DreINT0156464 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000044655 | st14b
Description
suppression of tumorigenicity 14 (colon carcinoma) b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-061103-613]
Coordinates
chr21:25239516-25243208:-
Coord C1 exon
chr21:25242937-25243208
Coord A exon
chr21:25239653-25242936
Coord C2 exon
chr21:25239516-25239652
Length
3284 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCGGTAAGT
5' ss Score
11.37
3' ss Seq
AAGTGTTTTCCCCGCTCTAGATG
3' ss Score
7.22
Exon sequences
Seq C1 exon
ATATTCACAGGCTGACCAGTGGGAGGTCTATCTAGGCCTACACAACCAGGGCGAGACTAGTAAATCTACACAAAGAAGTGTGTTGCGCATCATTCCTCACCCTCAGTATGATCACTCGAGCTACGACAATGACATCGCTCTAATGGAGCTGGACAGTCCTGTGACTCTGAATCAGAACATCTGGCCCATCTGCTTACCTGATCCCACACATTACTTCCCAGCCGGAAAATCTGTATGGATCACTGGCTGGGGCAAGTTAAGAGAGGGAAGCG
Seq A exon
GTAAGTTGTGTAACATAAACCTTCATTACCATTTCAGTTTGAAGTTGATAAGGTTCTTTTATGTATTTGGAAGAAGTTTGACTTATTTGATACAGCATAAGTAGCCATTCAGAGTTTTTATTATTCATTTTTAATGAGATTTTTTATGTATTTTTATTTACTGATATGGTACTCATTAGCTACTGACAATATCGATAAGCTGAGACGTTCCTTTTCTAATTCAGTTTATTCTGCATTGTCAGTAGCTTATGCTATGGGTGTCATATAAAATTGCCATTTTGAAACAAACACATTAAAATGCCATGTTGCAACAACCACAAGGCTAATAAGTGAAGGAAAAATTTCAGTAGAAACTAAAACTGCAAGATGTCAAAATCAAGTTATACACTAAATACCCACATGAACACTTGAGCCCACAAGCACTGTCACATTCTGGTAAGTTGGCCTAGCATAAACCAATACAGCCAGGAGGCTGTGGCAGCCAAACGGAGATGAGCCAATATAAACAAATCAAGCATAAATCAAGCATGGTCTATGAACAGGCTTACAAAATAAAAGAGCTGGCATTGCTGACGCTGGAAAATGCAATACAACAGTATGTAATACAGGGCTCCCTACACTATGGCAGGTTAAGCTCTTACCTGCATCAACACACCATTCTAGAAGTTTTTAATATGCCATAAATACAGTGACTATGTTTACATGGACATTCATTCAATCATTCATTCATTTTCTTGTCGGCTTAGTCCCTTTGTTAATCCGGGGTCGCCACAGCGGAATGAACCGCCAACTAATCCAGCATATTTTTACGTAGCGAATGCCCTTCCAGCCGCAACCCATCTCCGAGAATCATCCACACACACATTCACACACACTCATACACTACGGACAATTTAGCCTACCCAATTCACCTGTACCACATATCTTTGGACTGTGGGGGAAACCAGAGCACCCGGAGGAAACTCATGTGAACGCAGGGAGAACATGTAAGCTCCAGACAGAAACGCCAACTAAGCCGAGGATCGACCCAGCGACCTTCTTGCTGTGAGGCGACAGCACTACCTACTGCGCCACTGCGCCACCTTTTACATGGACATCAGTAATCTAATTATTTGCTTTAATCTAATTAAGAGAATAATAAGACTAAAGTGTTAACATAAGTTGCTTTTTGAATGTTACTTTCATGATTGCGTTTTACATGTTATAGCATGTAATTCGATTAACATAATTGCGTCACCTCGCTATCCGCATTTTCTCCAGAGTTTCATGTGATTTCGGGTGTTTAATTTTTAAAGTGTCGACTTTAACTGCAGTTTGGCACTTCCACTTTCATTCACAAATATTTCATGCATGCCCCCGTTACAAACGAGATATTGGATGCAGCTATGAACTGCTGGAAGAGTGCTGTTTTACTGGAAGTTTTTACCGCATGCTGAATGGAAGAAAAAAAACTTCCGCTTTTCACAATCAGTGTTGCCAATTATTTCCAATGAAAAGTAGCTAAAACCTGCCCGAAAAGTAGCTAAATGTTGTCAGATTTTAATTTGCATATCAGTGACGTCATAACGTTGTATCTGACAAGCGTAAGCCTGTCATGTGTCTGCTCTCTGAGGCACCACGTATTATATTATATTGAAACATTACATCCAGATGCACAATAAATAGGTTCTTATTAACATATTACTTTGCGTGATTATGTCATTATGTAATCGCAACTCAAAACTACATCTTCATGTAGTATACAAAATAATTCATGTTTTCTCAAATTGACTGGCCATCACAGCAAAAACATTATTTGAAATATGTCCATTTAGATTTGTATGAAAAATATTGTCGACTATTTGTAAAAGTAATACAAACTCTTTTTGATCATAATTTTTTTTTTTTTTTTAACACTGATAAACGTTACATTCTTTTATAAAATCACAGCTTGTGTACTTTCTCTTTTTTTAACTTATGAAATTAACACATTTGTGAAAATGACAACAATTATTGCACTATTGGAATTTATTGCTACATAAATTACCAACAATTATAGATGTTAACAAATATCATTAAATTAACAGTTATGAAAAACAATCTGAGCTCGCTATTTACTCTACTGAGTGAAGCCTTCAGCCACTGCTCTGTAAAGTCACTTTTTAGAAATTGCTTAAAGTAGCCAAATGAATGTTAAAAATTGCTAAACTTGTTGCTAGGTGCTTTTTGAAAAAAAAGTTGCTAGGGTAGAATGAAAAGGTGTCTGTGGTGTGCACTGACTCGGTAGGTGCAAAGAGTGTCAAACAGCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGTGAGTGTGAGTGTGAGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGACTATCCTGTCGCAAAATGCGGCGAAAAGTCCTACATGATGGTAATTGTACGAGTAAGGTGTTTACATGTCTACACTTCAATAATGTGTCTAAAATCGGCATACTCTACATGTCTTAATTTGATTTCCCTTTAGTTGGATTATGACCTTAATCTGATCAAATTATTCAAAAATCGCTGTTTACATGATAGACTCTTAATCAGAGTATTGTCTTAATCGCATTAATATCTAATTATTTGTGTCCATGGTGTCCACGTACTCATTGATGCTTTAGTTATTCCAGTTGCCGAATTTTTTGGTATTTATCTTCAAGAAATCACTGAAGGCAACGATATCTTGTTATTATAACTATATAATGTGACAATAAGCTCATTACTGTGTATTTACACCATGGCCTTATCTATGTAAACACACAAAAACAACATTACCATTATAGACACTGTAAAACGGTCATTCTCAGCCACTAGACTTTTCTGACTGGGTATTCGAGTGTCATCAAGTCACAGATATGAACGTGTGTTGTGGAACTACTATACAGGAGTTATTACTATGGATTATAGATGGTGAAATTTAGCTGGGGTTTTTTAATCTTTTTTATATATAAGACTGTTGTTGGAAACCCCTAAAACCAAATTATGACCCTTTTTAATGCATAATAGGGGCTCTTTATGTGTGCCCAAACTCTTAACCTGTCTTAATCTGTATTATACTGAGACATGTCCAAATAATGAGAGAAATATTTACAAACTCAGGTTTGCACTGCTTATCTTTAATCACAAATGCTGATGCAACAAGAGCTTGATATTGTTAGTAAGCTAAAAAAAAGTGTTTTCCCCGCTCTAG
Seq C2 exon
ATGCAGTGCCGTCAGTGTTGCAGAAGGCTGAGGTGCGCATTATTAACAGCACTGTGTGCAGCAAGCTGATGGATGATGGGATTACTCCTCACATGATCTGTGCAGGTGTATTGAGCGGAGGTGTTGATGCCTGCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000044655:ENSDART00000147860:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.022 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008921=Trypsin=FE(38.9=100)
A:
NA
C2:
PF0008921=Trypsin=FE(19.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]