DreINT0160700 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000069339 | tbc1d24
Description
TBC1 domain family, member 24 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050809-65]
Coordinates
chr24:39255746-39263112:+
Coord C1 exon
chr24:39255746-39255992
Coord A exon
chr24:39255993-39258636
Coord C2 exon
chr24:39258637-39263112
Length
2644 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCGGTGGGT
5' ss Score
6.9
3' ss Seq
GTATTTTGTTGTTTTTGAAGGCG
3' ss Score
6.27
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGAAGCCAGAGATGGAGCGTTACGAGTGGGTCATTATCAAACACCCAGAGCTGGCCAAATCAGCTCAGTCCGCAGAGGATCAGAGCAGCGTGGAGGACAACGGGACGCCGCACTCTGGAGAAACTCTGGAGAAACCCACCACTGACTCGTCTCACCTCTCACCGTTCCTGTCCGCTCGACACTTCAACCTCAACTCCAGAAACACGTCCATGTTCATGGCTGGAAACGTCGACTCCATCATTATCG
Seq A exon
GTGGGTCTGGTATTTCTTCTTCTTCTTGTGTTTATTTTTATTTTTCTTAATCTTTTCTTATTTATTTCTTTTTTTTCTTTTTTTTTTCTTCTTCTTGTGTTTATTTTTATTTATTTCCTTTAATTTTTTCTTTTTGTTTTTCTTATTTATTTTTCTTAGTTTTTCTTATTTATTTATTTTTTCTTCTTTTTCTTGTTTTTTTCTTATTTCCTTTATTTTTTCTTCTTTTTTTTCTTATTAGTTTTTCTTAATTTTTTATATTTATTTTTTTTCTTATTCTTCTTGTTTTTACTTTTGTTTTTTTTTCTTCTTTTCTTTAAATTTCGTTTTCTTCTTTTTCTTCTTTTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTATTATTATTATTATTATTATTATTTATAATAATATAAAACTGTGAAGGTTTGAGTTAGGGTTGGAGTAGGGGTAGATCTTATTCATTTATTCATTTTCCTTTGGCTTAGTCCCAGATATATCAGGGGTTGCCACAGTGGAAGGAACTGCCAACTTATCCAGCATATGTTTTACGCAGCGGATGCCCTTCCAGTTGCAACCCAGTACTGGGAAACACTCATACACTCTCATTCACACACATACACTACGGCCAATTTAGCTTACCCAATTCACCTATAGCGCATGTGTTTGGACTTGTGTGGGAAACCAGAGCACCCGGAGGAAACCCACGTCCCTGACATCAATCCAATGACTAACAATACATCTCAACTAAACCTTATTTTTTTATATCCAAGTTTTATATTGCAAAGAGATACAGTTCACAACAGTTGTTAGACATTTTTACAGCAATTTGCCCAAATTAAATTCCCTAATATCAGGGAAAAAAAACTAAAAACAATTGAAAGATTAGTCACGATAATACCGGGCCATTAATAAAAAAAATCTCAACCCTGTTTATGTCTAACATTTAATTCGTAATGGTTTTAAAAGGGTTTTTAAAAGTCTTAAATTTGACTTTATGAAACCATGTAAATGAGAAGTGGGCGTGGCTTATTGTTTCTACTGCGAGCTGATTGAATGTAGTAAAGTAGGCATTTCATTCAGAAAGATCTGGAAAAGGGTTTGGGGAGAGTGATTACAACCTAACAGACTCCTCCTCCTCACCATTTCTGTTTGTTGTCAAAACTGACAGCTGGAGGGGCGTGGTTAAGTATGTTAGCCACACCCAGTACATCAGACAGACCTTGGGCTCTATTTTGACGGTCCATGCGCAGAGCGCAAAACGCAGGGCGCAAATGCTTTCAGGGCGTGTCAGAACGCGTTTTTGCTAATTTAAGGATGGGAAATCTGCCTTGCGCCGTGGCGCATGTTCTAAAAGGGTTGAGTTTATTTTCTTAATGAGTTATAGGTGTGTTTTGAGAATAAACCAATTAGAATCTCATCTCCCATTCCCTTTAAGAGCCAGCTGCGTCGCGCCAAGAGCACATTCGCTATTTACAGGACGCAGAGTAAGTCTAAGTGGAAAAAATGAGCATTTCACAAGCAAACAGTTAACAGAAAACTGTTAAACAGAGCATCTACTGCGTGAGAATGAGAGATAATGGATCTACTTTCACTTTCGCTCATGGATAGGGAAACCTTTACGCACAGACATCAATTAGTCTATAAATAAATAATTTTGTTTGTTAAGCGCAAATATTCGTTTCAAAACTATTTCTAAATTCAGTTCTAATTTCCAGCAAACGAATAAATGAACAATAATAACAAAATGTGTTCAAAAACCTGAGTTATATCCTAAAACACATGCTGTGCCCCATATGGTCTAAAACCTGCAGGTGGACAAATCTAAGCTTGTTTTTAATAAAACAAATATAAATATGGATATATTAAATAATACTGCTAATAATAATAACATTATACAAAAGCAAATTGTTATGAATGAACTGTAAAAGCCTCCCGAGATGAAGAAGACATAAAAGCAGTGATTTTTCATATTTATGTAGGCCAGAAAATAATATGTTTTGTAATATTTTAATCCTTTATATTTATATTCTATATCTATTCTTATTATATACTATATATATCCTTAATATTTACATTTTTTCATATGTAAAGATATTTGCCTATTACTCTCATGTGTGTATTAAGCAATGTGTAAGCGAGCTGGAGTTTAGACCGGGTTAGTTTTGGTCTAATGAAAAATCTATCATAGATTCTCAAAATAGCGACGCGCCAGCGGTCCGCCTCAGAACGCCTCCCTTTTTAGACCAGAACGCCTATGGGCGCACATATAAGCGCTAATGCTATTTAAACAGCGTAGCGCAACGCCTCAAAACGACTCTTGCGCCAAGCTGAAACTACCAAAAGACTACTGCGCCTCGTCTTGCGCCACACTGCGCCGGGTGTATGATAGGGCCCCTTATCTGAGAATCTAACTGGAAATAAACAGTTCATTTTCATATTTCAATTAAAGAATACAAGGGCAAACTATTTATTTTTTCTTAATGACATGCACAGATTAATTATTCATCACAAAACTAGCAATGTAAGCTAACAAAATCACTGTTTAGTTTTGATGTCATGCGTACTTTAAGCACCTGAGATGGCAAATATACAGTTAAAAGTCCTACTGCATGCATGTACAGTACCACATTTGATGTATTTTGTTGTTTTTGAAG
Seq C2 exon
GCGGAGGTGACGGAAACGCTCTGTACATCGACTCTGAGCTGAACCACGGCCGAACCGAGCGCTGTCTGACGTTTGACAACCCGCCGCTGTGTGCAGAGAGTTTCCAGGTGGCCCTGCTGGAGGTCTGGGGCTTCAAAGACGCCATGGGTTCATAAGAAAGGCTGAGGCTGTAAGATCTGCTGTGTTGTGATTTATAAACGTCCATTCATGTTGGTGTTAACGGAGATACCATGCACTAAAAGATCCCATCCGAGCTCCAGTCAAGATTACTGTTTATCGTGTATATTTATCAGTACAAATTATATCAAGGTTTAGTTGTGTTTTGTTCATATCAGATGAAGAACCAGTGTTGGTGTTATCCAGAGGGATAGTTCACACAGAAAAATGAAAATCACCTCATTGTTTACTCTGCCTAACGTTGGAGTTTGTTTATTCTGTTGAACACAAAAGAAGATATTTTGAAGAATGCTGGAACTTCCATAGTCGGAAAAGAAATGGGGGTCAAAGGATGCCAGCATTTTTCTAAATATCTTCTTTTGCCTTTTAAAGAAGAAAGAAGCTCTAATATGTTTGGTGTATGCTGAGTAAATAAGGACAGAAGGTTCATTTTTGGGTGCACTGTCCCTTTAATATATATGTTTCCATATGGATGTCATATATTTATATCAAAAGTGATCAAAGTTTTGTTTTATTCTCCCAAATTTCCTTCATTCCTGCATGCAGCTTTGTGCCAATTGGAAAAACATTTGATTTATCCTCTAGACTTGTCGTAAGAGGATCATAAAAACATAGACCTCATGTCATAAACTAAGCTAAACACACATTTCTGGGGCATTCAATGTGTGTAAATGGCATTCCAGTGTTCTTCAAATCAGAAATGAATAATTATCTCATGATTAACTCATTATCCTCCATGACTTTCATATACTGAAAATTAAGGATCAGGTGTGTCAAGCTGCTTTAAGTACACAAACAAAACACACAGGTTAAATTAAAAGTGAAACAAGCTTGTGGATTACATTCCATGTCTTTTGTAGCTATAAGTTTACTGTTTTGTGAAGAACTTGCGCATCTCATTTGCATATTGTGCATATTCATGACCTTAGACCTGACACAAAACGGGTTTGAATGTGCATGTTTGATTTGATGAGGCTTAAAGGGAGGGTTTACTGAAAAATAATTACACATTTTCTGTTAATTTAATCATTTAATCTGATCATCCAATGTGAAAGTAAGTTTTTTTTTCTTCAGAAGAACATGTACGAAGGTTAAATCTGTAGTCTTTGGTGATTAATATAACGAAGTACACTGCAAACAATTATTTTCTTAAAGTTTTTATCTTGTTTCTAGTCTAAATATCTAAAAAGACTTACATCAAGGAGCGTTTTCCAGACAAGTGAAAAGTATTAAAATGCTTCAGGGGTAATTAATGTGTCGGTGCTCTTTGGGTAAGCGAGACTTAAAGATATGCAGCAGAATTATAAGTCCAAATGCACTCAAGGAATTATTTTATAAGCCTTTATTAACATGGCTATTCCATTAAAACTACTCCAAGTCTGAAATCAAATCTGAAATCAGCACCAAGTGTGTAGTTTTATGGAGTAGCCATGTTAATAAAGGCTTTTTAAATAATTGTTTTCACAATTTAAGAGTGCATCGGACTTAATTTTTGACTTAATTATTAACTTTAAACTTTGTTTTTAGAAATAATACATAAAAATAAAGTAGGGTTTTCACCCTTAAACAAGTGAAATAAACTTAGTTTAAAGAAAAACAGGACTATTTTGCCTTACTGACATATTATTTGGCTTGTTTTAATGAAAATCCCACTTAATTTTGACCTATTATTTCTGAAAACACAACTACTTTTTAACCTGTCTAGAAAATGCTTATTGATTTAGATTTTTTTAGATATTTAGACTAAAATAAAGACAAATAAAAACTCGTTTTTTTGTGTGTGGTGTAAACAGTGTCAGAGTAAAAAAACACAAACAGGCAAAACTGAATTAATATTAGCTCCACACTGAGGTCTTTCAAAGCAAAGCAATCATTATCTTTTCACTTTAGAAGATCCTAATTTATCATCTTTGATTATATCATTCATATAAAAATCCTTTTTAAAGAGATACTTCCCCCAAAAATAAAAATACAGTTAATTTACTCGCTCTCAAGCTATATAGGATGTAGGTGACCTTTTTTTCATGGTCTTCAGTCGAACATTAGTGAAGATTTCCAGCTGAATCTGTTGTTTTTGTGACTCATATAATGCAAGTCAATGGTAACCTTTTATTAAGATTCAAAATTAACACATACAATTAAGTCCAAATCAAACCCTATGGCTTCTGATGATACATGAAGCAAAATTAATCAATCTGTGCAAGAAATTCAATCATATAATGCATTTTTTGTGATTCATATAATGCAAGTCAATGGTGATCTGCTATTAAGATTTAAAATTAACACATACAATTAAGTTTAAATTAAATCTTGTGTCTCCTGATCATACACAGAGATCTTACGAAGCAAAATTAATCAATCGGTGCAAGAAATTAAATCATATAATGCATTTTTTGTGATTAATATAATGCAAGTCAATGGTGACCTGTTATTAAGATAAAAATTAACACATGCAATTAAGTCCAAATGAAATCCTGTGGCTCCTAATGATACACCGAGATCTTATAAAGTAAAATTGATCAATCTGTGCAAGAAATTGAATCGTATAATGCAATTTTTGTGATTAATATAATACAAGTCAATGGTGACCTGTTATCAAGATAAAAATTAACACACGCAATTAAGTCCAAATGAAATCCTGTGGCTCCTAATGATACACCGAGATCTTATAAAGTAAAATTGATCAATCTGTGCAAGAAATTGAATCATATAATGCATTTTTTGTGATTCATATAATGCAAGTCAAAGGTGATCTGCTATTAAGATTTAAAATTAACACATACAATTAAGTCTATATTAAATCTTGTGTCTCCTGAACATACACAGAGATCTTATGAAGCAAAATTGATCAATCGGTGCAAGAAATTAAATCATATAATGCAATTTTTTGTGATTAGTATAATGCAAGTCAATGGTGACCTGTTATTAAGATAAAAATTAACACATGCAATTAAGTCCAAATCAAACTCTGTGTATACTGATGATGCACCCAGATCTTGTGAAGCAAAATGTATTAGTTGGTGCCAAAAAATTAAATCATATAATGCAATTTTTGTGATTCATATAATGCAAGTCAATGGTGACCTGTTATTAAGATTTAATATAACGAAGGCAATAAGTCCAAATCAAGCCCTGTGGCTTCTGATTGTACATGAATCAAAAATGATGATTCTGTGCAAAAAATGTAATCATATAATGCACTTTTTTTCTGAGTTGTACAGTGTGAGTCAATGGTGACCTGTTGTTAAGCTTAAAAAAATAACACCTGCAGTCCAAATCTATCCCTGTGGCTCCTGATGATACATAAAGCAAGAAAGATCAATCGGTGCAAGAAATTAAATGTAATTTGCTTTAATTTAATGCGTTTATCTCAGTTTATCACAGGGATTTATTTGGATTTGTTTGCATGCTTCAATTTTTAATCTCAAAACGGGTCACCATTGACTTGCATTAGACGAATCACAGATAAAAATCCTCTTTAATGTTTTGCTGAAGAAAGAGAGTCACCTACATCCTCAATAGCCTGATGGAGAGACTAAATAAACTGTAAATGCATAATCTTTGTATGAACTATCAGTTTAATGTGCACTGAAGGAAAAGAAAGATCACCCACAGTACGTCTTTGATTGCACGTTTTCATTTTTGCATGAACCGTCCCTTTGAATTCACCCCATTGAATGTAATTGATCATATCATTCCGTCCAAATCCCGAAGAACCATACAGAAATATGTTTTAATCATCTAAACATACATATTAAATATGCACAGGTTGAATTGCAATGATCCAGTGTTTCTGTTAATCGTTCAGTGCTCTAAGCTCGGTATATGAAGACATAATCAGCACTATTTTAAGTGGGAAGTATTACGTTTTATGATTTATCCTTCGTTCCTTTGCACTCGTTTTAATTTGCGTAATGTTAGGAAGTCATCTATGAAGTAATATCAGTAATAATATGATTTAGGGGTCAGTTTCTATGCATTGCAGTACGAATGTTTCCTGTCTTTTGAAGTAGAGCTTTGATGAACAACTGGTTGTTAATGAGTGTTTGTTTGATGTATGTGCGCATTGTGATGTTTTTTCCATATCAAGTTGTGTGTTTGTGTATTATGCAACTCATTCTGTGTGTGTATGTGTGTATGAAGTCTGAAACATGCAAAAACATGTGGGTAATTACCCTAAATTATAGTGTCAAACATGTAGTGATCTTGTTTCTCCTTTCCATTTGCTCTTCAAGTGAAGAATAAAAAACTGCAAGCTGTCATTACAATATGTTTTGCTTGTTTCTGCTGTATCGATAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000069339:ENSDART00000155346:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.349 A=NA C2=0.020
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0753411=TLD=PD(26.1=28.9),PF0753411=TLD=PU(42.5=41.0)
A:
NA
C2:
PF0753411=TLD=PD(56.2=86.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]