTTTCTGGACGCATTCGGAAGTCTTTTCCGCCGGAGCCGATGTGTATACGAGGGTGACCGCGCGTGGATCTCATCATGTGGCCGCGGGGATGGACCCAGGCGCGCTGTCAGGACAGCGGGGTGGACCAAGACCGCGAGCAGCTCTGGGCCGAACTCTTCCAGCAGCTGGACCTCAATAAAGACGGCCGGGTGGATGTCAACGAGCTGCGGATCGGACTCGCAGCCCGCGGGCTATCCTGGAGCTCGGTGGAGGAG
Seq A exon
GTACAGAAACCAGCACATGCCGACATAACACGAGGGTATTTATAGACTGAGCGTTAATAAGCAGGTTTACGACTCAAAGTCAGATTTGGAGATAATAATAATAACCTGCTGCATCTCTTGGTCACGTGATCATATCTAAACACTGAAAGCGAAAATGCTGCAGTACGCGATACAATCGCAGCCAATCGGTTTGTTTTTGATGTTTAATATTAAAGTGAGCAGACCAATGAGATTTCGTAGGGGGCGTGGTTATCTAGAGCAGGTCTGAACGCTGTGTCCGCGTCCTACTGTACAGAATGTACTCTAGCCATTTTATATGTAAAGGGTTAATTAAAGGGATAGTTCACACTTAATTAAAAATATGTAATTTAATTATCTTGCTATTCAAGCAGCTCAAATAGTAGAGCAAGACTTTTGCTATGCAAAGGTTTTGTTTTAAATCTCAAATCTCCATATGCAAATTAATAATATATAAAGGGATAGTTCACCCACAAATGAATACTGTGCCATTATTTGCTCATTCTCAGCTTATTTCAAACCTGTTTGAGTTTCTTTCTTCTGTTGAACACAAAGGAAGATATGCTGAAGAATGCTGGGAAAACATCCGTTGACTTCCTAGTGTCTTTTGCTTGTACCATGTCAATGGCTGCTTTTTAAACATTCTTCAGAATATCTTTCTTTGTTCAACAAAAGAAAGAAACTTACATGTCCCTTTCACTTTTTTTAGATGCTATAATTTCCCCTTGAGAGTCGAAAAAAGTTATTTTTCAACTCCCGATGACGCAAAATTAAGTTCGACGTCACGTCACTCGTAAATATAGACTCGTAAATATAGGCTAAACTTTCTATTTGAACACTGAATAAAAACAAACTTACATTAGGCTACAGAGGCACAATTCACCATAGATTGTGGTGAATGACAATGTAGGCTAGTTCGGGTTTAAATAGGTTTATTCAAAAGGCATTTGTATATATTTCTGTTTTCGTCTGGTCAACTGCAGCGTCCAGTCTCTCGTTCGCAGGGCTATAACAAACAAGATATAAACTATACACCAAGAAGAGGGGCTGCATACAAATAGGCCTAATTACAACCACTTGAGTTTGAGCAAATGATGAGGAAATCCTTTATGTGAACTAACTATCCCCTTAATCTGTTCCTGTGATTACATACCGCTTTATTAGCTGGAAAAAAATATGTGTCGGAAATGGTGTTTGCACTAAAAATTATGAAAATAAACATACATTATATGCAAATGAATACCATTTGTCAAAATTAGGAAGCTGAACAGAGTTTACAGCTTTAAATTCAACAGTTTATATACGCTACAGCTAAAACAGATGATTAAATCTCAGCTCAGATGACTAAAATAAAGTGAATAGGCTGCAATGTATAAAATATTACATAATTTACAGGAAATATATCATCTCAGTTGGAATAATATCCCAAAATAAATTAATTTGAAAGCAAAAAAGCCCTAAATGACCTGTGGTTTATCTGCGTGTAGCATTAAACACAATAATACTCTCTAAAACACAATAATAAAGTCTATATTTTATATCTGAGTGCATAGTGACCAACCAACAATATTCCCTCCTGATGTTCATCTCAGATTAGACAGATGTGCCGGAGCCATTAGAAAGTATAATAACAACCCATTGTGAAGCTGCTTACCAACAAATACTCAACCAACTCAAACTCTTAGTGCTCTATTTTGACGCTTTGCGCCAAGGCGCATGGGCTAAAAGGGTTGAGTTTATTTTCTTAATGAGTTATAGGTGTGTTTTGAGAATAAACCAATTAGAGTCTCATCTCCCATTCCCTTTAAGAGCCAGCGGCAAGAGCGCATTCGCTATTTACAGGACGCAAAGTAAGTTTAAGTGGAAAAAAATGAGCATTTCACAAGCAAACAGTTTTTTTTACAGAAAACTGTTAAACAGAGCATCTACTGCGTGAGAATGAGAGATAATGGATCACTTTCACTTTCGCTCTTGGATAGGGAAACCTTTACGCACAGACATCAATTAGCCTATAAATATTTAATTTTGTTTGTTAAGCGCAAAGATTTGTTTCAAAGCCATTTCTAAATTCAGTTCTAATTTCCAGCAAACTAATAAATGAACAATAATGACCAAGTGTGGTCAAAATACTGAGTTATATCCTAAAACACATGCTGTGCCCCATATGGTCTAAAACCTGACAGGTGGGCAAATCTAAGCTTGTTTTTAATCAAACAAATATAAATATGGATATAATAAATAATACTGCTAATAATAATAACATTATACAAAAGCAAATTGTTATGAATGAACTGAAAAAGCCTCCCGAGATGAAGAAGACATAAAGGCAGTGATTTTTCAGATTTATGTAGGCTAGAAAATAATATGTTTTGTAATATTTTAATCCTTTATATTTATATCCTATATCTATTCTTATTATATCCTATTTATACCTTTAATATTAAATTTTTTTCATATGTAAAGATATTTGCCTATTGCTCTCGTGTGTGTATTAAGCAGTGCGTAAGCGAGGTGCAACTCTGCGCAGGAGTTTAGACCGGGTTTGTTTTGGTCTAATGAAAAATCTATTATAGTTTCTCAAAATAGCGATGCGCCAACGGTCCGCCTCAGAACGCCTTCCTTTTTAGACCAGAACACCTATGGGCGCACAGATGAGCGCTAATGCATTTGCTATTTAAACAGCGTAGCGCAACGCCTTAAAACCACTCTTGCGCCAAGCTGAAACTACCAAAAGACTACTGCACTGCGTCTTGCGCCACACTGCGCCGGGTGTATGATAGGGCCCTTAGTGCTTCTTAAAGCAGAAAGCATGTTTGAGGGCCTCTGTGTTGAGGTCAGGAACAGGGCAGATAAGAGTTTCGTGTTGCAGCACTAATGAACCAGTTTATGAGCTTGAGAATTAATGATCTGAAGGTCAGGAACAGAGGAAGGGCATCATGACCCACTGGCTATGAATCAGCATCACCGGGGCTTCACCTGCCTTCTTAGATAATACTGCAGAGTAGTGTGCATGTTAAGTTTAGAAGCAGTCTTGCTCATACTTTGTAGTCCAGTGATTTTTAGCACAAGTTATACGTTACTAAATAGTAGTGCACAATACTGGGAAAATAATATAATGTTAAATAATAATATTGTCGTTGAGTTTTGCTATAACAATTAGGGCTGCACAATTCTGGCTAAAATGAGAATCACAGTTTTTTTTTTGCTTCAAATTAAATTAAAATAAAGGTTATTATGATTAGGCTATTATAATTGTTAAGGCTCAAATACATGATAAAACAACAATAATAATATTAGGCCTGTGAGTAGGTCTACTGTTGGTTAAAATGCTACATTTTGTTTAGACTTTGAATGGTGGACTTGAATAGACTTTAAATCTGTTCTGGTCATTAATCCACAGTAAAGTGATTACAGAATACGACTACTCATAATTCTGAAGTTGAATTATGATGTTTGAGACATGTTCTTGTCATTTGTCATTGACAACATTATTAGACCATTTGTTTTCACTGGTAAAATAAAACATTTGTCATTATCAGACTCAACTCTTGCATTATATTCTACATTATATAGGCTAGAGTTGTTATACTGACCCCGTAAACATTTATTCTCATGCACAACAAACTGTGTTTGCTATGAAAGCAAGACCATATCAAATGCTTGTTGTAATCATAACTCTAAAATGCGATATGATCATGTAAATGATGTGCGCACTTTCGGTTTCCCTTTCACCGCCAAGTGTGGCTCATGTCATGGCTGCCGCCACTTTGAGTTCAGTTTGCAACTAACTGAATGTTATTTACAATCTTTTATAAAGCTGTTATTCACAGCTTATGCCGGTTCTGTTCACTGAAGTAGACATCATTGGTGGGCACGTGCGTCCTCTCGGTAGTAAACAAACAGCTCATGTGTGACTTCGCGGCCGCGAATACATCATTACGTTGAGACAGAAATTCGATTATTCGCCCCCCTGTTTATTTTTCCCCCCCTGATTTCTGTTTAACAGAGAGAGCAGATTTCTTCAACACGTTTCTAAACATAATAGCTTTAATGACTCATCTTTAATAACTGATTTATTGGCTCTTTGCCAAGATGACAGTAAATAATACTTGACTAGATATTTTTCAACACACTTCTATACAGCTTAAAGTGAGGGCAGTTTAGGGTAATTATAGGCAAGTTATTGTATAACGATGATTTGATCTGTAGACTATCAAAAAATATAGCTTAAAAGGGCTAATAATTTTGACCTTAAAATGGCTTTTAAAAAATTAAAAACTGCTTTTATTCTAGTTGAAATAAAAGAAATAAGACTTTCTCAAGAAGAAAAAAACTCTATCAGACATACTGTGACATTTTCCTTGCTCAGTTAAACATCATTTAGGAAATATTTAAAAAGGAAAAAAAAATTCAAAGTGGGCGAATAATTCTGACTTCAACTGTACATAATGTGACACTTTTAACACCATTTGGAGGTGTCCATGTTGCTGAGCAACGTAAAAAAAACAATGTGAAGACTTGTGCACTGTCTTTACGCTATCCTTCTGACCTAAAAACATAAAACATAGTTGGCTGAATTGTAGAAAAGCTGAATTAAGATTGTGTGTTGGGTTAAATTGAGATTGTGATATTTTTTCAATTAATTATGCAGCCCTATTATTAATATATTATATTTCTTATGATCTAATATCTCCCTACAAAAATTATAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTATAGTAATTTTTAAAGTTATGGTATGTCATAATTTTATGTTTGTTGGTTTTACCAATATATTATGAGTATTTTTTATCATTATTTTTCCGATTAATTCATTTATTGATGTATTTATTCTTTCAAATTATGTTTATTAATTTTATTATTATTATTATTATTATTACGTTTTTAATTAATTCATTTTTATA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Seq C2 exon
CAGATTGTACGAGCGGGAGACATCAATCACGACGGTCAGCTGGACTTCGAAGAGTTTACCGAGTACCTGCGCTCACATGAGAAACGCCTTAGACTCATGTTTCGCAGCCTGGACCGAAACAATGATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000005690:ENSDART00000152666:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.033 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134991=EF-hand_7=PU(65.2=71.7)
A:
NA
C2:
PF134991=EF-hand_7=PD(31.8=50.0),PF134991=EF-hand_7=PU(23.8=35.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]