DreINT0155866 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000058593 | sri
Description
sorcin [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-1356]
Coordinates
chr16:7325264-7331709:+
Coord C1 exon
chr16:7325264-7325673
Coord A exon
chr16:7325674-7331640
Coord C2 exon
chr16:7331641-7331709
Length
5967 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTAGGA
5' ss Score
4.36
3' ss Seq
CTTGATGTTCTTCTCTGCAGTAT
3' ss Score
7.84
Exon sequences
Seq C1 exon
AGACAGCAGGTGTCGCTGTATCATTGAACAGCCAATGATATATGTGTAACTGTAAACCAATGAGTTTCACACTGAAGGAAGACTAGAAATTTTCTGTTGTTGATCCTTCATTTACATTAAACCATTTTACAAATTCAGGAAGTAGATCATATTGCAGCCGTTGCTTTGCTCAACCCCAGAAGACACCCATTACGGAAGAGGGCGGAGACTAAACCCACATACTTTCTTTAGCATCAACTTGTGCGGGTTTTTGATCAGTATCTTCTGAAGAATTCGCGTTTCTCTGGGTTTTTGACAATCTCCTGGAGACCCCAACAATCAGCTTCTCCGGTTTTTGACAATCTGCTGAAAAAAATCGAGCTTATAAAATGAATTACCAAGGATATGGCGCACCTCCTGCAGCGGGCGGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
TATCCTGGTGGATTTCCTGGACAGCAGCAGGACCCTCTGTATGGATACTTCACTGCTATCGCTGGTCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000058593:ENSDART00000081477:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.071 A=NA C2=0.217
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF138331=EF-hand_8=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]