DreINT0157730 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000021455 | strbp
Description
spermatid perinuclear RNA binding protein [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030729-18]
Coordinates
chr10:9879054-9885830:-
Coord C1 exon
chr10:9885780-9885830
Coord A exon
chr10:9879178-9885779
Coord C2 exon
chr10:9879054-9879177
Length
6602 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTACGT
5' ss Score
11.34
3' ss Seq
TCTTCTCATTTTCTCTCTAGGTT
3' ss Score
12.33
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTTCGGAGCCCCATACGGGTACAGCGCAGCGGCCGCCACTCCTGCATACG
Seq A exon
GTACGTACCCCTTCCTTCCCCTCCTCCCTAACTCCGGTCAGGGTCTAGGGTCCAAATCTGCCCCCACTTACTCCCCCATTCAGCTCTCTAATTGGGCTTTCAGACCCCAAAATCACGTCCACAAAGACTCCCGTAGAGAAACGACTCCCTGGACGATGGAACCGAACCATAACCTTTTGGTTCTTAACTGTGGTTGGAGCAAGACTTGCTGCACCTGGCCTGAGTGTGACTTTGCTCGTCTAGTCTGCCTGCTCGACGCTTGGCCCATTTCTCCTGACTCTGGGCGCCTCTGTAAGCGTCAGCATTGTGGTGCTGCTGTCTACAGCGCACAGTTACATCATTCAAAGCAGCCGCTGGGCTTGGTGGAGGGAGAGGAGAGAACAGGATACTGTATGGGATAGTTGAACAACAAAGGAAAATTCTGTCATCATTTACTTTCATGTCCTTTTCAAACATGCATGGCTATGTTTTCTCTGTGGAACATGAAAGAAGATATCTACCATGCAATAAAGTTCAATGGGCTCCAAAAATCATTCATTGACCTTTATTGTTGGGACAAAATGCATTAGGGTTTTTTTTTTCTCAAGATATTTTCCGTCGTGTTTCATAGTCATAAAGGTTTGCAAAGACTTGATGCGGATTAAATGATGACAGAATTTTAGTTTTACTGTTTGACCAGTACATTTTATGTTACAAATGTTAAAAAACTTTTTGCAAAAGACTTCATCAAAATGACCTCCGTTCACACAGATACGCAAACATGACTAAAAACATTGTATTATTCACATTAGGCTAGTAGTTATGTAGTGCACAATTTTTGTGCTCTCACATTTGCTGATTACACATATGCTCAGGATGTCGCAGTTTTCACAAAATAGTGTTTTTGTAATTTACGTTGAGTCAAGAACTATCATTTAAAAAATATTCACATACTAATAAAAATATAGTTAAACAGACACAATGTAATGTACTAAAGTTAACAAAAATACTAAAAACAAAGCTTTATTACACTTGGAAGTTTTGATGCTTCAGAACCCCCTTTTCATCTATGACCCAAATGCTTTATAATTCCTATTAAGTTTGAATAATTATATTTAAATATGACCCTTGACCACATAATTAGTCATAAGTGTCATTTGGAATCTGAAATATATCCATTATTAGATAGCTGAATAAATGTATAGTTTGTTAGGGCAGGACAATATTTAGCCAAGATGCAACTATATAAAAATCTGGAATCAAAAAGTAAAGGTGACAAAAATCACCTTTAAAGTTTCCAAATGAACTTAATATATAACTATAGCAATAACTATCATTTAAAAAATCTTAGCACTTTGAAACTTATTGCTTGTCCAAGTCCCCAAAAATGCTATTGTTGCAAAAAACGGCCACAATAAATAAAAGGCTTTCTCTTTTTATTGCCGTCTAAACCAAATTCAACTGTTCAACTTTGCAGTCTGTCCATTTATAGGCCCATTCACATGAAGAGTGATCGTTACATTAGCTGTTGCCTCAGATTTGTGCTGATTCTTCAAGCAATATTATTACTTTGTCATTTAGCATCATTAGAGTTAGAATGTTTTTTTTTTCTTAATCCATGCTTCAATAACTTAATTGATAGTAAATCCTATAAGCAATTTGCAAACAGTTCAGAGGACATACCGTAAATCACATAAATCTACCTGCTAATGTTACAACCACAGTGATTATGCTGGTATACACAGTAGAGTATAATCGCCCAAACTTTCCCACAAAGCTCTGACAGAGCAGTGAGAACACTGCAGTGATGCCATGGGATAAAGTGTCCATCAGATCTGCTTTTTTTAATTATATGAAGCATCTTCCACAGATGCAGATTTATATGCAACTTCTGACATGTACAGTAGCTCATTTCACATACTAATAAGAAAATACAATTAAACAGGCACAATAAAACATATTAAAGTTAACAAAAAGCTAAAGTCAAAGCTTTATTACACAGTTTTGATGCTTCAGAACCCTCTTTTCATCTTTGACCCAAATGCATTATAATTTGTATTTATTTTAAATAATCATATTTAAATATATGACCGTGGAACACAAAACTAATCATAAGTGTCAATTTTTGGAATCTGAAATGTATGCATTATTAGAAATCTGAATAAATAAGCTTACCATTGATGTATAGTTTGTTAAGACAGGACCATTTTTTGCCAAGATGCAGAAAATCTGGAATGGCATTATTTTTACTTCCTAATCCATGCTTCAATTACTTGATTAATAGTAAATCCTATCATTCAATCCTATAATTGTTACATGATTAATTGGGTAAAAACACTTCAGTCACATAAATCAACCAGCTAATTTCACAACCCCAGTTATAAGTTTTATATCTACTGTTCAGTTATATTTCTATATCTATATTTTATATCTACTGTTCAGTATTATTTCACATACTAATAAAATATACAATTAAACAGGCACAATATAATGCACTAAAGTAAATAACAACAACAAGAAATTAAAGCTTTATCACACGTGTATAACAGTTTTGATGCTTCAGAATCCCAAATGCTTTATAATTTGTATTAATTTTGGATAATTATATTTAAATGTGACCCTGGACCACAAAACTAGTGATAAGTGTCATTTTTGGGAAGCTGAAATGTATGGATCAGAAAGATGAATAGATAAGCTTACCATTGATGCATATACTTTACTTTACAGGACAATCTTCACTGTAAAAACCAGCCTGATCTCACAAGGAAACAACAATTTTAAGTTTTTACCAGTTTAGCGGAAAACCTAACTGTCATTTGGAGGATGAGCAAATAATACTAAATTGTATGAATAAGATCATAGGATTTCAAATGAATTAGCGACTAAATCAAAAAATTACGAATTGCCGTGTGATAGCGTTGGTAAAAATTCATTCATTTTGTCAGACACATATCGATTAACTTACAAATTTAGGTCTATTTAACATAAAACAATTAAGTTGTCCTCAGAAAATCTCCAGAATTATATTTTCAGCTCATCATAAATAAGTAGTTTGAATAAGCAGTAAAATATATTTTTTTGAGTATTTAACCAACATACAAAAAAAAAATAAAAAATCTGGAATCTGAAGGTTCAAACAAATCAAAATACTGAGAAATTTGCCTTTAACATGTCCAAATTAAATTCTATTTATTCTATTTATGGTAGAAAATGGGGTATATATGGTGTATATTAGCAAAATGTAAAATTAACTTAATATACTAATGATTTTTGGCATAAAAGAAAACTCCCAAACAATGTATGCTTGGTTAATGCGCAAAAATATACGGTTTTAATTTAAAAGCCACTTTTCCAATGTAAGCGGCAAGCGACAGACTGGAAGTCAACCATTGTCAATGGAGATTAATCGGGTAGTTCTGATCATCTCCATATGCGGAAAATTTGGATCCGATATTTGAACTCCTGCGACTAGACCGTATGCAGATCCGGTCGACCGGATCTGATGTATTTCAGTATTGTCCAAGTAAGTCTGTGCGTGCGAGATGAAAAATACTATTTTTCATTATTTTTGAATTCGAAAAAAGTCTATATTAAAAAAAAGCAATAAAAAATTCTCTTCACATAACCTCCAACATTTTTAGCGGTCTATGAGTTTCCATTATTGCATTAATTCCATCATGGTGAACCAACGGAGAATAAAGACTCTTGCTTTTGTACTCCTTTATTTCGGACACTACGAGAACAGCTTCTCTCCCATGATGCACGTCAGAACTAAAAATTCGGTGCAGCATTTTCCGACAGTCGTGTCCAAATGTTGTGTGCAGTGGAAAGGCAGCTTAAGACTGGTTTTGCGGTTCAGGTTAATTCATTTTATATGAATTATTTTATACTTTAGTTTTTTCAGTTTTAAAGACTTTTCTAGTCAGTTTGTGTGTCATCTTTTTTCAGCTAGTTGTTTGGTTCATGGTGGATGACAATTTTAACAAAGACTTCAAATACTTCCAAAACTAGCGCTTCTTATAAAAATACATAATACACGCTGCCTTGAATAACCACTGAATTTTTAATTCATTACACTCCACCAAAACACACGTTATACATACTTAAACACAAAAAGGCAAATACGATCTGTCGGTTTTACAAACAAATAAGTCCCACAGTTCGTCTCTCTCTCGGTAGCTCCTCTCCTGTCTCAGGCCTAGATGAAGATGCTTTGAATGAACCTTATGTGCAGGGGGGACTAGGTGAGGTGGAGGGCTGAATTGGGAGGGTCTGCTGTGTTTATCTGTGGGCCGGGTGGAGGGTTTGGATATGAAGTTGCTCCCAGCGCCCTGGTCTCTGCCTGCCACATAAAGACCGTTCCTTTAGGTGGAAGGTGAAACCCAGCATTGTGCTGTAAGAGAACAGTGCGCCCCCTCTCTCTCTCTCTCTTTGACGTCTCTCTGGTTTTGGTGCATGCAGAAAATCTCACCAGTCATCTTACGCTGTCCAACCCTCTTCCTCCTGTTGCTGCTTTGGGATTTCTAAATGGGAGCGACTGTGAGACTACGACTACAGTCCTGCTCACACACACACACGCACATATGCAGCAAACACACACACACACCCACACGGCACAGAATGAACACTCCACATAAGAGCGCCAGCCCGCAGATCACTCCTGTAACCCTCCATGTTGCCCCCCTTACCTACAATTCAGTGTGGTTCAGATGCATTATTAATTCAGTTAGATAGTTCTGTCTAGTGGTTAAGACTAAGGCTGGTGTGATATATTAATCTGATATCGTTTATTGATATTAAGTTGAGTTAAATAATACCAGCACATGGATATCTCAATGATTGTGTAATGTGCTAGTAAACTAGCTTGCTACATGTATTTAATATCTATCAAATCTAGCTTAAATCTAAAATGAAGCCTATTTTAGGATTTATTTTGTGTAAAAACATAAATAAATATAGAACAAAAAATATATATAATATTATATGTATATAACTATGTATACAGTTGAAGTCAGAATTAT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Seq C2 exon
GTTTGCCCAAGAGAATGCTTCTGTTGCCCGTCATGAAAGTGCCCGCCTACCCCGTTCCCCACTACTCTTTCTTTTAGCTCAGGAGCCGAACACACACACACACACACACACATACACACAAATA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000021455:ENSDART00000129151:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]